data_7YZD

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  7YZD
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    7YZD
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2022-02-19
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         1
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2022-11-16
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2022-11-10:15:07
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,xtriage,eds,mogul,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   N
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "Forkhead box protein H1"  
2  polymer      "DNA (5'-D(P*AP*GP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*TP*GP*AP*GP*A)-3')"  
3  polymer      "DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*CP*T)-3')"  
4  non-polymer  "ACETATE ION"  
5  non-polymer  "TRIETHYLENE GLYCOL"  
6  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  3  
D  4  
E  5  
F  6  
G  6  
H  6  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all   x-ray  
2  2.13  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
4  R_value_R_free                
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1   86.57  141614     ?     ?  
2  2  1   85.22    2653  2.12  2.16  
3  1  2  100.00  138981     ?     ?  
4  2  2  100.00    2618  2.12  2.16  
5  1  3   54.80  138945     ?     ?  
6  2  3   56.67    2617  2.12  2.16  
7  1  4   36.52  130704     ?     ?  
8  2  4   36.89    2523  2.12  2.16  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  100.00  
2  4  2  A  1  1  A  100.00  
3  5  3  A  1  1  A   54.80  
4  6  3  A  1  1  A   56.67  
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
1  1  1  A  A  0.51  0.32  951  1285  
2  1  2  B  B  1.03  0.67  369   569  
3  1  3  C  C  0.95  0.65  359   551  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       1.96
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     2.06
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   1322
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 1679
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.50
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                2405
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    0.78
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method                x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal                   1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_estimate         39.699
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.I_over_sigma              0.09(2.14A)
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.num_miller_indices        9562
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L_mean     0.500
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L2_mean    0.333
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Fo_Fc_correlation         0.926
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_R                     0.21
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_Rfree                 0.25
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_R                     0.26
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_high              2.13
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_low               46.06
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_aniso            "[39.717,40.126,33.385,0.000,0.000,0.000]"
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_anisotropy           0.179
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.trans_NCS_details         "The largest off-origin peak in the Patterson function is 8.06% of the height of the origin peak. No significant pseudotranslation is detected."
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.B_factor_type             FULL
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.acentric_outliers         5
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.centric_outliers          1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_completeness         58.55
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.number_reflns_R_free      479
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_free_reflections  5.01
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high       2.13
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low        46.06
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                     0.21
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree                 0.25
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
  1  1  1  A    7  TYR  A   92  .  ?        ?     ?  
  2  1  1  A    8  GLN  A   93  .  ?        ?     ?  
  3  1  1  A    9  ARG  A   94  .  ?        ?     ?  
  4  1  1  A   10  TYR  A   95  .  ?        ?     ?  
  5  1  1  A   11  PRO  A   96  .  ?        ?     ?  
  6  1  1  A   12  LYS  A   97  .  ?        ?     ?  
  7  1  1  A   13  PRO  A   98  .  ?        ?     ?  
  8  1  1  A   14  PRO  A   99  .  ?        ?     ?  
  9  1  1  A   15  TYR  A  100  .  ?        1     ?  
 10  1  1  A   16  SER  A  101  .  ?        ?     ?  
 11  1  1  A   17  TYR  A  102  .  ?        ?     ?  
 12  1  1  A   18  LEU  A  103  .  ?        1     ?  
 13  1  1  A   19  ALA  A  104  .  ?        1     ?  
 14  1  1  A   20  MET  A  105  .  ?        ?     ?  
 15  1  1  A   21  ILE  A  106  .  ?        ?     ?  
 16  1  1  A   22  ALA  A  107  .  ?        ?     ?  
 17  1  1  A   23  MET  A  108  .  ?        ?     ?  
 18  1  1  A   24  VAL  A  109  .  ?        ?     ?  
 19  1  1  A   25  ILE  A  110  .  ?        ?     ?  
 20  1  1  A   26  GLN  A  111  .  ?        ?     ?  
 21  1  1  A   27  ASN  A  112  .  ?        ?     ?  
 22  1  1  A   28  SER  A  113  .  ?        ?     ?  
