data_8CTO

loop_
_pdbx_vrpt_database.id
_pdbx_vrpt_database.code
PDB   8CTO   
BMRB  31021  
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   nmr
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    8CTO
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2022-05-16
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         1
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2022-09-14
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2022-09-07:23:47
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  mogul,molprobity,validation-pack,coreclust,chemicalshifts,percentiles,writepdf,writexml,writecif
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   N
#
_pdbx_vrpt_entity.id           1
_pdbx_vrpt_entity.type         polymer
_pdbx_vrpt_entity.description  "Cyclic peptide D8.31 DAL-DPR-MLU-DVA-DAL-DPR-MLU-DVA"
#
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id  A
_pdbx_vrpt_asym.entity_id      1
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  pdb    
2  nmr  x-ray  
#
_pdbx_vrpt_percentile_type.id    1
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#
loop_
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1  1  1   3.00  158937  ?     ?     
2  2  1  15.17   12864  ?     ?     
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
 1   1  1  A  A  
 2   2  1  A  A  
 3   3  1  A  A  
 4   4  1  A  A  
 5   5  1  A  A  
 6   6  1  A  A  
 7   7  1  A  A  
 8   8  1  A  A  
 9   9  1  A  A  
10  10  1  A  A  
11  11  1  A  A  
12  12  1  A  A  
13  13  1  A  A  
14  14  1  A  A  
15  15  1  A  A  
16  16  1  A  A  
17  17  1  A  A  
18  18  1  A  A  
19  19  1  A  A  
20  20  1  A  A  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                 1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore              42.43
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore_full_length  42.45
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce            1284
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
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_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
  1   1  1  A  1  DAL  A  1  .  ?        ?     ?     ?  
  2   1  1  A  2  DPR  A  2  .  ?        ?     ?     ?  
  3   1  1  A  3  MLU  A  3  .  ?        ?     1     3  
  4   1  1  A  4  DVA  A  4  .  ?        ?     ?     ?  
  5   1  1  A  5  DAL  A  5  .  ?        ?     ?     ?  
  6   1  1  A  6  DPR  A  6  .  ?        3     ?     ?  
  7   1  1  A  7  MLU  A  7  .  ?        4     1     2  
  8   1  1  A  8  DVA  A  8  .  ?        1     ?     ?  
  9   2  1  A  1  DAL  A  1  .  ?        ?     ?     ?  
 10   2  1  A  2  DPR  A  2  .  ?        ?     ?     ?  
 11   2  1  A  3  MLU  A  3  .  ?        ?     1     2  
 12   2  1  A  4  DVA  A  4  .  ?        ?     ?     ?  
 13   2  1  A  5  DAL  A  5  .  ?        ?     ?     ?  
 14   2  1  A  6  DPR  A  6  .  ?        1     ?     ?  
 15   2  1  A  7  MLU  A  7  .  ?        1     1     1  
 16   2  1  A  8  DVA  A  8  .  ?        ?     ?     ?  
 17   3  1  A  1  DAL  A  1  .  ?        1     ?     ?  
 18   3  1  A  2  DPR  A  2  .  ?        ?     ?     ?  
 19   3  1  A  3  MLU  A  3  .  ?        1     1     1  
 20   3  1  A  4  DVA  A  4  .  ?        1     ?     ?  
 21   3  1  A  5  DAL  A  5  .  ?        ?     ?     ?  
 22   3  1  A  6  DPR  A  6  .  ?        1     ?     ?  
 23   3  1  A  7  MLU  A  7  .  ?        1     1     1  
 24   3  1  A  8  DVA  A  8  .  ?        1     ?     ?  
 25   4  1  A  1  DAL  A  1  .  ?        ?     ?     ?  
 26   4  1  A  2  DPR  A  2  .  ?        ?     ?     ?  
 27   4  1  A  3  MLU  A  3  .  ?        ?     1     ?  
 28   4  1  A  4  DVA  A  4  .  ?        ?     ?     ?  
