data_6HWG

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  6HWG
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    6HWG
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2018-10-11
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         2
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2024-05-15
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2024-06-22:18:21
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,xtriage,eds,mogul,buster-report,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   Y
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')"  
2  non-polymer  "BARIUM ION"  
3  non-polymer  "Ruthenium (bis-(phenanthroline)) (11-cyano-dipyridophenazine)"  
4  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  1  
C  2  
D  3  
E  2  
F  3  
G  4  
H  4  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all   x-ray  
2  1.74  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore    
2  RSRZ_outliers_percent  
3  R_value_R_free         
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1   93.28  141614     ?     ?  
2  2  1   89.55    3923  1.72  1.76  
3  1  2  100.00  127900     ?     ?  
4  2  2  100.00    3705  1.72  1.76  
5  1  3   84.49  130704     ?     ?  
6  2  3   78.67    3764  1.72  1.76  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  100.00  
2  4  2  A  1  1  A  100.00  
3  3  2  B  1  1  B  100.00  
4  4  2  B  1  1  B  100.00  
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
1  1  1  A  A  1.01  1.02  226  347  
2  1  1  B  B  0.99  1.10  226  347  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore       1.36
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce     226
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ   452
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ       1.07
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ  694
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ      1.00
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method                x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal                   1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_b                 77.655
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_b            44.369
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_estimate         25.729
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.I_over_sigma              1.20(1.74A)
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.num_miller_indices        7960
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_k                 0.593
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_k            0.249
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L_mean     0.485
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L2_mean    0.324
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Fo_Fc_correlation         0.946
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.twin_fraction             h,-k,-l:0.467
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_R                     0.19
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_Rfree                 0.20
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_R                     0.22
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_high              1.74
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_low               33.90
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_aniso            "[25.115,25.115,26.998,0.000,0.000,0.000]"
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_anisotropy           0.073
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.trans_NCS_details         "The largest off-origin peak in the Patterson function is 15.48% of the height of the origin peak. No significant pseudotranslation is detected."
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.B_factor_type             FULL
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.acentric_outliers         0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.centric_outliers          1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_completeness         95.93
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.number_reflns_R_free      411
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_free_reflections  5.16
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_RSRZ_outliers     0.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high       1.74
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low        33.90
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                     0.19
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree                 0.21
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
  1  1  1  A   1  DT   A    1  .  ?        ?     ?     ?  
  2  1  1  A   2  DC   A    2  .  ?        ?     ?     ?  
  3  1  1  A   3  DG   A    3  .  ?        ?     ?     ?  
  4  1  1  A   4  DG   A    4  .  ?        ?     ?     ?  
  5  1  1  A   5  DC   A    5  .  ?        ?     ?     ?  
  6  1  1  A   6  DG   A    6  .  ?        ?     ?     ?  
  7  1  1  A   7  DC   A    7  .  ?        ?     ?     ?  
  8  1  1  A   8  DC   A    8  .  ?        ?     ?     ?  
  9  1  1  A   9  DG   A    9  .  ?        ?     ?     ?  
 10  1  1  A  10  DA   A   10  .  ?        ?     ?     ?  
 11  1  1  B   1  DT   B    1  .  ?        ?     ?     ?  
 12  1  1  B   2  DC   B    2  .  ?        ?     ?     ?  
 13  1  1  B   3  DG   B    3  .  ?        ?     ?     ?  
 14  1  1  B   4  DG   B    4  .  ?        ?     ?     ?  
 15  1  1  B   5  DC   B    5  .  ?        ?     ?     ?  
 16  1  1  B   6  DG   B    6  .  ?        ?     ?     ?  
 17  1  1  B   7  DC   B    7  .  ?        ?     ?     ?  
 18  1  1  B   8  DC   B    8  .  ?        1     ?     ?  
 19  1  1  B   9  DG   B    9  .  ?        ?     ?     ?  
 20  1  1  B  10  DA   B   10  .  ?        ?     ?     ?  
 21  1  2  C   .  BA   A  101  .  ?        ?     ?     ?  
 22  1  3  D   .  GWQ  A  102  B  ?        ?    32    23  
 23  1  2  E   .  BA   B  101  .  ?        ?     ?     ?  
 24  1  3  F   .  GWQ  B  102  .  ?        ?    34    24  
 25  1  4  G   .  HOH  A  201  .  ?        ?     ?     ?  
 26  1  4  G   .  HOH  A  202  .  ?        ?     ?     ?  
 27  1  4  G   .  HOH  A  203  .  ?        ?     ?     ?  
 28  1  4  G   .  HOH  A  204  .  ?        ?     ?     ?  
 29  1  4  G   .  HOH  A  205  .  ?        ?     ?     ?  
 30  1  4  G   .  HOH  A  206  .  ?        ?     ?     ?  
 31  1  4  G   .  HOH  A  207  .  ?        ?     ?     ?  
 32  1  4  G   .  HOH  A  208  .  ?        ?     ?     ?  
 33  1  4  G   .  HOH  A  209  .  ?        ?     ?     ?  
 34  1  4  G   .  HOH  A  210  .  ?        ?     ?     ?  
 35  1  4  G   .  HOH  A  211  .  ?        ?     ?     ?  
 36  1  4  G   .  HOH  A  212  .  ?        ?     ?     ?  
 37  1  4  G   .  HOH  A  213  .  ?        ?     ?     ?  
 38  1  4  G   .  HOH  A  214  .  ?        ?     ?     ?  
 39  1  4  G   .  HOH  A  215  .  ?        ?     ?     ?  
 40  1  4  G   .  HOH  A  216  .  ?        ?     ?     ?  
 41  1  4  G   .  HOH  A  217  .  ?        ?     ?     ?  
