data_6VLP

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  6VLP
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    6VLP
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2020-01-24
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         2
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2023-10-11
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2023-10-05:06:04
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,xtriage,eds,mogul,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   N
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      Hop1  
2  non-polymer  TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE  
3  non-polymer  "SULFATE ION"  
4  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  3  
D  3  
E  3  
F  4  
#
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal        1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num  1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id      1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id  A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id   A
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method              x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal                 1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_estimate       23.319
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.I_over_sigma            1.19(1.68A)
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.num_miller_indices      11174
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L_mean   0.486
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L2_mean  0.320
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_aniso          "[22.132,20.904,27.177,0.000,0.000,0.000]"
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_anisotropy         0.268
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.trans_NCS_details       "The largest off-origin peak in the Patterson function is 7.70% of the height of the origin peak. No significant pseudotranslation is detected."
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.acentric_outliers       0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.centric_outliers        0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high     1.68
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low      28.99
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                   0.19
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree               0.21
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_symm_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
  1  1  1  A  18  GLU  A   18  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  2  1  1  A  19  ILE  A   19  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  3  1  1  A  20  GLU  A   20  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  4  1  1  A  21  SER  A   21  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  5  1  1  A  22  LEU  A   22  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  6  1  1  A  23  ALA  A   23  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  7  1  1  A  24  ARG  A   24  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  8  1  1  A  25  TYR  A   25  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  9  1  1  A  26  ALA  A   26  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 10  1  1  A  27  VAL  A   27  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 11  1  1  A  28  ASP  A   28  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 12  1  1  A  29  GLU  A   29  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 13  1  1  A  30  HIS  A   30  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 14  1  1  A  31  ASN  A   31  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 15  1  1  A  32  LYS  A   32  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 16  1  1  A  33  LYS  A   33  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 17  1  1  A  34  GLN  A   34  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 18  1  1  A  35  ASN  A   35  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 19  1  1  A  36  SER  A   36  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 20  1  1  A  37  LEU  A   37  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 21  1  1  A  38  LEU  A   38  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 22  1  1  A  39  GLN  A   39  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 23  1  1  A  40  PHE  A   40  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 24  1  1  A  41  GLU  A   41  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 25  1  1  A  42  LYS  A   42  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 26  1  1  A  43  VAL  A   43  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 27  1  1  A  44  VAL  A   44  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 28  1  1  A  45  ASN  A   45  A  ?        ?     ?     ?     ?  
 29  1  1  A  45  ASN  A   45  B  ?        ?     ?     ?     ?  
 30  1  1  A  46  THR  A   46  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 31  1  1  A  47  LYS  A   47  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 32  1  1  A  48  GLN  A   48  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 33  1  1  A  49  GLN  A   49  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 34  1  1  A  50  VAL  A   50  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 35  1  1  A  51  VAL  A   51  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 36  1  1  A  52  SER  A   52  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 37  1  1  A  53  GLY  A   53  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 38  1  1  A  54  THR  A   54  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 39  1  1  A  55  ILE  A   55  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 40  1  1  A  56  TYR  A   56  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 41  1  1  A  57  ILE  A   57  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 42  1  1  A  58  ILE  A   58  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 43  1  1  A  59  THR  A   59  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 44  1  1  A  60  LEU  A   60  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 45  1  1  A  61  GLU  A   61  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 46  1  1  A  62  ALA  A   62  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 47  1  1  A  63  VAL  A   63  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 48  1  1  A  64  ASP  A   64  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 49  1  1  A  65  GLY  A   65  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 50  1  1  A  66  GLY  A   66  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 51  1  1  A  67  LYS  A   67  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 52  1  1  A  68  LYS  A   68  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 53  1  1  A  69  LYS  A   69  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 54  1  1  A  70  VAL  A   70  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 55  1  1  A  71  TYR  A   71  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 56  1  1  A  72  GLU  A   72  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 57  1  1  A  73  ALA  A   73  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 58  1  1  A  74  LYS  A   74  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 59  1  1  A  75  VAL  A   75  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 60  1  1  A  76  TRP  A   76  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 61  1  1  A  77  GLU  A   77  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 62  1  1  A  78  LYS  A   78  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 63  1  1  A  79  PRO  A   79  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 64  1  1  A  80  TRP  A   80  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 65  1  1  A  81  MET  A   81  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 66  1  1  A  82  ASN  A   82  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 67  1  1  A  83  PHE  A   83  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 68  1  1  A  84  LYS  A   84  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 69  1  1  A  85  GLU  A   85  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 70  1  1  A  86  LEU  A   86  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 71  1  1  A  87  GLN  A   87  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 72  1  1  A  88  GLU  A   88  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 73  1  1  A  89  PHE  A   89  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 74  1  1  A  90  LYS  A   90  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 75  1  1  A  91  LEU  A   91  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 76  1  1  A  92  ILE  A   92  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 77  1  1  A  93  GLY  A   93  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 78  1  1  A  94  ASP  A   94  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 79  1  1  A  95  ALA  A   95  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 80  1  1  A  96  PRO  A   96  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 81  1  1  A  97  SER  A   97  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 82  1  2  B   .  TAM  A  201  .  ?        ?     2     ?     6  
 83  1  3  C   .  SO4  A  202  .  ?        ?     ?     5     ?  