 29   4  1  A  5  DAL  A  5  .  ?        ?     ?     ?  
 30   4  1  A  6  DPR  A  6  .  ?        2     ?     ?  
 31   4  1  A  7  MLU  A  7  .  ?        4     1     ?  
 32   4  1  A  8  DVA  A  8  .  ?        2     ?     ?  
 33   5  1  A  1  DAL  A  1  .  ?        ?     ?     ?  
 34   5  1  A  2  DPR  A  2  .  ?        ?     ?     ?  
 35   5  1  A  3  MLU  A  3  .  ?        ?     1     ?  
 36   5  1  A  4  DVA  A  4  .  ?        ?     ?     ?  
 37   5  1  A  5  DAL  A  5  .  ?        ?     ?     ?  
 38   5  1  A  6  DPR  A  6  .  ?        3     ?     ?  
 39   5  1  A  7  MLU  A  7  .  ?        3     1     2  
 40   5  1  A  8  DVA  A  8  .  ?        ?     ?     ?  
 41   6  1  A  1  DAL  A  1  .  ?        ?     ?     ?  
 42   6  1  A  2  DPR  A  2  .  ?        ?     ?     ?  
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 44   6  1  A  4  DVA  A  4  .  ?        ?     ?     ?  
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 51   7  1  A  3  MLU  A  3  .  ?        ?     1     ?  
 52   7  1  A  4  DVA  A  4  .  ?        ?     ?     ?  
 53   7  1  A  5  DAL  A  5  .  ?        3     ?     ?  
 54   7  1  A  6  DPR  A  6  .  ?        2     ?     ?  
 55   7  1  A  7  MLU  A  7  .  ?        1     1     1  
 56   7  1  A  8  DVA  A  8  .  ?        ?     ?     ?  
 57   8  1  A  1  DAL  A  1  .  ?        ?     ?     ?  
 58   8  1  A  2  DPR  A  2  .  ?        ?     ?     ?  
 59   8  1  A  3  MLU  A  3  .  ?        ?     1     1  
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 62   8  1  A  6  DPR  A  6  .  ?        4     ?     ?  
 63   8  1  A  7  MLU  A  7  .  ?        4     1     ?  
 64   8  1  A  8  DVA  A  8  .  ?        1     ?     ?  
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 68   9  1  A  4  DVA  A  4  .  ?        ?     ?     ?  
 69   9  1  A  5  DAL  A  5  .  ?        1     ?     ?  
 70   9  1  A  6  DPR  A  6  .  ?        4     ?     ?  
 71   9  1  A  7  MLU  A  7  .  ?        4     1     ?  
 72   9  1  A  8  DVA  A  8  .  ?        1     ?     ?  
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 95  12  1  A  7  MLU  A  7  .  ?        4     1     ?  
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100  13  1  A  4  DVA  A  4  .  ?        ?     ?     ?  
101  13  1  A  5  DAL  A  5  .  ?        1     ?     ?  
102  13  1  A  6  DPR  A  6  .  ?        5     ?     ?  
103  13  1  A  7  MLU  A  7  .  ?        4     1     4  
104  13  1  A  8  DVA  A  8  .  ?        ?     ?     ?  
105  14  1  A  1  DAL  A  1  .  ?        ?     ?     ?  
106  14  1  A  2  DPR  A  2  .  ?        ?     ?     ?  
107  14  1  A  3  MLU  A  3  .  ?        2     1     2  
108  14  1  A  4  DVA  A  4  .  ?        ?     ?     ?  
109  14  1  A  5  DAL  A  5  .  ?        2     ?     ?  
110  14  1  A  6  DPR  A  6  .  ?        2     ?     ?  
111  14  1  A  7  MLU  A  7  .  ?        4     1     ?  
112  14  1  A  8  DVA  A  8  .  ?        2     ?     ?  
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114  15  1  A  2  DPR  A  2  .  ?        1     ?     ?  
115  15  1  A  3  MLU  A  3  .  ?        1     1     2  
116  15  1  A  4  DVA  A  4  .  ?        1     ?     ?  
