data_6VOZ

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  6VOZ
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_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
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_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    6VOZ
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2020-02-01
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         4
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2023-10-11
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2023-10-05:08:01
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,xtriage,eds,mogul,buster-report,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   Y
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      Streptavidin  
2  non-polymer  {N-(4-{bis[(pyridin-2-yl-kappaN)methyl]amino-kappaN}butyl)-5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanamide}iron(3+)  
3  non-polymer  "ACETATE ION"  
4  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  3  
D  4  
#
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal        1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num  1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id      1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id  A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id   A
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_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method              x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal                 1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_estimate       16.162
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.I_over_sigma            1.25(1.30A)
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.num_miller_indices      38570
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L_mean   0.479
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L2_mean  0.311
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_aniso          "[16.429,16.429,15.707,0.000,0.000,0.000]"
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_anisotropy         0.045
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.trans_NCS_details       "The largest off-origin peak in the Patterson function is 7.76% of the height of the origin peak. No significant pseudotranslation is detected."
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.acentric_outliers       2
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.centric_outliers        0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high     1.30
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low      31.07
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                   0.18
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree               0.21
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
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_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.ligand_of_interest
  1  1  1  A   13  ASP  A   13  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  2  1  1  A   14  GLU  A   14  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  3  1  1  A   15  ALA  A   15  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  4  1  1  A   16  GLY  A   16  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  5  1  1  A   17  ILE  A   17  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  6  1  1  A   18  THR  A   18  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  7  1  1  A   19  GLY  A   19  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  8  1  1  A   20  THR  A   20  .  ?        ?     ?     ?  ?     
  9  1  1  A   21  TRP  A   21  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 10  1  1  A   22  TYR  A   22  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 11  1  1  A   23  ASN  A   23  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 12  1  1  A   24  GLN  A   24  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 13  1  1  A   25  LEU  A   25  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 14  1  1  A   26  GLY  A   26  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 15  1  1  A   27  SER  A   27  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 16  1  1  A   28  THR  A   28  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 17  1  1  A   29  PHE  A   29  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 18  1  1  A   30  ILE  A   30  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 19  1  1  A   31  VAL  A   31  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 20  1  1  A   32  THR  A   32  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 21  1  1  A   33  ALA  A   33  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 22  1  1  A   34  GLY  A   34  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 23  1  1  A   35  ALA  A   35  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 24  1  1  A   36  ASP  A   36  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 25  1  1  A   37  GLY  A   37  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 26  1  1  A   38  ALA  A   38  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 27  1  1  A   39  LEU  A   39  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 28  1  1  A   40  THR  A   40  A  ?        ?     ?     ?  ?     
 29  1  1  A   40  THR  A   40  B  ?        ?     ?     ?  ?     
 30  1  1  A   41  GLY  A   41  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 31  1  1  A   42  THR  A   42  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 32  1  1  A   43  TYR  A   43  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 33  1  1  A   44  GLU  A   44  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 34  1  1  A   45  SER  A   45  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 35  1  1  A   46  ALA  A   46  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 36  1  1  A   47  VAL  A   47  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 37  1  1  A   48  GLY  A   48  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 38  1  1  A   49  ASN  A   49  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 39  1  1  A   50  ALA  A   50  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 40  1  1  A   51  GLU  A   51  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 41  1  1  A   52  SER  A   52  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 42  1  1  A   53  ARG  A   53  A  ?        ?     ?     ?  ?     
 43  1  1  A   53  ARG  A   53  B  ?        ?     ?     ?  ?     
 44  1  1  A   54  TYR  A   54  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 45  1  1  A   55  VAL  A   55  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 46  1  1  A   56  LEU  A   56  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 47  1  1  A   57  THR  A   57  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 48  1  1  A   58  GLY  A   58  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 49  1  1  A   59  ARG  A   59  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 50  1  1  A   60  TYR  A   60  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 51  1  1  A   61  ASP  A   61  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 52  1  1  A   62  SER  A   62  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 53  1  1  A   63  ALA  A   63  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 54  1  1  A   64  PRO  A   64  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 55  1  1  A   65  ALA  A   65  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 56  1  1  A   66  THR  A   66  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 57  1  1  A   67  ASP  A   67  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 58  1  1  A   68  GLY  A   68  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 59  1  1  A   69  SER  A   69  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 60  1  1  A   70  GLY  A   70  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 61  1  1  A   71  THR  A   71  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 62  1  1  A   72  ALA  A   72  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 63  1  1  A   73  LEU  A   73  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 64  1  1  A   74  GLY  A   74  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 65  1  1  A   75  TRP  A   75  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 66  1  1  A   76  THR  A   76  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 67  1  1  A   77  VAL  A   77  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 68  1  1  A   78  ALA  A   78  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 69  1  1  A   79  TRP  A   79  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 70  1  1  A   80  LYS  A   80  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 71  1  1  A   81  ASN  A   81  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 72  1  1  A   82  ASN  A   82  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 73  1  1  A   83  TYR  A   83  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 74  1  1  A   84  ARG  A   84  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 75  1  1  A   85  ASN  A   85  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 76  1  1  A   86  ALA  A   86  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 77  1  1  A   87  HIS  A   87  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 78  1  1  A   88  SER  A   88  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 79  1  1  A   89  ALA  A   89  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 80  1  1  A   90  THR  A   90  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 81  1  1  A   91  THR  A   91  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 82  1  1  A   92  TRP  A   92  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 83  1  1  A   93  SER  A   93  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 84  1  1  A   94  GLY  A   94  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 85  1  1  A   95  GLN  A   95  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 86  1  1  A   96  TYR  A   96  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 87  1  1  A   97  VAL  A   97  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 88  1  1  A   98  GLY  A   98  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 89  1  1  A   99  GLY  A   99  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 90  1  1  A  100  ALA  A  100  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 91  1  1  A  101  GLU  A  101  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 92  1  1  A  102  ALA  A  102  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 93  1  1  A  103  ARG  A  103  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 94  1  1  A  104  ILE  A  104  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 95  1  1  A  105  ASN  A  105  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 96  1  1  A  106  THR  A  106  .  ?        ?     ?     ?  ?     
