data_8CUN

loop_
_pdbx_vrpt_database.id
_pdbx_vrpt_database.code
PDB   8CUN   
BMRB  31022  
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   nmr
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    8CUN
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2022-05-17
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         1
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2022-09-14
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2022-09-07:23:52
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  mogul,molprobity,validation-pack,coreclust,chemicalshifts,percentiles,writepdf,writexml,writecif
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   N
#
_pdbx_vrpt_entity.id           1
_pdbx_vrpt_entity.type         polymer
_pdbx_vrpt_entity.description  "Cyclic peptide D8.21 DVA-MLE-DPR-LEU-DVA-MLE-DPR-LEU"
#
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id  A
_pdbx_vrpt_asym.entity_id      1
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  pdb    
2  nmr  x-ray  
#
_pdbx_vrpt_percentile_type.id    1
_pdbx_vrpt_percentile_type.type  all_atom_clashscore
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1   7.15  158937  ?     ?     
2  2  1  26.04   12864  ?     ?     
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
 1   1  1  A  A  0.23  0.17  14  16  
 2   2  1  A  A  0.23  0.16  14  16  
 3   3  1  A  A  0.23  0.17  14  16  
 4   4  1  A  A  0.23  0.17  14  16  
 5   5  1  A  A  0.23  0.17  14  16  
 6   6  1  A  A  0.23  0.16  14  16  
 7   7  1  A  A  0.23  0.16  14  16  
 8   8  1  A  A  0.22  0.16  14  16  
 9   9  1  A  A  0.23  0.16  14  16  
10  10  1  A  A  0.22  0.16  14  16  
11  11  1  A  A  0.23  0.16  14  16  
12  12  1  A  A  0.23  0.16  14  16  
13  13  1  A  A  0.22  0.16  14  16  
14  14  1  A  A  0.22  0.15  14  16  
15  15  1  A  A  0.22  0.16  14  16  
16  16  1  A  A  0.23  0.16  14  16  
17  17  1  A  A  0.23  0.15  14  16  
18  18  1  A  A  0.22  0.17  14  16  
19  19  1  A  A  0.23  0.16  14  16  
20  20  1  A  A  0.23  0.17  14  16  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                                    1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers_full_length  0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers_full_length       20.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                                 26.41
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore_full_length                     26.41
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                               1600
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                             280
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                                 0.16
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                            320
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                                0.23
#
_pdbx_vrpt_summary_nmr.exp_method                               nmr
_pdbx_vrpt_summary_nmr.ordinal                                  1
_pdbx_vrpt_summary_nmr.chemical_shift_completeness              46.43
_pdbx_vrpt_summary_nmr.chemical_shift_completeness_full_length  46.43
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
  1   1  1  A  1  DVA  A  1  .  ?        ?     ?     ?  
  2   1  1  A  2  MLE  A  2  .  ?        1     2     1  
  3   1  1  A  3  DPR  A  3  .  ?        1     ?     ?  
  4   1  1  A  4  LEU  A  4  .  ?        ?     ?     ?  
  5   1  1  A  5  DVA  A  5  .  ?        ?     ?     ?  
  6   1  1  A  6  MLE  A  6  .  ?        1     2     1  
  7   1  1  A  7  DPR  A  7  .  ?        1     ?     ?  
  8   1  1  A  8  LEU  A  8  .  ?        ?     ?     ?  
  9   2  1  A  1  DVA  A  1  .  ?        1     ?     ?  
 10   2  1  A  2  MLE  A  2  .  ?        2     2     2  
 11   2  1  A  3  DPR  A  3  .  ?        1     ?     ?  
 12   2  1  A  4  LEU  A  4  .  ?        ?     ?     ?  
 13   2  1  A  5  DVA  A  5  .  ?        1     ?     ?  
 14   2  1  A  6  MLE  A  6  .  ?        2     2     2  
 15   2  1  A  7  DPR  A  7  .  ?        1     ?     ?  
 16   2  1  A  8  LEU  A  8  .  ?        ?     ?     ?  
 17   3  1  A  1  DVA  A  1  .  ?        1     ?     ?  
 18   3  1  A  2  MLE  A  2  .  ?        2     2     4  
 19   3  1  A  3  DPR  A  3  .  ?        1     ?     ?  
