data_6YPI

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  6YPI
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    6YPI
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2020-04-16
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         2
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2021-11-10
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2021-11-01:13:52
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,xtriage,eds,mogul,buster-report,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   Y
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "DA7 W16G,K58Q,L77R,T78R"  
2  non-polymer  "ZINC ION"  
3  non-polymer  DI(HYDROXYETHYL)ETHER  
4  non-polymer  3-[BENZYL(DIMETHYL)AMMONIO]PROPANE-1-SULFONATE  
5  non-polymer  "BENZOIC ACID"  
6  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  3  
D  4  
E  5  
F  6  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all    x-ray  
2  1.479  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
4  RSRZ_outliers_percent         
5  R_value_R_free                
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
 1  1  1   64.74  141614     ?     ?  
 2  2  1   48.40    4955  1.46  1.50  
 3  1  2  100.00  138981     ?     ?  
 4  2  2  100.00    4846  1.46  1.50  
 5  1  3   66.62  138945     ?     ?  
 6  2  3   40.07    4844  1.46  1.50  
 7  1  4   11.97  127900     ?     ?  
 8  2  4   12.92    4614  1.46  1.50  
 9  1  5   57.97  130704     ?     ?  
10  2  5   15.84    4690  1.46  1.50  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  100.00  
2  4  2  A  1  1  A  100.00  
3  5  3  A  1  1  A   71.01  
4  6  3  A  1  1  A   46.30  
5  7  4  A  1  1  A   11.97  
6  8  4  A  1  1  A   12.92  
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
1  1  1  A  A  0.49  0.35   813  1090  
2  1  2  B  A     ?     ?     ?     ?  
3  1  3  C  A     ?     ?     ?     ?  
4  1  4  D  A     ?     ?     ?     ?  
5  1  5  E  A     ?     ?     ?     ?  
6  1  6  F  A     ?     ?     ?     ?  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       1.35
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     4.10
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   834
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 813
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.35
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                1090
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    0.49
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method                x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal                   1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_estimate         23.328
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.I_over_sigma              1.10(1.48A)
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.num_miller_indices        14720
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L_mean     0.494
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L2_mean    0.323
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Fo_Fc_correlation         0.963
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_R                     0.21
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_Rfree                 0.23
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_R                     0.21
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_high              1.48
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_low               40.67
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_aniso            "[23.580,26.767,21.377,0.000,-4.191,0.000]"
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_anisotropy           0.225
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.trans_NCS_details         "The largest off-origin peak in the Patterson function is 12.31% of the height of the origin peak. No significant pseudotranslation is detected."
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.B_factor_type             FULL
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.acentric_outliers         0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.centric_outliers          3
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_completeness         99.46
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.number_reflns_R_free      736
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_free_reflections  5.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_RSRZ_outliers     8.05
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high       1.48
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low        40.67
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                     0.21
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree                 0.23
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_symm_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.ligand_of_interest
  1  1  1  A   4  SER  A    2  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
  2  1  1  A   5  PRO  A    3  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
  3  1  1  A   6  LEU  A    4  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
  4  1  1  A   7  ALA  A    5  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
  5  1  1  A   8  GLN  A    6  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
  6  1  1  A   9  GLN  A    7  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
  7  1  1  A  10  ILE  A    8  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
  8  1  1  A  11  LYS  A    9  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
  9  1  1  A  12  ASN  A   10  A  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 10  1  1  A  12  ASN  A   10  B  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 11  1  1  A  13  ILE  A   11  A  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 12  1  1  A  13  ILE  A   11  B  ?        1     ?     ?     ?     ?  ?     