 84  1  3  D   .  SO4  A  203  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 85  1  3  E   .  SO4  A  204  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 86  1  4  F   .  HOH  A  301  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 87  1  4  F   .  HOH  A  302  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 88  1  4  F   .  HOH  A  303  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 89  1  4  F   .  HOH  A  304  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 90  1  4  F   .  HOH  A  305  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 91  1  4  F   .  HOH  A  306  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 92  1  4  F   .  HOH  A  307  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 93  1  4  F   .  HOH  A  308  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 94  1  4  F   .  HOH  A  309  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 95  1  4  F   .  HOH  A  310  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 96  1  4  F   .  HOH  A  311  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 97  1  4  F   .  HOH  A  312  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 98  1  4  F   .  HOH  A  313  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 99  1  4  F   .  HOH  A  314  .  ?        ?     ?     ?     ?  
100  1  4  F   .  HOH  A  315  .  ?        ?     ?     ?     ?  
101  1  4  F   .  HOH  A  316  .  ?        ?     ?     ?     ?  
102  1  4  F   .  HOH  A  317  .  ?        1     ?     ?     ?  
103  1  4  F   .  HOH  A  318  .  ?        ?     ?     ?     ?  
104  1  4  F   .  HOH  A  319  .  ?        ?     ?     ?     ?  
105  1  4  F   .  HOH  A  320  .  ?        ?     ?     ?     ?  
106  1  4  F   .  HOH  A  321  .  ?        ?     ?     ?     ?  
107  1  4  F   .  HOH  A  322  .  ?        ?     ?     ?     ?  
108  1  4  F   .  HOH  A  323  .  ?        1     ?     ?     ?  
109  1  4  F   .  HOH  A  324  .  ?        ?     ?     ?     ?  
110  1  4  F   .  HOH  A  325  .  ?        ?     ?     ?     ?  
111  1  4  F   .  HOH  A  326  .  ?        ?     ?     ?     ?  
112  1  4  F   .  HOH  A  327  .  ?        ?     ?     ?     ?  
113  1  4  F   .  HOH  A  328  .  ?        ?     ?     ?     ?  
114  1  4  F   .  HOH  A  329  .  ?        1     ?     ?     ?  
115  1  4  F   .  HOH  A  330  .  ?        ?     ?     ?     ?  
116  1  4  F   .  HOH  A  331  .  ?        ?     ?     ?     ?  
117  1  4  F   .  HOH  A  332  .  ?        ?     ?     ?     ?  
118  1  4  F   .  HOH  A  333  .  ?        ?     ?     ?     ?  
119  1  4  F   .  HOH  A  334  .  ?        1     ?     ?     ?  
120  1  4  F   .  HOH  A  335  .  ?        ?     ?     ?     ?  
121  1  4  F   .  HOH  A  336  .  ?        ?     ?     ?     ?  
122  1  4  F   .  HOH  A  337  .  ?        ?     ?     ?     ?  
123  1  4  F   .  HOH  A  338  .  ?        ?     ?     ?     ?  
124  1  4  F   .  HOH  A  339  .  ?        ?     ?     ?     ?  
125  1  4  F   .  HOH  A  340  .  ?        ?     ?     ?     ?  
126  1  4  F   .  HOH  A  341  .  ?        ?     ?     ?     ?  
127  1  4  F   .  HOH  A  342  .  ?        ?     ?     ?     ?  
128  1  4  F   .  HOH  A  343  .  ?        ?     ?     ?     ?  
129  1  4  F   .  HOH  A  344  .  ?        ?     ?     ?     ?  
130  1  4  F   .  HOH  A  345  .  ?        ?     ?     ?     ?  
131  1  4  F   .  HOH  A  346  .  ?        ?     ?     ?     ?  
132  1  4  F   .  HOH  A  347  .  ?        ?     ?     ?     ?  