 20   3  1  A  4  LEU  A  4  .  ?        ?     ?     ?  
 21   3  1  A  5  DVA  A  5  .  ?        1     ?     ?  
 22   3  1  A  6  MLE  A  6  .  ?        2     2     4  
 23   3  1  A  7  DPR  A  7  .  ?        1     ?     ?  
 24   3  1  A  8  LEU  A  8  .  ?        ?     ?     ?  
 25   4  1  A  1  DVA  A  1  .  ?        ?     ?     ?  
 26   4  1  A  2  MLE  A  2  .  ?        1     2     2  
 27   4  1  A  3  DPR  A  3  .  ?        1     ?     ?  
 28   4  1  A  4  LEU  A  4  .  ?        ?     ?     ?  
 29   4  1  A  5  DVA  A  5  .  ?        ?     ?     ?  
 30   4  1  A  6  MLE  A  6  .  ?        1     2     2  
 31   4  1  A  7  DPR  A  7  .  ?        1     ?     ?  
 32   4  1  A  8  LEU  A  8  .  ?        ?     ?     ?  
 33   5  1  A  1  DVA  A  1  .  ?        1     ?     ?  
 34   5  1  A  2  MLE  A  2  .  ?        2     2     3  
 35   5  1  A  3  DPR  A  3  .  ?        1     ?     ?  
 36   5  1  A  4  LEU  A  4  .  ?        ?     ?     ?  
 37   5  1  A  5  DVA  A  5  .  ?        1     ?     ?  
 38   5  1  A  6  MLE  A  6  .  ?        2     2     3  
 39   5  1  A  7  DPR  A  7  .  ?        1     ?     ?  
 40   5  1  A  8  LEU  A  8  .  ?        ?     ?     ?  
 41   6  1  A  1  DVA  A  1  .  ?        1     ?     ?  
 42   6  1  A  2  MLE  A  2  .  ?        2     2     2  
 43   6  1  A  3  DPR  A  3  .  ?        3     ?     ?  
 44   6  1  A  4  LEU  A  4  .  ?        2     ?     ?  
 45   6  1  A  5  DVA  A  5  .  ?        1     ?     ?  
 46   6  1  A  6  MLE  A  6  .  ?        2     2     2  
 47   6  1  A  7  DPR  A  7  .  ?        3     ?     ?  
 48   6  1  A  8  LEU  A  8  .  ?        2     ?     ?  
 49   7  1  A  1  DVA  A  1  .  ?        ?     ?     ?  
 50   7  1  A  2  MLE  A  2  .  ?        1     2     1  
 51   7  1  A  3  DPR  A  3  .  ?        2     ?     ?  
 52   7  1  A  4  LEU  A  4  .  ?        1     ?     ?  
 53   7  1  A  5  DVA  A  5  .  ?        ?     ?     ?  
 54   7  1  A  6  MLE  A  6  .  ?        1     2     1  
 55   7  1  A  7  DPR  A  7  .  ?        2     ?     ?  
 56   7  1  A  8  LEU  A  8  .  ?        1     ?     ?  
 57   8  1  A  1  DVA  A  1  .  ?        1     ?     ?  
 58   8  1  A  2  MLE  A  2  .  ?        2     2     3  
 59   8  1  A  3  DPR  A  3  .  ?        1     ?     ?  
 60   8  1  A  4  LEU  A  4  .  ?        ?     ?     ?  
 61   8  1  A  5  DVA  A  5  .  ?        1     ?     ?  
 62   8  1  A  6  MLE  A  6  .  ?        2     2     3  
 63   8  1  A  7  DPR  A  7  .  ?        1     ?     ?  
 64   8  1  A  8  LEU  A  8  .  ?        ?     ?     ?  
 65   9  1  A  1  DVA  A  1  .  ?        ?     ?     ?  
 66   9  1  A  2  MLE  A  2  .  ?        1     2     3  
 67   9  1  A  3  DPR  A  3  .  ?        1     ?     ?  
 68   9  1  A  4  LEU  A  4  .  ?        ?     ?     ?  
 69   9  1  A  5  DVA  A  5  .  ?        ?     ?     ?  
 70   9  1  A  6  MLE  A  6  .  ?        1     2     3  
 71   9  1  A  7  DPR  A  7  .  ?        1     ?     ?  