 13  1  1  A  14  LEU  A   12  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 14  1  1  A  15  SER  A   13  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 15  1  1  A  16  LEU  A   14  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 16  1  1  A  17  ILE  A   15  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 17  1  1  A  18  GLY  A   16  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 18  1  1  A  19  GLN  A   17  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 19  1  1  A  20  ALA  A   18  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 20  1  1  A  21  ASP  A   19  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 21  1  1  A  22  ALA  A   20  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 22  1  1  A  23  ALA  A   21  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 23  1  1  A  24  GLY  A   22  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 24  1  1  A  25  ARG  A   23  A  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 25  1  1  A  25  ARG  A   23  B  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 26  1  1  A  26  MET  A   24  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 27  1  1  A  27  ASP  A   25  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 28  1  1  A  28  GLU  A   26  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 29  1  1  A  29  VAL  A   27  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 30  1  1  A  30  ARG  A   28  A  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 31  1  1  A  30  ARG  A   28  B  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 32  1  1  A  31  THR  A   29  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 33  1  1  A  32  LEU  A   30  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 34  1  1  A  33  GLN  A   31  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 35  1  1  A  34  LEU  A   32  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 36  1  1  A  35  ASN  A   33  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 37  1  1  A  36  LEU  A   34  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 38  1  1  A  37  CYS  A   35  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 39  1  1  A  38  GLN  A   36  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 40  1  1  A  39  LEU  A   37  .  ?        1     ?     ?     ?     ?  ?     
 41  1  1  A  40  MET  A   38  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 42  1  1  A  41  VAL  A   39  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 43  1  1  A  42  GLU  A   40  A  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 44  1  1  A  42  GLU  A   40  B  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 45  1  1  A  43  TYR  A   41  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 46  1  1  A  44  PHE  A   42  .  ?        2     ?     ?     ?     ?  ?     
 47  1  1  A  45  GLN  A   43  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 48  1  1  A  52  GLY  A   50  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 49  1  1  A  53  SER  A   51  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 50  1  1  A  54  PRO  A   52  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 51  1  1  A  55  LEU  A   53  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 52  1  1  A  56  ALA  A   54  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 53  1  1  A  57  GLN  A   55  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 54  1  1  A  58  GLN  A   56  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 55  1  1  A  59  ILE  A   57  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 56  1  1  A  60  GLN  A   58  .  ?        2     ?     ?     ?     ?  ?     
 57  1  1  A  61  ASN  A   59  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 58  1  1  A  62  ILE  A   60  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 59  1  1  A  63  HIS  A   61  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 60  1  1  A  64  SER  A   62  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 61  1  1  A  65  PHE  A   63  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 62  1  1  A  66  GLY  A   64  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 63  1  1  A  67  HIS  A   65  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 64  1  1  A  68  GLN  A   66  A  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 65  1  1  A  68  GLN  A   66  B  ?        1     ?     ?     ?     ?  ?     
 66  1  1  A  69  ALA  A   67  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 67  1  1  A  70  TRP  A   68  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 68  1  1  A  71  ALA  A   69  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 69  1  1  A  72  ALA  A   70  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 70  1  1  A  73  GLY  A   71  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 71  1  1  A  74  ARG  A   72  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 72  1  1  A  75  LEU  A   73  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 73  1  1  A  76  ASP  A   74  .  ?        1     ?     ?     ?     ?  ?     
 74  1  1  A  77  GLU  A   75  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 75  1  1  A  78  VAL  A   76  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 76  1  1  A  79  ARG  A   77  A  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 77  1  1  A  79  ARG  A   77  B  ?        1     ?     ?     ?     ?  ?     