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119  15  1  A  7  MLU  A  7  .  ?        4     1     4  
120  15  1  A  8  DVA  A  8  .  ?        1     ?     ?  
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122  16  1  A  2  DPR  A  2  .  ?        2     ?     ?  
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124  16  1  A  4  DVA  A  4  .  ?        ?     ?     ?  
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132  17  1  A  4  DVA  A  4  .  ?        ?     ?     ?  
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#
loop_
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_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.program_for_bond_angle_geometry
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 20   20   8     ?     ?     ?     ?  ?      
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133  133   4     ?     ?     ?     ?  ?      
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140  140   8     ?     ?     ?     ?  ?      
141  141   4     ?     ?     ?     ?  ?      
142  142   7     ?     ?     ?     ?  ?      
143  143  13     7  0.43     6  1.22  mogul  
144  144   8     ?     ?     ?     ?  ?      
145  145   4     ?     ?     ?     ?  ?      
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148  148   8     ?     ?     ?     ?  ?      
149  149   4     ?     ?     ?     ?  ?      
150  150   7     ?     ?     ?     ?  ?      
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152  152   8     ?     ?     ?     ?  ?      
153  153   4     ?     ?     ?     ?  ?      
154  154   7     ?     ?     ?     ?  ?      
155  155  13     7  0.42     6  1.22  mogul  
156  156   8     ?     ?     ?     ?  ?      
157  157   4     ?     ?     ?     ?  ?      
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 8   31  CG  CB  CA  109.46  115.34  27  2.49  -2.35  0.05  
 9   35  CG  CB  CA  109.52  115.34  27  2.49  -2.33  0.11  
10   39  CG  CB  CA  109.49  115.34  27  2.49  -2.34  0.08  
11   43  CG  CB  CA  109.48  115.34  27  2.49  -2.35  0.07  
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15   59  CG  CB  CA  109.46  115.34  27  2.49  -2.36  0.05  
16   63  CG  CB  CA  109.52  115.34  27  2.49  -2.33  0.11  
17   67  CG  CB  CA  109.44  115.34  27  2.49  -2.36  0.03  
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22   87  CG  CB  CA  109.50  115.34  27  2.49  -2.34  0.09  
23   91  CG  CB  CA  109.44  115.34  27  2.49  -2.37  0.03  
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40  159  CG  CB  CA  109.54  115.34  27  2.49  -2.33  0.13  
#
loop_
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 1    3  N   CA  CB  CG    159.47  70.47  2277  37.62   0.02  4.52  
 2    3  CA  CB  CG  CD1   126.55  53.66  8266  13.71   0.03  0.39  
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 4    7  N   CA  CB  CG    136.62  60.92  2277  18.34   2.63  0.26  
 5    7  C   CA  CB  CG   -103.39  48.19    60  15.07  19.85  0.00  
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14   43  CA  CB  CG  CD2   -84.89  53.63  8266  33.09   0.01  4.95  
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#
_pdbx_vrpt_chemical_shift_list.ordinal                           1
_pdbx_vrpt_chemical_shift_list.file_id                           1
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_pdbx_vrpt_chemical_shift_list.list_id                           1
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_pdbx_vrpt_chemical_shift_list.number_of_errors_while_mapping    0
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#
loop_
_pdbx_vrpt_referencing_offset.ordinal
_pdbx_vrpt_referencing_offset.label_atom_id
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_pdbx_vrpt_referencing_offset.value
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1  C   0.50  0.00  0.00  2  
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#
loop_
_pdbx_vrpt_software.ordinal
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_pdbx_vrpt_software.version
_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  molprobity      4.02b-467                                                             Y  
2  mogul           "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
3  chemicalshifts  2.29                                                                  Y  
4  panav           "Wang et al. (2010)"                                                  Y  
5  rci             "v_1n_11_5_13_A (Berjanski et al., 2005)"                             N  
6  percentiles     "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  N  
##