 72   9  1  A  8  LEU  A  8  .  ?        ?     ?     ?  
 73  10  1  A  1  DVA  A  1  .  ?        ?     ?     ?  
 74  10  1  A  2  MLE  A  2  .  ?        1     2     3  
 75  10  1  A  3  DPR  A  3  .  ?        1     ?     ?  
 76  10  1  A  4  LEU  A  4  .  ?        ?     ?     ?  
 77  10  1  A  5  DVA  A  5  .  ?        ?     ?     ?  
 78  10  1  A  6  MLE  A  6  .  ?        1     2     3  
 79  10  1  A  7  DPR  A  7  .  ?        1     ?     ?  
 80  10  1  A  8  LEU  A  8  .  ?        ?     ?     ?  
 81  11  1  A  1  DVA  A  1  .  ?        1     ?     ?  
 82  11  1  A  2  MLE  A  2  .  ?        2     2     2  
 83  11  1  A  3  DPR  A  3  .  ?        1     ?     ?  
 84  11  1  A  4  LEU  A  4  .  ?        ?     ?     ?  
 85  11  1  A  5  DVA  A  5  .  ?        1     ?     ?  
 86  11  1  A  6  MLE  A  6  .  ?        2     2     2  
 87  11  1  A  7  DPR  A  7  .  ?        1     ?     ?  
 88  11  1  A  8  LEU  A  8  .  ?        ?     ?     ?  
 89  12  1  A  1  DVA  A  1  .  ?        ?     ?     ?  
 90  12  1  A  2  MLE  A  2  .  ?        1     2     3  
 91  12  1  A  3  DPR  A  3  .  ?        1     ?     ?  
 92  12  1  A  4  LEU  A  4  .  ?        ?     ?     ?  
 93  12  1  A  5  DVA  A  5  .  ?        ?     ?     ?  
 94  12  1  A  6  MLE  A  6  .  ?        1     2     3  
 95  12  1  A  7  DPR  A  7  .  ?        1     ?     ?  
 96  12  1  A  8  LEU  A  8  .  ?        ?     ?     ?  
 97  13  1  A  1  DVA  A  1  .  ?        ?     ?     ?  
 98  13  1  A  2  MLE  A  2  .  ?        1     2     1  
 99  13  1  A  3  DPR  A  3  .  ?        1     ?     ?  
100  13  1  A  4  LEU  A  4  .  ?        ?     ?     ?  
101  13  1  A  5  DVA  A  5  .  ?        ?     ?     ?  
102  13  1  A  6  MLE  A  6  .  ?        1     2     1  
103  13  1  A  7  DPR  A  7  .  ?        1     ?     ?  
104  13  1  A  8  LEU  A  8  .  ?        ?     ?     ?  
105  14  1  A  1  DVA  A  1  .  ?        ?     ?     ?  
106  14  1  A  2  MLE  A  2  .  ?        1     2     2  
107  14  1  A  3  DPR  A  3  .  ?        1     ?     ?  
108  14  1  A  4  LEU  A  4  .  ?        ?     ?     ?  
109  14  1  A  5  DVA  A  5  .  ?        ?     ?     ?  
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108  108  mp       -132.2  86.0  Favored  11     7  0.16     8  0.21  molprobity  
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124  124  mt       -132.5  84.5  Favored  11     7  0.16     8  0.24  molprobity  
125  125  ?             ?     ?  ?         9     ?     ?     ?     ?  ?           
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129  129  ?             ?     ?  ?         9     ?     ?     ?     ?  ?           
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132  132  mt       -128.3  74.5  Allowed  11     7  0.15     8  0.22  molprobity  
133  133  ?             ?     ?  ?         9     ?     ?     ?     ?  ?           
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136  136  mt            ?     ?  ?        11     7  0.15     8  0.23  molprobity  
137  137  ?             ?     ?  ?         9     ?     ?     ?     ?  ?           
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140  140  mp       -133.1  86.9  Favored  11     7  0.17     8  0.22  molprobity  
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144  144  mp            ?     ?  ?        11     7  0.16     8  0.23  molprobity  
145  145  ?             ?     ?  ?         9     ?     ?     ?     ?  ?           
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148  148  OUTLIER  -134.2  72.5  Allowed  11     7  0.15     8  0.22  molprobity  
149  149  ?             ?     ?  ?         9     ?     ?     ?     ?  ?           