 78  1  1  A  80  ARG  A   78  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 79  1  1  A  81  ILE  A   79  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 80  1  1  A  82  GLN  A   80  A  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 81  1  1  A  82  GLN  A   80  B  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 82  1  1  A  83  GLU  A   81  A  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 83  1  1  A  83  GLU  A   81  B  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 84  1  1  A  84  ASN  A   82  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 85  1  1  A  85  LEU  A   83  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 86  1  1  A  86  TYR  A   84  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 87  1  1  A  87  GLN  A   85  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 88  1  1  A  88  LEU  A   86  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 89  1  1  A  89  MET  A   87  A  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 90  1  1  A  89  MET  A   87  B  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 91  1  1  A  90  LYS  A   88  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 92  1  1  A  91  GLU  A   89  A  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 93  1  1  A  91  GLU  A   89  B  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 94  1  1  A  92  TYR  A   90  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 95  1  1  A  93  PHE  A   91  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 96  1  1  A  94  GLN  A   92  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 97  1  1  A  95  GLN  A   93  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 98  1  1  A  96  SER  A   94  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
 99  1  2  B   .  ZN   A  101  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  Y     
100  1  3  C   .  PEG  A  102  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
101  1  4  D   .  DMX  A  103  A  ?        2     ?     5     2     2  ?     
102  1  4  D   .  DMX  A  103  B  ?        2     ?     4     3     7  ?     
103  1  5  E   .  BEZ  A  104  .  ?        ?     ?     1     ?     ?  ?     
104  1  6  F   .  HOH  A  201  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
105  1  6  F   .  HOH  A  202  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
106  1  6  F   .  HOH  A  203  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
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110  1  6  F   .  HOH  A  207  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
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120  1  6  F   .  HOH  A  217  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
121  1  6  F   .  HOH  A  218  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
122  1  6  F   .  HOH  A  219  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  ?     
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127  1  6  F   .  HOH  A  224  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
128  1  6  F   .  HOH  A  225  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
129  1  6  F   .  HOH  A  226  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
130  1  6  F   .  HOH  A  227  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
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132  1  6  F   .  HOH  A  229  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
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135  1  6  F   .  HOH  A  232  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
136  1  6  F   .  HOH  A  233  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  ?     
#
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  1    1  OUTLIER       ?      ?  ?           4  69.760     6  0.29     9  0.93  molprobity  1.000  
  2    2  Cg_exo    -68.2  -38.6  Favored     7  58.460     8  0.35    11  0.30  molprobity  1.000  
  3    3  tp        -61.9  -42.2  Favored    11  38.010     8  0.21    11  0.42  molprobity  1.000  
  4    4  ?         -60.9  -38.2  Favored     5  32.330     5  0.24     7  0.54  molprobity  1.000  
