data_8CSH

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  8CSH
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    8CSH
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2022-05-12
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         1
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2022-08-10
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2022-08-02:20:01
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,xtriage,eds,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   N
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer  "DNA (5'-D(P*TP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*AP*C)-3')"  
2  polymer  Par  
3  polymer  "DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*AP*CP*A)-3')"  
4  water    water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  2  
D  3  
E  4  
F  4  
G  4  
H  4  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all   x-ray  
2  2.25  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
4  RSRZ_outliers_percent         
5  R_value_R_free                
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
 1  1  1   27.08  141614     ?     ?  
 2  2  1   27.91    1487  2.26  2.26  
 3  1  2  100.00  138981     ?     ?  
 4  2  2  100.00    1449  2.26  2.26  
 5  1  3  100.00  138945     ?     ?  
 6  2  3  100.00    1450  2.26  2.26  
 7  1  4   34.81  127900     ?     ?  
 8  2  4   37.24    1356  2.26  2.26  
 9  1  5   36.52  130704     ?     ?  
10  2  5   42.61    1377  2.26  2.26  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
 1  7  4  A  1  1  T  100.00  
 2  8  4  A  1  1  T  100.00  
 3  3  2  B  1  2  D  100.00  
 4  4  2  B  1  2  D  100.00  
 5  5  3  B  1  2  D  100.00  
 6  6  3  B  1  2  D  100.00  
 7  7  4  B  1  2  D   13.85  
 8  8  4  B  1  2  D   15.04  
 9  3  2  C  1  2  A  100.00  
10  4  2  C  1  2  A  100.00  
11  5  3  C  1  2  A  100.00  
12  6  3  C  1  2  A  100.00  
13  7  4  C  1  2  A   40.11  
14  8  4  C  1  2  A   42.92  
15  7  4  D  1  3  Y  100.00  
16  8  4  D  1  3  Y  100.00  
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
1  1  1  A  T  1.08  0.85   343   527  
2  1  2  B  D  0.55  0.38   429   575  
3  1  2  C  A  0.47  0.37   429   575  
4  1  3  D  Y  1.05  0.88   386   592  
5  1  4  E  T     ?     ?     ?     ?  
6  1  4  F  D     ?     ?     ?     ?  
7  1  4  G  A     ?     ?     ?     ?  
8  1  4  H  Y     ?     ?     ?     ?  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     10.12
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   1261
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 1587
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.65
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                2269
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    0.83
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method                x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal                   1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_b                 104.390
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_b            57.239
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_estimate         48.710
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.I_over_sigma              1.70(2.24A)
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.num_miller_indices        14410
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_k                 0.530
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_k            0.320
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L_mean     0.493
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L2_mean    0.327
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Fo_Fc_correlation         0.952
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.twin_fraction             -1/2*h+1/2*k-l,1/2*h-1/2*k-l,-1/2*h-1/2*k:0.011;-1/2*h-1/2*k-l,-1/2*h-1/2*k+l,-1/2*h+1/2*k:0.000
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_R                     0.20
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_Rfree                 0.25
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_R                     0.22
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_high              2.25
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_low               34.06
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_aniso            "[69.766,50.204,32.065,0.000,-4.328,0.000]"
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_anisotropy           0.744
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.trans_NCS_details         "The largest off-origin peak in the Patterson function is 7.26% of the height of the origin peak. No significant pseudotranslation is detected."
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.B_factor_type             FULL
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.acentric_outliers         1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.centric_outliers          0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_completeness         93.52
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.number_reflns_R_free      1450
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_free_reflections  10.06
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_RSRZ_outliers     4.35
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high       2.25
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low        34.06
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                     0.21
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree                 0.25
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_symm_clashes
  1  1  1  A   1  DT   T    8  .  ?        ?     ?  
  2  1  1  A   2  DG   T    9  .  ?        5     ?  
  3  1  1  A   3  DT   T   10  .  ?        7     ?  
  4  1  1  A   4  DT   T   11  .  ?        ?     ?  
  5  1  1  A   5  DA   T   12  .  ?        ?     ?  
  6  1  1  A   6  DG   T   13  .  ?        ?     ?  
  7  1  1  A   7  DG   T   14  .  ?        ?     ?  
  8  1  1  A   8  DT   T   15  .  ?        ?     ?  
  9  1  1  A   9  DA   T   16  .  ?        ?     ?  
 10  1  1  A  10  DC   T   17  .  ?        ?     ?  
 11  1  1  A  11  DC   T   18  .  ?        ?     ?  
 12  1  1  A  12  DT   T   19  .  ?        ?     ?  
 13  1  1  A  13  DA   T   20  .  ?        1     ?  
 14  1  1  A  14  DA   T   21  .  ?        ?     ?  
 15  1  1  A  15  DC   T   22  .  ?        ?     ?  
 16  1  2  B   1  MET  D    1  .  ?        ?     ?  
 17  1  2  B   2  LYS  D    2  .  ?        ?     1  
 18  1  2  B   3  THR  D    3  .  ?        2     ?  