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152  152  OUTLIER       ?     ?  ?        11     7  0.16     8  0.24  molprobity  
153  153  ?             ?     ?  ?         9     ?     ?     ?     ?  ?           
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156  156  mp       -133.2  93.1  Favored  11     7  0.17     8  0.23  molprobity  
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78  154  CG  CB  CA  109.55  115.34  27  2.49  -2.32  0.14  
79  158  CN  N   CA  106.70  113.64  22  3.11  -2.23  2.81  
80  158  CG  CB  CA  109.50  115.34  27  2.49  -2.34  0.09  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_2
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_3
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_4
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.obsval
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.mean
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.numobs
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.mindiff
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.local_density
 1    2  N   CA  CB  CG   -159.45  70.46  2277  37.61   0.04  4.52  
 2    6  N   CA  CB  CG   -159.39  70.44  2277  37.56   0.09  4.52  
 3   10  N   CA  CB  CG   -159.47  70.47  2277  37.63   0.02  4.52  
 4   10  CA  CB  CG  CD1    85.13  53.62  8266  32.87   0.02  4.69  
 5   14  N   CA  CB  CG   -159.47  70.47  2277  37.62   0.02  4.52  
 6   14  CA  CB  CG  CD1    85.20  53.62  8266  32.81   0.02  4.68  
 7   18  N   CA  CB  CG    -97.44  45.06  2277  21.07   0.06  1.10  
 8   18  C   CA  CB  CG    142.60  63.87    60  23.94  12.41  0.00  
 9   18  CA  CB  CG  CD1    91.39  53.57  8266  27.05   0.21  1.55  
10   18  CA  CB  CG  CD2  -148.60  53.99  8266  32.86   0.13  2.27  
11   22  N   CA  CB  CG    -97.45  45.07  2277  21.06   0.06  1.10  
12   22  C   CA  CB  CG    142.58  63.87    60  23.93  12.42  0.00  
13   22  CA  CB  CG  CD1    91.45  53.57  8266  27.00   0.27  1.55  
14   22  CA  CB  CG  CD2  -148.53  53.99  8266  32.79   0.21  2.26  
15   26  N   CA  CB  CG    -97.23  44.98  2277  21.24   0.11  1.10  
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17   30  N   CA  CB  CG    -97.31  45.01  2277  21.18   0.04  1.10  
18   30  C   CA  CB  CG    142.70  63.91    60  24.03  12.31  0.00  
19   34  N   CA  CB  CG   -159.49  70.48  2277  37.64   0.00  4.52  
20   34  CA  CB  CG  CD1    88.17  53.60  8266  30.02   0.07  2.72  
21   34  CA  CB  CG  CD2  -151.88  54.06  8266  35.96   0.15  4.45  
22   38  N   CA  CB  CG   -159.49  70.48  2277  37.64   0.01  4.52  
23   38  CA  CB  CG  CD1    88.20  53.60  8266  30.00   0.09  2.73  
24   38  CA  CB  CG  CD2  -151.79  54.06  8266  35.87   0.08  4.32  
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26   42  CA  CB  CG  CD1    87.48  53.61  8266  30.67   0.01  3.04  
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28   46  CA  CB  CG  CD1    87.49  53.61  8266  30.65   0.02  3.02  
29   50  N   CA  CB  CG   -159.44  70.46  2277  37.60   0.04  4.52  
30   54  N   CA  CB  CG   -159.45  70.46  2277  37.61   0.04  4.52  
31   58  N   CA  CB  CG   -159.47  70.47  2277  37.63   0.01  4.52  
32   58  CA  CB  CG  CD1    89.28  53.59  8266  29.00   0.04  2.17  
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35   62  CA  CB  CG  CD1    89.38  53.59  8266  28.90   0.01  2.13  
36   62  CA  CB  CG  CD2  -150.65  54.03  8266  34.80   0.04  3.62  
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46   78  N   CA  CB  CG   -159.45  70.46  2277  37.61   0.04  4.52  
47   78  CA  CB  CG  CD1   146.80  53.95  8266  31.17   0.06  1.80  
48   78  CA  CB  CG  CD2   -93.23  53.56  8266  25.37   0.20  1.27  
49   82  N   CA  CB  CG   -159.49  70.48  2277  37.65   0.01  4.52  
50   82  CA  CB  CG  CD1    86.96  53.61  8266  31.16   0.01  3.41  
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52   86  CA  CB  CG  CD1    87.03  53.61  8266  31.09   0.06  3.38  