  5    5  tp60      -70.0  -39.4  Favored     8  44.360     9  0.35    12  0.27  molprobity  1.000  
  6    6  mt-30     -57.7  -41.5  Favored     8  35.910     9  0.36    12  0.44  molprobity  1.000  
  7    7  mt        -67.1  -45.0  Favored    11  23.580     8  0.31    11  0.37  molprobity  1.000  
  8    8  mtpp      -58.3  -42.9  Favored    13  32.370     9  0.20    11  0.25  molprobity  1.000  
  9    9  m-20      -58.5  -47.8  Favored     6  29.420     8  0.24    11  0.35  molprobity  1.000  
 10   10  m-20      -58.5  -47.8  Favored     6  29.420     8  0.24    11  0.35  molprobity  1.000  
 11   11  mm        -65.0  -41.8  Favored    11  25.370     8  0.22    11  0.29  molprobity  1.000  
 12   12  mm        -65.0  -41.8  Favored    11  25.370     8  0.22    11  0.29  molprobity  1.000  
 13   13  mt        -55.2  -42.1  Favored    10  25.350     8  0.24    11  0.56  molprobity  1.000  
 14   14  t         -68.3  -39.3  Favored     5  34.120     6  0.21     8  0.37  molprobity  1.000  
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 16   16  mt        -62.2  -43.1  Favored    11  25.290     8  0.37    11  0.53  molprobity  1.000  
 17   17  ?         -61.7  -41.8  Favored     3  29.160     4  0.06     5  0.22  molprobity  1.000  
 18   18  mt-30     -65.2  -42.3  Favored     8  39.680     9  0.29    12  0.41  molprobity  1.000  
 19   19  ?         -64.2  -42.5  Favored     5  28.130     5  0.26     7  0.29  molprobity  1.000  
 20   20  t70       -63.5  -40.4  Favored     4  29.660     8  0.26    11  0.19  molprobity  1.000  
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 31   31  ttt-85    -57.5  -51.3  Favored    13  27.320    11  0.19    14  0.55  molprobity  1.000  
 32   32  p         -71.6  -37.2  Favored     6  25.060     7  0.17    10  0.60  molprobity  1.000  
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 38   38  t         -60.0  -48.2  Favored     4  24.030     6  0.24     8  0.25  molprobity  1.000  
 39   39  mt-30     -50.0  -48.3  Favored     8  33.220     9  0.31    12  0.66  molprobity  1.000  
 40   40  mt        -72.1  -34.5  Favored    11  24.480     8  0.33    11  0.39  molprobity  1.000  
 41   41  mtp       -68.1  -38.1  Favored     9  25.280     8  0.44    10  0.51  molprobity  1.000  
 42   42  t         -64.5  -33.2  Favored     9  34.930     7  0.47    10  0.63  molprobity  1.000  
 43   43  mm-40     -77.8  -45.4  Favored     6  30.050     9  0.27    12  0.34  molprobity  1.000  
 44   44  mm-40     -77.8  -45.4  Favored     6  30.050     9  0.27    12  0.34  molprobity  1.000  
 45   45  t80       -69.2  -42.3  Favored     8  28.390    13  0.29    18  0.56  molprobity  1.000  
 46   46  m-85     -107.6   36.9  Favored     9  34.990    12  0.51    16  0.48  molprobity  1.000  
 47   47  pt20          ?      ?  ?           8  49.360     8  0.27     9  0.31  molprobity  1.000  
 48   48  ?             ?      ?  ?           2  48.540     4  0.20     5  0.28  molprobity  1.000  
 49   49  p         -62.4  159.8  Favored     5  28.470     6  0.31     9  0.28  molprobity  1.000  
 50   50  Cg_exo    -59.6  -36.1  Favored     7  23.190     8  0.29    11  0.32  molprobity  1.000  
 51   51  tp        -67.2  -41.5  Favored    11  20.230     8  0.38    11  0.77  molprobity  1.000  
 52   52  ?         -60.9  -40.6  Favored     5  22.550     5  0.34     7  0.40  molprobity  1.000  
 53   53  mt-30     -65.4  -41.7  Favored     8  33.730     9  0.45    12  0.42  molprobity  1.000  
 54   54  tp60      -61.0  -41.6  Favored     8  23.240     9  0.20    12  0.32  molprobity  1.000  
 55   55  mt        -62.3  -43.8  Favored    11  19.820     8  0.34    11  0.43  molprobity  1.000  
 56   56  mt-30     -61.5  -43.1  Favored     8  35.020     9  0.61    12  0.37  molprobity  1.000  
 57   57  m-20      -71.0  -42.9  Favored     6  23.280     8  0.29    11  0.43  molprobity  1.000  
 58   58  mm        -69.7  -36.5  Favored    11  20.740     8  0.24    11  0.42  molprobity  1.000  
 59   59  t-80      -61.2  -44.1  Favored     7  21.400    11  0.26    15  0.30  molprobity  1.000  