 42  1  4  G   .  HOH  A  218  .  ?        ?     ?     ?  
 43  1  4  G   .  HOH  A  219  .  ?        ?     ?     ?  
 44  1  4  G   .  HOH  A  220  .  ?        ?     ?     ?  
 45  1  4  G   .  HOH  A  221  .  ?        ?     ?     ?  
 46  1  4  G   .  HOH  A  222  .  ?        ?     ?     ?  
 47  1  4  G   .  HOH  A  223  .  ?        ?     ?     ?  
 48  1  4  G   .  HOH  A  224  .  ?        ?     ?     ?  
 49  1  4  G   .  HOH  A  225  .  ?        ?     ?     ?  
 50  1  4  G   .  HOH  A  226  .  ?        ?     ?     ?  
 51  1  4  G   .  HOH  A  227  .  ?        ?     ?     ?  
 52  1  4  G   .  HOH  A  228  .  ?        ?     ?     ?  
 53  1  4  G   .  HOH  A  229  .  ?        ?     ?     ?  
 54  1  4  G   .  HOH  A  230  .  ?        ?     ?     ?  
 55  1  4  G   .  HOH  A  231  .  ?        ?     ?     ?  
 56  1  4  G   .  HOH  A  232  .  ?        ?     ?     ?  
 57  1  4  G   .  HOH  A  233  .  ?        ?     ?     ?  
 58  1  4  G   .  HOH  A  234  .  ?        ?     ?     ?  
 59  1  4  G   .  HOH  A  235  .  ?        ?     ?     ?  
 60  1  4  G   .  HOH  A  236  .  ?        ?     ?     ?  
 61  1  4  G   .  HOH  A  237  .  ?        ?     ?     ?  
 62  1  4  G   .  HOH  A  238  .  ?        ?     ?     ?  
 63  1  4  G   .  HOH  A  239  .  ?        ?     ?     ?  
 64  1  4  G   .  HOH  A  240  .  ?        ?     ?     ?  
 65  1  4  G   .  HOH  A  241  .  ?        ?     ?     ?  
 66  1  4  H   .  HOH  B  201  .  ?        1     ?     ?  
 67  1  4  H   .  HOH  B  202  .  ?        ?     ?     ?  
 68  1  4  H   .  HOH  B  203  .  ?        ?     ?     ?  
 69  1  4  H   .  HOH  B  204  .  ?        ?     ?     ?  
 70  1  4  H   .  HOH  B  205  .  ?        ?     ?     ?  
 71  1  4  H   .  HOH  B  206  .  ?        ?     ?     ?  
 72  1  4  H   .  HOH  B  207  .  ?        ?     ?     ?  
 73  1  4  H   .  HOH  B  208  .  ?        ?     ?     ?  
 74  1  4  H   .  HOH  B  209  .  ?        ?     ?     ?  
 75  1  4  H   .  HOH  B  210  .  ?        ?     ?     ?  
 76  1  4  H   .  HOH  B  211  .  ?        ?     ?     ?  
 77  1  4  H   .  HOH  B  212  .  ?        ?     ?     ?  
 78  1  4  H   .  HOH  B  213  .  ?        ?     ?     ?  
 79  1  4  H   .  HOH  B  214  .  ?        ?     ?     ?  
 80  1  4  H   .  HOH  B  215  .  ?        ?     ?     ?  
 81  1  4  H   .  HOH  B  216  .  ?        ?     ?     ?  
 82  1  4  H   .  HOH  B  217  .  ?        ?     ?     ?  
 83  1  4  H   .  HOH  B  218  .  ?        ?     ?     ?  
 84  1  4  H   .  HOH  B  219  .  ?        ?     ?     ?  
 85  1  4  H   .  HOH  B  220  .  ?        ?     ?     ?  
 86  1  4  H   .  HOH  B  221  .  ?        ?     ?     ?  
 87  1  4  H   .  HOH  B  222  .  ?        ?     ?     ?  
 88  1  4  H   .  HOH  B  223  .  ?        ?     ?     ?  
 89  1  4  H   .  HOH  B  224  .  ?        ?     ?     ?  
 90  1  4  H   .  HOH  B  225  .  ?        ?     ?     ?  
 91  1  4  H   .  HOH  B  226  .  ?        ?     ?     ?  
 92  1  4  H   .  HOH  B  227  .  ?        ?     ?     ?  
 93  1  4  H   .  HOH  B  228  .  ?        ?     ?     ?  
 94  1  4  H   .  HOH  B  229  .  ?        ?     ?     ?  
 95  1  4  H   .  HOH  B  230  .  ?        ?     ?     ?  
 96  1  4  H   .  HOH  B  231  .  ?        ?     ?     ?  
 97  1  4  H   .  HOH  B  232  .  ?        ?     ?     ?  
 98  1  4  H   .  HOH  B  233  .  ?        ?     ?     ?  
 99  1  4  H   .  HOH  B  234  .  ?        ?     ?     ?  
100  1  4  H   .  HOH  B  235  .  ?        ?     ?     ?  
101  1  4  H   .  HOH  B  236  .  ?        ?     ?     ?  
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107  1  4  H   .  HOH  B  242  .  ?        ?     ?     ?  
#
loop_
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_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.average_occupancy
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  5    5    11  35.730    21  0.95    32  0.91  molprobity  1.000  
  6    6    11  37.820    25  0.76    39  0.87  molprobity  1.000  
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  8    8    11  35.480    21  1.07    32  0.92  molprobity  1.000  
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 12   12    11  39.590    21  1.09    32  0.94  molprobity  1.000  
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2  66  O    1  0.45  2.21  
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loop_
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6  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
##