 19  1  2  B   4  ILE  D    4  .  ?        1     ?  
 20  1  2  B   5  LYS  D    5  .  ?        ?     ?  
 21  1  2  B   6  MET  D    6  .  ?        2     ?  
 22  1  2  B   7  VAL  D    7  .  ?        ?     ?  
 23  1  2  B   8  ALA  D    8  .  ?        ?     ?  
 24  1  2  B   9  ASP  D    9  .  ?        ?     ?  
 25  1  2  B  10  GLU  D   10  .  ?        ?     ?  
 26  1  2  B  11  LEU  D   11  .  ?        1     ?  
 27  1  2  B  12  ASN  D   12  .  ?        ?     ?  
 28  1  2  B  13  VAL  D   13  .  ?        ?     ?  
 29  1  2  B  14  THR  D   14  .  ?        ?     ?  
 30  1  2  B  15  LYS  D   15  .  ?        1     ?  
 31  1  2  B  16  GLN  D   16  .  ?        ?     ?  
 32  1  2  B  17  THR  D   17  .  ?        ?     ?  
 33  1  2  B  18  VAL  D   18  .  ?        ?     ?  
 34  1  2  B  19  VAL  D   19  .  ?        ?     ?  
 35  1  2  B  20  ASN  D   20  .  ?        1     ?  
 36  1  2  B  21  ASN  D   21  .  ?        1     ?  
 37  1  2  B  22  ALA  D   22  .  ?        ?     ?  
 38  1  2  B  23  LYS  D   23  .  ?        1     ?  
 39  1  2  B  24  ASN  D   24  .  ?        ?     ?  
 40  1  2  B  25  LEU  D   25  .  ?        ?     ?  
 41  1  2  B  26  ASN  D   26  .  ?        ?     ?  
 42  1  2  B  27  ILE  D   27  .  ?        ?     ?  
 43  1  2  B  28  SER  D   28  .  ?        ?     ?  
 44  1  2  B  29  PHE  D   29  .  ?        ?     ?  
 45  1  2  B  30  GLU  D   30  .  ?        ?     ?  
 46  1  2  B  31  LYS  D   31  .  ?        ?     ?  
 47  1  2  B  32  GLU  D   32  .  ?        1     ?  
 48  1  2  B  33  ASN  D   33  .  ?        1     ?  
 49  1  2  B  34  GLY  D   34  .  ?        ?     ?  
 50  1  2  B  35  VAL  D   35  .  ?        ?     ?  
 51  1  2  B  36  ASN  D   36  .  ?        ?     ?  
 52  1  2  B  37  TYR  D   37  .  ?        ?     ?  
 53  1  2  B  38  ILE  D   38  .  ?        ?     ?  
 54  1  2  B  39  ASP  D   39  .  ?        ?     ?  
 55  1  2  B  40  ASP  D   40  .  ?        1     ?  
 56  1  2  B  41  ASN  D   41  .  ?        ?     ?  
 57  1  2  B  42  ASP  D   42  .  ?        ?     ?  
 58  1  2  B  43  TYR  D   43  .  ?        1     ?  
 59  1  2  B  44  LEU  D   44  .  ?        1     ?  
 60  1  2  B  45  LYS  D   45  .  ?        ?     ?  
 61  1  2  B  46  ILE  D   46  .  ?        ?     ?  
 62  1  2  B  47  VAL  D   47  .  ?        2     ?  
 63  1  2  B  48  GLU  D   48  .  ?        ?     ?  
 64  1  2  B  49  LYS  D   49  .  ?        1     ?  
 65  1  2  B  50  ILE  D   50  .  ?        ?     ?  
 66  1  2  B  51  THR  D   51  .  ?        ?     ?  
 67  1  2  B  52  LYS  D   52  .  ?        ?     ?  
 68  1  2  B  53  LYS  D   53  .  ?        ?     ?  
 69  1  2  C   1  MET  A    1  .  ?        ?     ?  
 70  1  2  C   2  LYS  A    2  .  ?        ?     ?  
 71  1  2  C   3  THR  A    3  .  ?        ?     ?  
 72  1  2  C   4  ILE  A    4  .  ?        ?     ?  
 73  1  2  C   5  LYS  A    5  .  ?        ?     ?  
 74  1  2  C   6  MET  A    6  .  ?        ?     ?  
 75  1  2  C   7  VAL  A    7  .  ?        1     ?  
 76  1  2  C   8  ALA  A    8  .  ?        ?     ?  
 77  1  2  C   9  ASP  A    9  .  ?        ?     ?  
 78  1  2  C  10  GLU  A   10  .  ?        1     1  
 79  1  2  C  11  LEU  A   11  .  ?        1     ?  
 80  1  2  C  12  ASN  A   12  .  ?        ?     ?  
 81  1  2  C  13  VAL  A   13  .  ?        ?     ?  
 82  1  2  C  14  THR  A   14  .  ?        ?     ?  