 60   60  t         -62.8  -44.7  Favored     5  21.340     6  0.35     8  0.36  molprobity  1.000  
 61   61  t80       -58.4  -44.3  Favored     9  23.260    12  0.69    16  1.13  molprobity  1.000  
 62   62  ?         -63.6  -37.0  Favored     3  19.830     4  0.13     5  0.56  molprobity  1.000  
 63   63  m-70      -69.1  -36.0  Favored     7  20.480    11  0.24    15  0.36  molprobity  1.000  
 64   64  mt-30     -68.0  -35.4  Favored     8  27.350     9  0.41    12  0.42  molprobity  1.000  
 65   65  mt-30     -68.0  -35.4  Favored     8  27.350     9  0.41    12  0.42  molprobity  1.000  
 66   66  ?         -64.5  -43.5  Favored     4  20.060     5  0.27     7  0.38  molprobity  1.000  
 67   67  t-105     -64.9  -41.7  Favored    10  25.920    16  0.30    23  0.32  molprobity  1.000  
 68   68  ?         -62.0  -33.0  Favored     5  24.540     5  0.39     7  0.29  molprobity  1.000  
 69   69  ?         -87.4    3.0  Favored     5  24.370     5  0.40     7  0.74  molprobity  1.000  
 70   70  ?          69.7   22.5  Favored     3  24.250     4  0.38     5  0.44  molprobity  1.000  
 71   71  mmm180    -92.3   83.0  Favored    13  28.910    11  0.40    14  1.11  molprobity  1.000  
 72   72  mt        -75.4  -33.0  Favored    11  22.620     8  0.26    11  0.50  molprobity  1.000  
 73   73  m-20      -60.6  -45.4  Favored     4  26.750     8  0.29    11  0.32  molprobity  1.000  
 74   74  tp10      -68.8  -36.8  Favored     6  24.230     9  0.69    12  0.76  molprobity  1.000  
 75   75  t         -54.4  -47.6  Favored     9  20.590     7  0.43    10  0.54  molprobity  1.000  
 76   76  ttp-105   -62.3  -43.7  Favored    13  27.010    11  0.22    14  0.37  molprobity  1.000  
 77   77  ttp-105   -62.3  -43.7  Favored    13  27.010    11  0.22    14  0.37  molprobity  1.000  
 78   78  mtt180    -69.9  -38.3  Favored    12  34.910    11  0.34    14  0.39  molprobity  1.000  
 79   79  mt        -66.1  -44.0  Favored    11  21.830     8  0.48    11  0.51  molprobity  1.000  
 80   80  mt-30     -59.6  -43.0  Favored     8  22.650     9  0.21    12  0.33  molprobity  1.000  
 81   81  mt-30     -59.6  -43.0  Favored     8  22.650     9  0.21    12  0.33  molprobity  1.000  
 82   82  mt-10     -59.9  -47.1  Favored     6  29.940     9  0.19    12  0.26  molprobity  1.000  
 83   83  mt-10     -59.9  -47.1  Favored     6  29.940     9  0.19    12  0.26  molprobity  1.000  
 84   84  t-20      -64.3  -42.1  Favored     5  24.240     8  0.36    11  0.37  molprobity  1.000  
 85   85  tp        -63.6  -40.1  Favored    11  22.290     8  0.36    11  0.92  molprobity  1.000  
 86   86  m-85      -59.0  -42.7  Favored     9  24.160    13  0.72    18  0.44  molprobity  1.000  
 87   87  tp60      -62.7  -46.0  Favored     8  34.990     9  0.45    12  0.32  molprobity  1.000  
 88   88  mt        -61.9  -40.1  Favored    11  21.030     8  0.20    11  0.76  molprobity  1.000  
 89   89  mmm       -73.6  -33.6  Favored     9  20.890     8  0.29    10  0.44  molprobity  1.000  
 90   90  mmm       -73.6  -33.6  Favored     9  20.890     8  0.29    10  0.44  molprobity  1.000  
 91   91  mttt      -63.0  -36.6  Favored    12  32.720     9  0.29    11  0.47  molprobity  1.000  
 92   92  mt-10     -69.3  -49.8  Favored     6  24.960     9  0.45    12  0.31  molprobity  1.000  
 93   93  mt-10     -69.3  -49.8  Favored     6  24.960     9  0.45    12  0.31  molprobity  1.000  
 94   94  t80       -61.6  -43.8  Favored     8  23.780    13  0.42    18  0.40  molprobity  1.000  
 95   95  m-85      -95.0    4.1  Favored     9  21.450    12  0.56    16  0.45  molprobity  1.000  
 96   96  mm-40      51.7   56.7  Favored     8  25.520     9  0.14    12  0.61  molprobity  1.000  
 97   97  mm100    -112.6  117.1  Favored     8  40.250     9  0.35    12  0.39  molprobity  1.000  
 98   98  m             ?      ?  ?           5  53.300     5  0.17     5  0.21  molprobity  1.000  
 99   99  ?             ?      ?  ?           ?  17.980     ?     ?     ?     ?  ?           0.680  
100  100  ?             ?      ?  ?          10  40.180     6  0.50     5  0.40  mogul       1.000  