 23  1  1  A   29  PRO  A  114  .  ?        ?     ?  
 24  1  1  A   30  GLU  A  115  .  ?        ?     ?  
 25  1  1  A   31  LYS  A  116  .  ?        ?     ?  
 26  1  1  A   32  LYS  A  117  .  ?        ?     ?  
 27  1  1  A   33  LEU  A  118  .  ?        ?     ?  
 28  1  1  A   34  THR  A  119  .  ?        ?     ?  
 29  1  1  A   35  LEU  A  120  .  ?        ?     ?  
 30  1  1  A   36  SER  A  121  .  ?        ?     ?  
 31  1  1  A   37  GLU  A  122  .  ?        ?     ?  
 32  1  1  A   38  ILE  A  123  .  ?        ?     ?  
 33  1  1  A   39  LEU  A  124  .  ?        ?     ?  
 34  1  1  A   40  LYS  A  125  .  ?        ?     ?  
 35  1  1  A   41  GLU  A  126  .  ?        1     ?  
 36  1  1  A   42  ILE  A  127  .  ?        ?     ?  
 37  1  1  A   43  SER  A  128  .  ?        ?     ?  
 38  1  1  A   44  THR  A  129  .  ?        ?     ?  
 39  1  1  A   45  LEU  A  130  .  ?        ?     ?  
 40  1  1  A   46  PHE  A  131  .  ?        ?     ?  
 41  1  1  A   47  PRO  A  132  .  ?        ?     ?  
 42  1  1  A   48  PHE  A  133  .  ?        ?     ?  
 43  1  1  A   49  PHE  A  134  .  ?        ?     ?  
 44  1  1  A   50  LYS  A  135  .  ?        ?     ?  
 45  1  1  A   51  GLY  A  136  .  ?        ?     ?  
 46  1  1  A   52  ASN  A  137  .  ?        ?     ?  
 47  1  1  A   53  TYR  A  138  .  ?        ?     ?  
 48  1  1  A   54  LYS  A  139  .  ?        ?     ?  
 49  1  1  A   55  GLY  A  140  .  ?        ?     ?  
 50  1  1  A   56  TRP  A  141  .  ?        ?     ?  
 51  1  1  A   57  ARG  A  142  .  ?        ?     ?  
 52  1  1  A   58  ASP  A  143  .  ?        ?     ?  
 53  1  1  A   59  SER  A  144  .  ?        ?     ?  
 54  1  1  A   60  VAL  A  145  .  ?        ?     ?  
 55  1  1  A   61  ARG  A  146  .  ?        ?     ?  
 56  1  1  A   62  HIS  A  147  .  ?        ?     ?  
 57  1  1  A   63  ASN  A  148  .  ?        ?     ?  
 58  1  1  A   64  LEU  A  149  .  ?        ?     ?  
 59  1  1  A   65  SER  A  150  .  ?        ?     ?  
 60  1  1  A   66  SER  A  151  .  ?        ?     ?  
 61  1  1  A   67  TYR  A  152  .  ?        ?     ?  
 62  1  1  A   68  ASP  A  153  .  ?        ?     ?  
 63  1  1  A   69  CYS  A  154  .  ?        ?     ?  
 64  1  1  A   70  PHE  A  155  .  ?        ?     ?  
 65  1  1  A   71  VAL  A  156  .  ?        ?     ?  
 66  1  1  A   72  LYS  A  157  .  ?        ?     ?  
 67  1  1  A   73  VAL  A  158  .  ?        ?     ?  
 68  1  1  A   74  LEU  A  159  .  ?        ?     ?  
 69  1  1  A   75  LYS  A  160  .  ?        ?     ?  
 70  1  1  A   76  ASP  A  161  .  ?        ?     ?  
 71  1  1  A   77  PRO  A  162  .  ?        ?     ?  
 72  1  1  A   78  GLY  A  163  .  ?        ?     ?  
 73  1  1  A   79  LYS  A  164  .  ?        1     ?  
 74  1  1  A   80  PRO  A  165  .  ?        1     ?  
 75  1  1  A   81  GLN  A  166  .  ?        ?     ?  