133  1  4  F   .  HOH  A  348  .  ?        ?     ?     ?     ?  
134  1  4  F   .  HOH  A  349  .  ?        ?     ?     ?     ?  
135  1  4  F   .  HOH  A  350  .  ?        ?     ?     ?     ?  
136  1  4  F   .  HOH  A  351  .  ?        ?     ?     ?     ?  
137  1  4  F   .  HOH  A  352  .  ?        ?     ?     ?     ?  
138  1  4  F   .  HOH  A  353  .  ?        ?     ?     ?     ?  
139  1  4  F   .  HOH  A  354  .  ?        1     ?     ?     ?  
140  1  4  F   .  HOH  A  355  .  ?        ?     ?     ?     ?  
141  1  4  F   .  HOH  A  356  .  ?        ?     ?     ?     ?  
142  1  4  F   .  HOH  A  357  .  ?        2     ?     ?     ?  
143  1  4  F   .  HOH  A  358  .  ?        1     ?     ?     ?  
144  1  4  F   .  HOH  A  359  .  ?        ?     ?     ?     ?  
145  1  4  F   .  HOH  A  360  .  ?        ?     ?     ?     ?  
146  1  4  F   .  HOH  A  361  .  ?        ?     ?     ?     ?  
147  1  4  F   .  HOH  A  362  .  ?        ?     ?     ?     ?  
148  1  4  F   .  HOH  A  363  .  ?        ?     ?     ?     ?  
149  1  4  F   .  HOH  A  364  .  ?        ?     ?     ?     ?  
150  1  4  F   .  HOH  A  365  .  ?        ?     ?     ?     ?  
151  1  4  F   .  HOH  A  366  .  ?        ?     ?     ?     ?  
152  1  4  F   .  HOH  A  367  .  ?        ?     ?     ?     ?  
153  1  4  F   .  HOH  A  368  .  ?        ?     ?     ?     ?  
154  1  4  F   .  HOH  A  369  .  ?        ?     ?     ?     ?  
155  1  4  F   .  HOH  A  370  .  ?        ?     ?     ?     ?  
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.instance_id
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.num_angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.program_for_bond_angle_geometry
1  82  7  1.52  9  1.16  mogul  
2  83  4  0.14  6  3.60  mogul  
3  84  4  0.14  6  0.17  mogul  
4  85  4  0.13  6  0.08  mogul  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.label_atom_id
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.scid
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.symop
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.clashmag
_pdbx_vrpt_instance_symm_clashes.dist
1  102  O  0  1_555  0.22  1.98  
2  108  O  1  1_555  0.13  2.07  
3  114  O  1  3_554  0.13  2.07  
4  119  O  2  1_555  0.35  1.85  
5  139  O  2  7_454  0.35  1.85  
6  142  O  0  3_554  0.22  1.98  
7  142  O  3  1_555  0.16  2.04  
8  143  O  3  7_544  0.16  2.04  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.atom_1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.atom_2
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.obsval
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.mean
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.numobs
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.Zscore
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.mindiff
1  82  C2  C5  1.57  1.52  121  0.02  2.77  0.00  
2  82  C3  C6  1.56  1.52  121  0.02  2.33  0.01  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_2
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_3
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.obsval
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.mean
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.numobs
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.Zscore
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.mindiff
1  83  O2  S  O1   84.93  109.43   28  7.39  -3.32   3.16  
2  83  O3  S  O1  123.42  109.31  109  5.22   2.71   3.46  
3  83  O4  S  O1  132.94  109.31  109  5.22   4.53   0.91  
4  83  O4  S  O2  123.48  109.31  109  5.22   2.72   3.40  
5  83  O4  S  O3   85.05  109.06   27  4.27  -5.62  15.61  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_2
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_3
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_4
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.obsval
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.mean
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.numobs
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.mindiff
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.local_density
1  82  C2  C  C1  C4    34.98   63.31  82  53.60   0.72  1.22  
2  82  C3  C  C1  C4   153.64   67.98  82  36.26   5.15  1.22  
3  82  N   C  C1  C4   -84.83   57.50  28  33.08  17.81  0.00  
4  82  C1  C  C2  C5  -128.76   60.10  82  13.79  30.03  0.00  
5  82  C3  C  C2  C5   112.64   54.98  82   7.48  40.61  0.00  
6  82  N   C  C2  C5    -8.89  108.61  28  57.73  38.52  0.00  
#
loop_
_pdbx_vrpt_software.ordinal
_pdbx_vrpt_software.name
_pdbx_vrpt_software.version
_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
2  xtriage      1.13                                                                  Y  
3  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  N  
##