101  101  ?             ?      ?  ?          19  33.030    17  1.92    23  1.18  mogul       0.960  
102  102  ?             ?      ?  ?          19  33.030    17  1.89    23  1.07  mogul       0.960  
103  103  ?             ?      ?  ?           5  32.190     7  1.23     8  0.56  mogul       1.000  
104  104  ?             ?      ?  ?           ?  40.530     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
105  105  ?             ?      ?  ?           ?  45.640     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
106  106  ?             ?      ?  ?           ?  32.560     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
107  107  ?             ?      ?  ?           ?  33.340     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
108  108  ?             ?      ?  ?           ?  45.490     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
109  109  ?             ?      ?  ?           ?  36.720     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
110  110  ?             ?      ?  ?           ?  40.730     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
111  111  ?             ?      ?  ?           ?  32.040     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
112  112  ?             ?      ?  ?           ?  28.740     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
113  113  ?             ?      ?  ?           ?  32.390     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
114  114  ?             ?      ?  ?           ?  44.700     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
115  115  ?             ?      ?  ?           ?  35.310     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
116  116  ?             ?      ?  ?           ?  49.350     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
117  117  ?             ?      ?  ?           ?  34.840     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
118  118  ?             ?      ?  ?           ?  36.780     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
119  119  ?             ?      ?  ?           ?  43.870     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
120  120  ?             ?      ?  ?           ?  24.880     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
121  121  ?             ?      ?  ?           ?  34.200     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
122  122  ?             ?      ?  ?           ?  32.510     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
123  123  ?             ?      ?  ?           ?  35.540     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
124  124  ?             ?      ?  ?           ?  45.340     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
125  125  ?             ?      ?  ?           ?  37.690     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
126  126  ?             ?      ?  ?           ?  30.860     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
127  127  ?             ?      ?  ?           ?  34.150     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
128  128  ?             ?      ?  ?           ?  35.420     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
129  129  ?             ?      ?  ?           ?  24.150     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
130  130  ?             ?      ?  ?           ?  36.350     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
131  131  ?             ?      ?  ?           ?  37.300     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
132  132  ?             ?      ?  ?           ?  31.950     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
133  133  ?             ?      ?  ?           ?  42.460     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
134  134  ?             ?      ?  ?           ?  37.870     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
135  135  ?             ?      ?  ?           ?  39.010     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
136  136  ?             ?      ?  ?           ?  43.330     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_clashes.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_clashes.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_clashes.label_atom_id