 76  1  1  A   82  GLY  A  167  .  ?        ?     ?  
 77  1  1  A   83  LYS  A  168  .  ?        ?     ?  
 78  1  1  A   84  GLY  A  169  .  ?        ?     ?  
 79  1  1  A   85  ASN  A  170  .  ?        ?     ?  
 80  1  1  A   86  PHE  A  171  .  ?        ?     ?  
 81  1  1  A   87  TRP  A  172  .  ?        ?     ?  
 82  1  1  A   88  THR  A  173  .  ?        ?     ?  
 83  1  1  A   89  VAL  A  174  .  ?        ?     ?  
 84  1  1  A   90  GLU  A  175  .  ?        ?     ?  
 85  1  1  A   91  VAL  A  176  .  ?        ?     ?  
 86  1  1  A   92  ASN  A  177  .  ?        ?     ?  
 87  1  1  A   93  ARG  A  178  .  ?        ?     ?  
 88  1  1  A   94  ILE  A  179  .  ?        1     ?  
 89  1  1  A   95  PRO  A  180  .  ?        ?     ?  
 90  1  1  A   96  LEU  A  181  .  ?        ?     ?  
 91  1  1  A   97  GLU  A  182  .  ?        ?     ?  
 92  1  1  A   98  LEU  A  183  .  ?        1     ?  
 93  1  1  A   99  LEU  A  184  .  ?        1     ?  
 94  1  1  A  100  LYS  A  185  .  ?        ?     ?  
 95  1  1  A  101  ARG  A  186  .  ?        ?     ?  
 96  1  1  A  102  GLN  A  187  .  ?        ?     ?  
 97  1  1  A  103  ASN  A  188  .  ?        ?     ?  
 98  1  1  A  104  THR  A  189  .  ?        ?     ?  
 99  1  1  A  105  ALA  A  190  .  ?        ?     ?  
100  1  1  A  106  VAL  A  191  .  ?        ?     ?  
101  1  1  A  107  SER  A  192  .  ?        ?     ?  
102  1  1  A  108  ARG  A  193  .  ?        ?     ?  
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 63   63  p         -62.0   -18.0  Favored     ?   5   6  0.34   8  0.38  molprobity  
 64   64  m-85      -95.4   109.2  Favored     ?   9  12  0.74  16  0.59  molprobity  
 65   65  t        -106.7   118.0  Favored     ?   9   7  0.27  10  0.42  molprobity  
 66   66  ttpp      -80.7   121.3  Favored     ?  13   9  0.26  11  0.25  molprobity  
 67   67  m        -107.9   135.0  Favored     ?   9   7  0.23  10  0.64  molprobity  
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 70   70  t0       -144.6   125.8  Favored     ?   4   8  0.44  12  0.59  molprobity  
 71   71  Cg_exo    -57.5   -62.3  Allowed     ?   7   8  0.25  11  0.45  molprobity  
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 74   74  Cg_exo    -67.5    -6.6  Favored     ?   7   8  0.27  11  0.37  molprobity  
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 80   80  m-85      -87.2   135.2  Favored     ?   9  12  0.31  16  0.31  molprobity  
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 99   99  ?         -58.9   -51.1  Favored     ?   5   5  0.29   7  0.24  molprobity  
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101  101  t         -66.4   -23.8  Favored     ?   5   6  0.22   8  0.27  molprobity  
102  102  mtt85         ?       ?  ?           ?  13  10  0.26  11  1.08  molprobity  
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111  111  mt       -119.8   -36.8  Allowed     ?  11   8  0.25  11  0.31  molprobity  
112  112  m-85          ?       ?  ?           ?   9  11  0.41  13  0.35  molprobity  
113  113  ?             ?       ?  ?           ?  12  21  0.54  33  0.43  molprobity  
114  114  ?             ?       ?  ?           ?  11  25  0.69  39  0.85  molprobity  
115  115  ?             ?       ?  ?           ?  11  24  0.44  37  0.66  molprobity  
116  116  ?             ?       ?  ?           ?  12  22  0.83  34  1.30  molprobity  
117  117  ?             ?       ?  ?           ?  12  22  0.74  34  1.25  molprobity  
118  118  ?             ?       ?  ?           ?  11  25  0.63  39  0.81  molprobity  
119  119  ?             ?       ?  ?           ?  12  22  0.90  34  1.35  molprobity  
120  120  ?             ?       ?  ?           ?  12  22  0.73  34  1.37  molprobity  