 83  1  2  C  15  LYS  A   15  .  ?        ?     ?  
 84  1  2  C  16  GLN  A   16  .  ?        ?     ?  
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 28   28  p      -141.4  160.2  Favored     ?     9   64.030     7  0.35    10  1.28  molprobity  1.000  
 29   29  p       -75.8  160.8  Favored     ?     7   57.550     7  0.35    10  0.75  molprobity  1.000  
 30   30  mtpt    -60.8  -41.5  Favored     ?    13   46.390     9  0.82    11  0.69  molprobity  1.000  
 31   31  tp60    -63.8  -28.5  Favored     ?     8   42.340     9  0.18    12  0.47  molprobity  1.000  
 32   32  m       -69.0  -38.3  Favored     ?     7   46.670     7  0.24    10  0.53  molprobity  1.000  
 33   33  t       -58.2  -48.5  Favored     ?     9   43.890     7  0.43    10  0.35  molprobity  1.000  
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 95   95  mt      -82.3  138.7  Favored     ?    11   68.230     8  0.28    11  0.57  molprobity  1.000  
 96   96  t      -117.9  140.9  Favored     ?     5   82.100     6  0.22     8  0.35  molprobity  1.000  
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102  102  ?        90.5  -10.4  Favored     ?     3   65.780     4  0.59     5  1.05  molprobity  1.000  
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106  106  mt     -105.1  123.1  Favored     ?    11   57.910     8  0.36    11  0.44  molprobity  1.000  
107  107  m-20    -70.9  146.0  Favored     ?     4  108.510     8  0.25    11  0.40  molprobity  1.000  
108  108  t0      -56.7  -36.8  Favored     ?     4  108.620     8  0.25    11  0.32  molprobity  1.000  
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110  110  m-20    -60.0  -34.7  Favored     ?     4   94.100     8  0.24    11  0.26  molprobity  1.000  
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117  117  tttm    -74.8  -41.0  Favored     ?    13   73.640     9  0.36    11  0.36  molprobity  1.000  
118  118  mt      -69.2  -30.3  Favored     ?    11   63.850     8  0.23    11  0.38  molprobity  1.000  
119  119  m       -74.4  -50.9  Favored     ?     7   80.620     7  0.19    10  0.55  molprobity  1.000  
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122  122  ?           ?      ?  ?           ?    13   94.960    19  0.75    30  1.25  molprobity  1.000  
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128  128  ?           ?      ?  ?           ?    11   69.340    25  0.66    39  0.84  molprobity  1.000  
129  129  ?           ?      ?  ?           ?    11   57.350    25  0.97    39  0.91  molprobity  1.000  
130  130  ?           ?      ?  ?           ?    12   42.140    22  0.89    34  1.50  molprobity  1.000  
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132  132  ?           ?      ?  ?           ?    11   51.470    21  1.35    32  1.28  molprobity  1.000  
133  133  ?           ?      ?  ?           ?    11   60.010    21  0.92    32  0.85  molprobity  1.000  
134  134  ?           ?      ?  ?           ?    12   66.890    22  0.75    34  1.49  molprobity  1.000  
135  135  ?           ?      ?  ?           ?    11   75.100    24  0.66    37  0.73  molprobity  1.000  
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138  138  ?           ?      ?  ?           ?    12   96.810    21  0.96    30  0.75  molprobity  1.000  
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140  140  ?           ?      ?  ?           ?     ?   53.590     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
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 4    2  "H2''"   4  0.43  2.01  
 5    2  "H4'"    5  0.45  2.17  
 6    3  C6       1  0.51  2.45  
 7    3  "C5'"    2  0.46  2.45  
 8    3  "H5''"   6  0.45  1.81  
 9    3  "H5''"   4  0.43  2.01  
10    3  H6       6  0.45  1.81  
11    3  OP1      5  0.45  2.17  
12    3  "O5'"    3  0.44  2.17  
13   13  "H3'"    7  0.46  2.15  
14   18  OG1      8  0.44  2.17  
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17   21  HG3      8  0.44  2.17  
18   21  HE2      9  0.40  2.03  
19   26  HD21    11  0.56  1.87  
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23   38  NZ      14  0.77  2.18  
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27   58  HB3     16  0.48  1.95  
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33   78  OE1     19  0.69  2.10  
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43  118  HD12    20  0.40  2.03  
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54  143  O        7  0.46  2.15  
55  155  O       14  0.77  2.18  
56  156  O       12  0.40  2.22  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.label_atom_id
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.scid
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.symop
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.clashmag
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.dist
1  17  NZ   0  1_555  0.03  2.17  
2  78  OE2  0  4_445  0.03  2.17  
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance_density.ordinal
_pdbx_vrpt_model_instance_density.instance_id
_pdbx_vrpt_model_instance_density.natoms_eds
_pdbx_vrpt_model_instance_density.RSRCC
_pdbx_vrpt_model_instance_density.RSR
_pdbx_vrpt_model_instance_density.RSRZ
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