 97  1  1  A  107  GLN  A  107  A  ?        ?     ?     ?  ?     
 98  1  1  A  107  GLN  A  107  B  ?        ?     ?     ?  ?     
 99  1  1  A  108  TRP  A  108  .  ?        ?     ?     ?  ?     
100  1  1  A  109  LEU  A  109  .  ?        ?     ?     ?  ?     
101  1  1  A  110  LEU  A  110  .  ?        ?     ?     ?  ?     
102  1  1  A  111  THR  A  111  .  ?        ?     ?     ?  ?     
103  1  1  A  112  SER  A  112  .  ?        ?     ?     ?  ?     
104  1  1  A  113  GLY  A  113  .  ?        ?     ?     ?  ?     
105  1  1  A  114  THR  A  114  .  ?        ?     ?     ?  ?     
106  1  1  A  115  THR  A  115  .  ?        ?     ?     ?  ?     
107  1  1  A  116  GLU  A  116  .  ?        ?     ?     ?  ?     
108  1  1  A  117  ALA  A  117  .  ?        ?     ?     ?  ?     
109  1  1  A  118  ASN  A  118  .  ?        ?     ?     ?  ?     
110  1  1  A  119  ALA  A  119  .  ?        ?     ?     ?  ?     
111  1  1  A  120  TRP  A  120  .  ?        ?     ?     ?  ?     
112  1  1  A  121  ALA  A  121  .  ?        ?     ?     ?  ?     
113  1  1  A  122  SER  A  122  .  ?        ?     ?     ?  ?     
114  1  1  A  123  THR  A  123  .  ?        ?     ?     ?  ?     
115  1  1  A  124  TYR  A  124  .  ?        ?     ?     ?  ?     
116  1  1  A  125  VAL  A  125  .  ?        ?     ?     ?  ?     
117  1  1  A  126  GLY  A  126  .  ?        ?     ?     ?  ?     
118  1  1  A  127  HIS  A  127  .  ?        ?     ?     ?  ?     
119  1  1  A  128  ASP  A  128  .  ?        ?     ?     ?  ?     
120  1  1  A  129  THR  A  129  .  ?        ?     ?     ?  ?     
121  1  1  A  130  PHE  A  130  .  ?        ?     ?     ?  ?     
122  1  1  A  131  THR  A  131  .  ?        ?     ?     ?  ?     
123  1  1  A  132  LYS  A  132  .  ?        ?     ?     ?  ?     
124  1  1  A  133  VAL  A  133  .  ?        ?     ?     ?  ?     
125  1  1  A  134  LYS  A  134  .  ?        ?     ?     ?  ?     
126  1  2  B    .  KM3  A  201  .  ?        7    12     2  Y     
127  1  3  C    .  ACT  A  202  .  ?        ?     ?     ?  ?     
128  1  4  D    .  HOH  A  301  .  ?        ?     ?     ?  ?     
129  1  4  D    .  HOH  A  302  .  ?        ?     ?     ?  ?     
130  1  4  D    .  HOH  A  303  .  ?        ?     ?     ?  ?     
131  1  4  D    .  HOH  A  304  .  ?        ?     ?     ?  ?     
132  1  4  D    .  HOH  A  305  .  ?        ?     ?     ?  ?     
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5  126  C14  C15  1.23  1.38  10000  0.03  -5.50  0.00  
6  126  C14  C13  1.22  1.38  10000  0.02  -7.91  0.00  
7  126  C13  C12  1.29  1.39  10000  0.02  -5.51  0.00  
#
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_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.mindiff
 1  126  O3   C9   N1   122.29  125.94    221  1.44  -2.54  0.64  
 2  126  N2   C9   N1   111.21  108.76     91  0.94   2.61  0.43  
 3  126  C8   C10  N2   100.23  102.67     49  1.08  -2.27  0.52  
 4  126  C10  C8   N1   104.78  102.43     49  1.06   2.21  0.14  
 5  126  C7   C8   N1   109.87  113.03     27  1.27  -2.49  0.48  
 6  126  C7   C8   C10  106.71  108.66     23  0.87  -2.25  0.47  
 7  126  C24  N6   C01  118.02  122.84   1061  1.86  -2.60  0.13  
 8  126  C16  N4   C12  111.31  118.23    112  0.72  -9.68  5.28  
 9  126  C16  C15  C14  122.90  118.85  10000  1.50   2.71  0.00  
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#
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1  126  O1   C01  N6   C24  -21.52  16.17  2199   7.66  0.01  4.14  
2  126  C24  C25  C26  C23  103.25  65.00  3633  15.34  0.05  0.96  
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loop_
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_pdbx_vrpt_software.version
_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
2  xtriage      1.13                                                                  Y  
3  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  N  
##
