data_6N65

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  6N65
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    6N65
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2018-11-25
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         4
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2023-10-11
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2024-06-12:00:59
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,xtriage,eds,mogul,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   N
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "KRAS G-quadruplex G16T mutant"  
2  non-polymer  "POTASSIUM ION"  
3  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  1  
C  2  
D  2  
E  2  
F  2  
G  2  
H  3  
I  3  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  x-ray  
2  1.6  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore    
2  RSRZ_outliers_percent  
3  R_value_R_free         
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1  94.09  141614     ?     ?  
2  2  1  91.68    3665  1.60  1.60  
3  1  2  32.89  127900     ?     ?  
4  2  2  29.87    3321  1.60  1.60  
5  1  3  46.99  130704     ?     ?  
6  2  3  15.53    3398  1.60  1.60  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  32.89  
2  4  2  A  1  1  A  29.87  
3  3  2  B  1  1  B  32.89  
4  4  2  B  1  1  B  29.87  
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
1  1  1  A  A  0.90  0.82  573  888  
2  1  1  B  B  0.92  0.82  573  888  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore       1.28
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce     540
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ   1146
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ       0.82
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ  1776
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ      0.91
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method                x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal                   1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_b                 128.511
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_b            42.054
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_estimate         18.396
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.I_over_sigma              3.37(1.60A)
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.num_miller_indices        13745
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_k                 0.486
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_k            0.295
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L_mean     0.504
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L2_mean    0.339
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Fo_Fc_correlation         0.956
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_R                     0.21
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_Rfree                 0.24
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_R                     0.22
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_high              1.60
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_low               29.41
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_aniso            "[22.813,19.232,14.625,0.000,1.104,0.000]"
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_anisotropy           0.433
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.trans_NCS_details         "The largest off-origin peak in the Patterson function is 14.81% of the height of the origin peak. No significant pseudotranslation is detected."
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.B_factor_type             FULL
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.acentric_outliers         11
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.centric_outliers          2
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_completeness         96.45
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.number_reflns_R_free      687
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_free_reflections  5.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_RSRZ_outliers     4.55
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high       1.60
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low        29.41
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                     0.21
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree                 0.24
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
  1  1  1  A   1  DA   A    1  A  ?        ?     ?  
  2  1  1  A   1  DA   A    1  B  ?        ?     ?  
  3  1  1  A   2  DG   A    2  A  ?        ?     ?  
  4  1  1  A   2  DG   A    2  B  ?        ?     ?  
  5  1  1  A   3  DG   A    3  .  ?        ?     ?  
  6  1  1  A   4  DG   A    4  .  ?        ?     ?  
  7  1  1  A   5  DC   A    5  .  ?        ?     ?  
  8  1  1  A   6  DG   A    6  .  ?        ?     ?  
  9  1  1  A   7  DG   A    7  .  ?        1     ?  
 10  1  1  A   8  DT   A    8  .  ?        ?     ?  
 11  1  1  A   9  DG   A    9  .  ?        ?     ?  
 12  1  1  A  10  DT   A   10  .  ?        ?     ?  
 13  1  1  A  11  DG   A   11  .  ?        ?     ?  
 14  1  1  A  12  DG   A   12  .  ?        ?     ?  
 15  1  1  A  13  DG   A   13  .  ?        ?     ?  
 16  1  1  A  14  DA   A   14  .  ?        ?     ?  
 17  1  1  A  15  DA   A   15  .  ?        ?     ?  
 18  1  1  A  16  DT   A   16  .  ?        ?     ?  
 19  1  1  A  17  DA   A   17  .  ?        ?     ?  
 20  1  1  A  18  DG   A   18  .  ?        ?     ?  
 21  1  1  A  19  DG   A   19  .  ?        ?     ?  
 22  1  1  A  20  DG   A   20  .  ?        ?     ?  
 23  1  1  A  21  DA   A   21  .  ?        ?     2  
 24  1  1  A  22  DA   A   22  .  ?        ?     ?  
 25  1  1  B   1  DA   B    1  A  ?        ?     ?  
 26  1  1  B   1  DA   B    1  B  ?        ?     ?  
 27  1  1  B   2  DG   B    2  A  ?        ?     ?  
 28  1  1  B   2  DG   B    2  B  ?        ?     ?  
 29  1  1  B   3  DG   B    3  .  ?        ?     ?  
 30  1  1  B   4  DG   B    4  .  ?        ?     ?  
 31  1  1  B   5  DC   B    5  .  ?        ?     ?  
 32  1  1  B   6  DG   B    6  .  ?        ?     ?  
 33  1  1  B   7  DG   B    7  .  ?        ?     ?  
 34  1  1  B   8  DT   B    8  .  ?        ?     ?  
 35  1  1  B   9  DG   B    9  .  ?        ?     ?  
 36  1  1  B  10  DT   B   10  .  ?        ?     ?  
 37  1  1  B  11  DG   B   11  .  ?        ?     ?  
 38  1  1  B  12  DG   B   12  .  ?        ?     ?  
 39  1  1  B  13  DG   B   13  .  ?        ?     ?  
 40  1  1  B  14  DA   B   14  .  ?        ?     ?  
 41  1  1  B  15  DA   B   15  .  ?        ?     ?  
 42  1  1  B  16  DT   B   16  .  ?        ?     ?  