121  121  ?             ?       ?  ?           ?  12  22  0.44  34  1.21  molprobity  
122  122  ?             ?       ?  ?           ?  11  24  0.43  37  0.63  molprobity  
123  123  ?             ?       ?  ?           ?  11  21  0.83  32  1.37  molprobity  
124  124  ?             ?       ?  ?           ?  12  22  0.74  34  1.22  molprobity  
125  125  ?             ?       ?  ?           ?  11  25  0.82  39  1.04  molprobity  
126  126  ?             ?       ?  ?           ?  11  24  0.67  37  0.95  molprobity  
127  127  ?             ?       ?  ?           ?  11  25  0.63  39  0.88  molprobity  
128  128  ?             ?       ?  ?           ?  12  23  0.44  33  0.59  molprobity  
129  129  ?             ?       ?  ?           ?  13  19  0.67  30  1.14  molprobity  
130  130  ?             ?       ?  ?           ?  11  21  0.49  32  0.67  molprobity  
131  131  ?             ?       ?  ?           ?  12  22  0.78  34  1.31  molprobity  
132  132  ?             ?       ?  ?           ?  11  21  0.45  32  0.82  molprobity  
133  133  ?             ?       ?  ?           ?  11  24  0.51  37  0.61  molprobity  
134  134  ?             ?       ?  ?           ?  11  25  0.52  39  0.70  molprobity  
135  135  ?             ?       ?  ?           ?  12  22  0.98  34  1.49  molprobity  
136  136  ?             ?       ?  ?           ?  11  24  0.83  37  0.70  molprobity  
137  137  ?             ?       ?  ?           ?  11  24  0.91  37  0.90  molprobity  
138  138  ?             ?       ?  ?           ?  11  24  0.44  37  0.65  molprobity  
139  139  ?             ?       ?  ?           ?  11  21  0.50  32  0.89  molprobity  
140  140  ?             ?       ?  ?           ?  11  24  0.56  37  0.63  molprobity  
141  141  ?             ?       ?  ?           ?  11  24  0.76  37  0.86  molprobity  
142  142  ?             ?       ?  ?           ?  12  22  0.53  34  1.31  molprobity  
143  143  ?             ?       ?  ?           ?  11  21  0.69  32  0.88  molprobity  
144  144  ?             ?       ?  ?           ?  13  21  0.46  30  1.24  molprobity  
145  145  ?             ?       ?  ?           ?   3   3  1.30   3  1.50  mogul       
146  146  ?             ?       ?  ?           ?  14   9  0.30   8  0.30  mogul       
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_clashes.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_clashes.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_clashes.label_atom_id
_pdbx_vrpt_instance_clashes.cid
_pdbx_vrpt_instance_clashes.clashmag
_pdbx_vrpt_instance_clashes.dist
 1    9  OH    1  0.52  2.21  
 2   12  HD13  2  0.54  1.89  
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 5   73  N     5  0.43  2.33  
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11  107  HD12  3  0.72  1.71  
12  156  O     4  0.43  2.18  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_1
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_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.mindiff
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.local_density
1  146  O2  C3  C4  O3   -41.57  32.00  10000  25.31  0.01  3.28  
2  146  C3  C4  O3  C5  -100.77  60.22  10000  21.23  0.00  4.30  
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#
loop_
_pdbx_vrpt_software.ordinal
_pdbx_vrpt_software.name
_pdbx_vrpt_software.version
_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  mogul        "1.8.4, CSD as541be (2020)"                                           Y  
3  eds          2.31.2                                                                Y  
4  dcc          "2.26  (2020-01-20)"                                                  Y  
5  xtriage      1.13                                                                  Y  
6  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
##