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57   94  CA  CB  CG  CD1   144.70  53.91  8266  29.21   0.26  1.28  
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61  106  N   CA  CB  CG    -97.20  44.97  2277  21.27   0.15  1.10  
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72  134  N   CA  CB  CG   -159.46  70.47  2277  37.62   0.03  4.52  
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86  158  C   CA  CB  CG    125.50  57.03    60  10.23  29.51  0.00  
#
_pdbx_vrpt_chemical_shift_list.ordinal                           1
_pdbx_vrpt_chemical_shift_list.file_id                           1
_pdbx_vrpt_chemical_shift_list.file_name                         working_cs.cif
_pdbx_vrpt_chemical_shift_list.block_name                        chem_shift_list_1
_pdbx_vrpt_chemical_shift_list.list_id                           1
_pdbx_vrpt_chemical_shift_list.type                              full
_pdbx_vrpt_chemical_shift_list.number_of_errors_while_mapping    0
_pdbx_vrpt_chemical_shift_list.number_of_warnings_while_mapping  0
_pdbx_vrpt_chemical_shift_list.number_of_mapped_shifts           52
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_pdbx_vrpt_chemical_shift_list.number_of_unparsed_shifts         0
#
loop_
_pdbx_vrpt_referencing_offset.ordinal
_pdbx_vrpt_referencing_offset.label_atom_id
_pdbx_vrpt_referencing_offset.uncertainty
_pdbx_vrpt_referencing_offset.precision
_pdbx_vrpt_referencing_offset.value
_pdbx_vrpt_referencing_offset.number_of_measurements
1  C   0.50  0.00  0.00  1  
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#
loop_
_pdbx_vrpt_assign_completeness_well_defined.ordinal
_pdbx_vrpt_assign_completeness_well_defined.number_of_assigned_shifts
_pdbx_vrpt_assign_completeness_well_defined.number_of_unassigned_shifts
_pdbx_vrpt_assign_completeness_well_defined.number_of_shifts
_pdbx_vrpt_assign_completeness_well_defined.type
_pdbx_vrpt_assign_completeness_well_defined.element
 1   0   2   2  stereomethyl  stereomethyl  
 2  13  15  28  overall       Total         
 3   4   6  10  backbone      Total         
 4   9   9  18  sidechain     Total         
 5   7   7  14  overall       H             
 6   2   2   4  backbone      H             
 7   5   5  10  sidechain     H             
 8   5   7  12  overall       C             
 9   1   3   4  backbone      C             
10   4   4   8  sidechain     C             
11   1   1   2  overall       N             
12   1   1   2  backbone      N             
#
loop_
_pdbx_vrpt_assign_completeness_full_length.ordinal
_pdbx_vrpt_assign_completeness_full_length.number_of_assigned_shifts
_pdbx_vrpt_assign_completeness_full_length.number_of_unassigned_shifts
_pdbx_vrpt_assign_completeness_full_length.number_of_shifts
_pdbx_vrpt_assign_completeness_full_length.type
_pdbx_vrpt_assign_completeness_full_length.element
 1   0   2   2  stereomethyl  stereomethyl  
 2  13  15  28  overall       Total         
 3   4   6  10  backbone      Total         
 4   9   9  18  sidechain     Total         
 5   7   7  14  overall       H             
 6   2   2   4  backbone      H             
 7   5   5  10  sidechain     H             
 8   5   7  12  overall       C             
 9   1   3   4  backbone      C             
10   4   4   8  sidechain     C             
11   1   1   2  overall       N             
12   1   1   2  backbone      N             
#
loop_
_pdbx_vrpt_software.ordinal
_pdbx_vrpt_software.name
_pdbx_vrpt_software.version
_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  molprobity      4.02b-467                                                             Y  
2  mogul           "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
3  chemicalshifts  2.29                                                                  Y  
4  panav           "Wang et al. (2010)"                                                  Y  
5  rci             "v_1n_11_5_13_A (Berjanski et al., 2005)"                             N  
6  percentiles     "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  N  
##