 43  1  1  B  17  DA   B   17  .  ?        ?     ?  
 44  1  1  B  18  DG   B   18  .  ?        ?     ?  
 45  1  1  B  19  DG   B   19  .  ?        ?     ?  
 46  1  1  B  20  DG   B   20  .  ?        ?     ?  
 47  1  1  B  21  DA   B   21  .  ?        ?     2  
 48  1  1  B  22  DA   B   22  .  ?        ?     ?  
 49  1  2  C   .  K    A  101  .  ?        ?     ?  
 50  1  2  D   .  K    A  102  .  ?        ?     ?  
 51  1  2  E   .  K    A  103  .  ?        ?     ?  
 52  1  2  F   .  K    B  101  .  ?        ?     ?  
 53  1  2  G   .  K    B  102  .  ?        ?     ?  
 54  1  3  H   .  HOH  A  201  .  ?        ?     ?  
 55  1  3  H   .  HOH  A  202  .  ?        ?     ?  
 56  1  3  H   .  HOH  A  203  .  ?        ?     ?  
 57  1  3  H   .  HOH  A  204  .  ?        ?     ?  
 58  1  3  H   .  HOH  A  205  .  ?        ?     ?  
 59  1  3  H   .  HOH  A  206  .  ?        ?     ?  
 60  1  3  H   .  HOH  A  207  .  ?        ?     ?  
 61  1  3  H   .  HOH  A  208  .  ?        ?     ?  
 62  1  3  H   .  HOH  A  209  .  ?        ?     ?  
 63  1  3  H   .  HOH  A  210  .  ?        ?     ?  
 64  1  3  H   .  HOH  A  211  .  ?        ?     ?  
 65  1  3  H   .  HOH  A  212  .  ?        ?     ?  
 66  1  3  H   .  HOH  A  213  .  ?        ?     ?  
 67  1  3  H   .  HOH  A  214  .  ?        ?     ?  
 68  1  3  H   .  HOH  A  215  .  ?        ?     ?  
 69  1  3  H   .  HOH  A  216  .  ?        ?     ?  
 70  1  3  H   .  HOH  A  217  .  ?        ?     ?  
 71  1  3  H   .  HOH  A  218  .  ?        ?     ?  
 72  1  3  H   .  HOH  A  219  .  ?        ?     ?  
 73  1  3  H   .  HOH  A  220  .  ?        ?     ?  
 74  1  3  H   .  HOH  A  221  .  ?        ?     ?  
 75  1  3  H   .  HOH  A  222  .  ?        ?     ?  
 76  1  3  H   .  HOH  A  223  .  ?        ?     ?  
 77  1  3  H   .  HOH  A  224  .  ?        ?     ?  
 78  1  3  H   .  HOH  A  225  .  ?        ?     ?  
 79  1  3  H   .  HOH  A  226  .  ?        ?     ?  
 80  1  3  H   .  HOH  A  227  .  ?        ?     ?  
 81  1  3  H   .  HOH  A  228  .  ?        ?     ?  
 82  1  3  H   .  HOH  A  229  .  ?        ?     ?  
 83  1  3  H   .  HOH  A  230  .  ?        ?     ?  
 84  1  3  H   .  HOH  A  231  .  ?        ?     ?  
 85  1  3  H   .  HOH  A  232  .  ?        ?     ?  
 86  1  3  H   .  HOH  A  233  .  ?        ?     ?  
 87  1  3  I   .  HOH  B  201  .  ?        ?     ?  
 88  1  3  I   .  HOH  B  202  .  ?        ?     ?  
 89  1  3  I   .  HOH  B  203  .  ?        ?     ?  
 90  1  3  I   .  HOH  B  204  .  ?        ?     ?  
 91  1  3  I   .  HOH  B  205  .  ?        ?     ?  
 92  1  3  I   .  HOH  B  206  .  ?        ?     ?  
 93  1  3  I   .  HOH  B  207  .  ?        ?     ?  
 94  1  3  I   .  HOH  B  208  .  ?        ?     ?  
 95  1  3  I   .  HOH  B  209  .  ?        ?     ?  
 96  1  3  I   .  HOH  B  210  .  ?        ?     ?  
 97  1  3  I   .  HOH  B  211  .  ?        ?     ?  
 98  1  3  I   .  HOH  B  212  .  ?        ?     ?  
 99  1  3  I   .  HOH  B  213  .  ?        ?     ?  
100  1  3  I   .  HOH  B  214  .  ?        ?     ?  
101  1  3  I   .  HOH  B  215  .  ?        ?     ?  
102  1  3  I   .  HOH  B  216  .  ?        ?     ?  
103  1  3  I   .  HOH  B  217  .  ?        ?     ?  
104  1  3  I   .  HOH  B  218  .  ?        ?     ?  
105  1  3  I   .  HOH  B  219  .  ?        ?     ?  
106  1  3  I   .  HOH  B  220  .  ?        ?     ?  
107  1  3  I   .  HOH  B  221  .  ?        ?     ?  
108  1  3  I   .  HOH  B  222  .  ?        ?     ?  
109  1  3  I   .  HOH  B  223  .  ?        ?     ?  
110  1  3  I   .  HOH  B  224  .  ?        ?     ?  
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112  1  3  I   .  HOH  B  226  .  ?        ?     ?  
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