_pdbx_vrpt_instance_clashes.cid
_pdbx_vrpt_instance_clashes.clashmag
_pdbx_vrpt_instance_clashes.dist
 1   12  HD12  1  0.45  1.99  
 2   40  HD12  1  0.45  1.99  
 3   46  HB3   2  0.72  1.69  
 4   46  HB3   3  0.52  2.36  
 5   56  HG2   2  0.72  1.69  
 6   56  CG    3  0.52  2.36  
 7   65  HG3   4  0.40  2.20  
 8   73  OD1   5  0.47  2.47  
 9   77  NH2   5  0.47  2.47  
10  101  H121  6  0.40  1.93  
11  101  H172  6  0.40  1.93  
12  102  H131  7  0.43  1.70  
13  102  H172  7  0.43  1.70  
14  131  O     4  0.40  2.20  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.label_atom_id
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.scid
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.symop
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.clashmag
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.dist
1  122  O  0  1_555  0.20  2.00  
2  122  O  0  2_657  0.20  2.00  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.atom_1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.atom_2
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.obsval
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.mean
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.numobs
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.Zscore
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.mindiff
 1  101  C7   C4   1.41  1.51  4216  0.02  -4.12  0.00  
 2  101  C9   N8   1.48  1.52   526  0.02  -2.04  0.00  
 3  101  C10  S11  1.83  1.77    27  0.01   4.23  0.03  
 4  101  O15  S11  1.53  1.45   100  0.03   2.85  0.00  
 5  101  O16  S11  1.52  1.45   100  0.03   2.41  0.01  
 6  102  C7   C4   1.42  1.51  4216  0.02  -3.98  0.00  
 7  102  C10  S11  1.83  1.77    27  0.01   4.14  0.02  
 8  102  O15  S11  1.53  1.45   100  0.03   2.87  0.00  
 9  102  O16  S11  1.53  1.45   100  0.03   2.84  0.00  
10  103  C1   C    1.50  1.47    20  0.01   3.15  0.01  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_2
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_3
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.obsval
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.mean
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.numobs
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.Zscore
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.mindiff
1  101  O15  S11  C10  110.38  106.92  54  1.20   2.88  0.06  
2  101  O16  S11  C10  110.03  106.92  54  1.20   2.59  0.29  
3  102  C17  C10  S11  109.66  113.25  21  1.53  -2.34  0.55  
4  102  O14  S11  C10  110.08  105.77  27  1.62   2.67  0.92  
5  102  O16  S11  C10  109.90  106.92  54  1.20   2.48  0.30  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_2
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_3
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_4
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.obsval
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.mean
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.numobs
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.mindiff
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.local_density
1  101  C4   C7   N8   C9    -44.91  104.32  300  46.13   2.73  3.33  
2  101  C4   C7   N8   C13  -163.73   92.85  599  29.90   0.11  3.84  
3  102  C17  C9   N8   C7   -148.46   64.11  315  31.91   7.57  0.32  
4  102  C17  C9   N8   C12    92.18   47.33  645  24.43  15.34  0.00  
5  102  C17  C9   N8   C13   -27.58   68.66  645  53.01   1.70  0.31  
6  102  C10  C17  C9   N8    -91.35   77.46   42   6.88  60.73  0.00  
7  102  C17  C10  S11  O14  -132.79   58.39  296  18.38   3.79  0.34  
8  102  C17  C10  S11  O15   107.69   55.63   70  14.04  16.27  0.00  
9  102  C17  C10  S11  O16   -12.22   85.84   70  56.21   4.15  1.43  
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance_density.ordinal
_pdbx_vrpt_model_instance_density.instance_id
_pdbx_vrpt_model_instance_density.natoms_eds
_pdbx_vrpt_model_instance_density.RSRCC
_pdbx_vrpt_model_instance_density.RSR
_pdbx_vrpt_model_instance_density.RSRZ
  1    1   6  0.402  0.400   6.265  
  2    2   7  0.693  0.199   2.490  
  3    3   8  0.868  0.162   2.202  
  4    4   5  0.927  0.094   0.287  
  5    5   9  0.890  0.213   1.891  
  6    6   9  0.926  0.112   0.123  
  7    7   8  0.969  0.116   0.873  
  8    8   9  0.908  0.147   0.449  
  9    9  16  0.931  0.169   1.467  
 10   10  16  0.931  0.169   1.467  
 11   11  16  0.962  0.117   0.905  
 12   12  16  0.962  0.117   0.905  
 13   13   8  0.945  0.090   0.033  
 14   14   6  0.923  0.102   0.281  
 15   15   8  0.927  0.105   0.485  
 16   16   8  0.959  0.095   0.209  
 17   17   4  0.958  0.081  -0.011  
 18   18   9  0.931  0.123   0.315  
 19   19   5  0.947  0.101   0.458  
 20   20   8  0.959  0.089  -0.148  
 21   21   5  0.938  0.070  -0.301  
 22   22   5  0.961  0.088   0.140  
 23   23   4  0.958  0.100   0.391  
 24   24  22  0.913  0.253   2.528  
 25   25  22  0.913  0.253   2.528  
 26   26   8  0.925  0.095   0.114  
 27   27   8  0.938  0.093  -0.078  
 28   28   9  0.941  0.133   0.234  
 29   29   7  0.929  0.097   0.330  
 30   30  22  0.937  0.113   0.106  
 31   31  22  0.937  0.113   0.106  
 32   32   7  0.935  0.101   0.412  
 33   33   8  0.898  0.117   0.846  
 34   34   9  0.934  0.108   0.053  
 35   35   8  0.922  0.102   0.395  
 36   36   8  0.963  0.084  -0.161  
 37   37   8  0.945  0.101   0.364  
 38   38   6  0.964  0.087   0.413  
 39   39   9  0.896  0.137   0.560  
 40   40   8  0.889  0.099   0.304  
 41   41   8  0.964  0.084  -0.123  
 42   42   7  0.924  0.094   0.240  
 43   43  18  0.899  0.116  -0.029  
 44   44  18  0.899  0.116  -0.029  
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 49   49   6  0.891  0.085  -0.060  
 50   50   7  0.957  0.086  -0.004  
 51   51   8  0.903  0.093   0.123  
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 53   53   9  0.940  0.137   0.560  
 54   54   9  0.926  0.100  -0.088  
 55   55   8  0.925  0.100   0.367  
 56   56   9  0.930  0.118   0.228  
 57   57   8  0.941  0.113   0.395  
 58   58   8  0.971  0.087  -0.044  
 59   59  10  0.961  0.094   0.097  
 60   60   6  0.948  0.087  -0.020  
 61   61  11  0.949  0.109   0.879  
 62   62   4  0.961  0.087   0.116  
 63   63  10  0.940  0.096   0.136  
 64   64  18  0.884  0.204   1.734  
 65   65  18  0.884  0.204   1.734  
 66   66   5  0.920  0.100   0.434  
 67   67  14  0.900  0.115   1.289  
 68   68   5  0.941  0.077  -0.130  
 69   69   5  0.940  0.096   0.336  
 70   70   4  0.974  0.069  -0.264  
 71   71  11  0.903  0.139   0.555  
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 73   73   8  0.934  0.084  -0.236  
 74   74   9  0.951  0.111  -0.107  
 75   75   7  0.942  0.101   0.450  
 76   76  22  0.874  0.159   0.901  
 77   77  22  0.874  0.159   0.901  
 78   78  11  0.868  0.197   1.559  
 79   79   8  0.938  0.106   0.557  
 80   80  18  0.954  0.119   0.245  
 81   81  18  0.954  0.119   0.245  
 82   82  18  0.934  0.159   0.636  
 83   83  18  0.934  0.159   0.636  
 84   84   8  0.948  0.090  -0.046  
 85   85   8  0.934  0.108   0.575  
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 90   90  16  0.974  0.100   0.222  
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 93   93  18  0.946  0.147   0.450  
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 97   97   9  0.923  0.152   0.823  
 98   98   6  0.801  0.197   2.189  
 99   99   1  0.998  0.196       ?  
100  100   7  0.785  0.148       ?  
101  101  34  0.809  0.225       ?  
102  102  34  0.809  0.225       ?  
103  103   9  0.915  0.121       ?  
104  104   1  0.894  0.148       ?  
105  105   1  0.946  0.199       ?  
106  106   1  0.952  0.110       ?  
107  107   1  0.928  0.212       ?  
108  108   1  0.799  0.126       ?  
109  109   1  0.888  0.462       ?  
110  110   1  0.934  0.094       ?  
111  111   1  0.902  0.165       ?  
112  112   1  0.953  0.159       ?  
113  113   1  0.947  0.126       ?  
114  114   1  0.674  0.226       ?  
115  115   1  0.929  0.149       ?  
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6  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
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