data_5O3A

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  5O3A
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    5O3A
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2017-05-23
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         3
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2024-01-17
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2024-06-17:12:38
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,xtriage,eds,mogul,buster-report,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   Y
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "Bromodomain-containing protein 2"  
2  non-polymer  "methyl (2R)-2-[(4S)-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]butanoate"  
3  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  3  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  x-ray  
2  2.4  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
4  RSRZ_outliers_percent         
5  R_value_R_free                
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
 1  1  1   37.49  141614     ?     ?  
 2  2  1   51.66    4398  2.40  2.40  
 3  1  2  100.00  138981     ?     ?  
 4  2  2  100.00    4318  2.40  2.40  
 5  1  3  100.00  138945     ?     ?  
 6  2  3  100.00    4319  2.40  2.40  
 7  1  4  100.00  127900     ?     ?  
 8  2  4  100.00    3811  2.40  2.40  
 9  1  5   27.11  130704     ?     ?  
10  2  5   40.59    3907  2.40  2.40  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  100.00  
2  4  2  A  1  1  A  100.00  
3  5  3  A  1  1  A  100.00  
4  6  3  A  1  1  A  100.00  
5  7  4  A  1  1  A  100.00  
6  8  4  A  1  1  A  100.00  
#
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num    1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id        1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id    A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id     A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ      0.57
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ       0.48
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ   918
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ  1237
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     7.70
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   895
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 918
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.48
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                1237
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    0.57
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method                x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal                   1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_b                 103.431
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_b            36.860
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_estimate         33.368
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.I_over_sigma              4.45(2.39A)
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.num_miller_indices        7114
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_k                 0.234
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_k            0.329
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L_mean     0.496
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L2_mean    0.333
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Fo_Fc_correlation         0.936
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_R                     0.21
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_Rfree                 0.26
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_R                     0.21
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_high              2.40
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_low               40.10
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_aniso            "[27.564,27.564,52.725,0.000,0.000,0.000]"
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_anisotropy           0.700
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.trans_NCS_details         "The largest off-origin peak in the Patterson function is 8.74% of the height of the origin peak. No significant pseudotranslation is detected."
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.B_factor_type             FULL
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.acentric_outliers         0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.centric_outliers          0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_completeness         85.90
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.number_reflns_R_free      356
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_free_reflections  5.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_RSRZ_outliers     0.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high       2.40
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low        40.10
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                     0.21
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree                 0.25
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
  1  1  1  A    6  SER  A  347  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  2  1  1  A    7  GLU  A  348  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  3  1  1  A    8  GLN  A  349  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  4  1  1  A    9  LEU  A  350  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  5  1  1  A   10  LYS  A  351  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  6  1  1  A   11  HIS  A  352  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  7  1  1  A   12  CYS  A  353  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  8  1  1  A   13  ASN  A  354  .  ?        2     ?     ?     ?  
  9  1  1  A   14  GLY  A  355  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 10  1  1  A   15  ILE  A  356  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 11  1  1  A   16  LEU  A  357  .  ?        1     ?     ?     ?  
 12  1  1  A   17  LYS  A  358  .  ?        2     ?     ?     ?  
 13  1  1  A   18  GLU  A  359  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 14  1  1  A   19  LEU  A  360  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 15  1  1  A   20  LEU  A  361  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 16  1  1  A   21  SER  A  362  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 17  1  1  A   22  LYS  A  363  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 18  1  1  A   23  LYS  A  364  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 19  1  1  A   24  HIS  A  365  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 20  1  1  A   25  ALA  A  366  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 21  1  1  A   26  ALA  A  367  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 22  1  1  A   27  TYR  A  368  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 23  1  1  A   28  ALA  A  369  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 24  1  1  A   29  TRP  A  370  .  ?        1     ?     ?     ?  
 25  1  1  A   30  PRO  A  371  .  ?        1     ?     ?     ?  
 26  1  1  A   31  PHE  A  372  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 27  1  1  A   32  TYR  A  373  .  ?        1     ?     ?     ?  
 28  1  1  A   33  LYS  A  374  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 29  1  1  A   34  PRO  A  375  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 30  1  1  A   35  VAL  A  376  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 31  1  1  A   36  ASP  A  377  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 32  1  1  A   37  ALA  A  378  .  ?        1     ?     ?     ?  
 33  1  1  A   38  SER  A  379  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 34  1  1  A   39  ALA  A  380  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 35  1  1  A   40  LEU  A  381  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 36  1  1  A   41  GLY  A  382  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 37  1  1  A   42  VAL  A  383  .  ?        1     ?     ?     ?  
 38  1  1  A   43  HIS  A  384  .  ?        1     ?     ?     ?  
 39  1  1  A   44  ASP  A  385  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 40  1  1  A   45  TYR  A  386  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 41  1  1  A   46  HIS  A  387  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 42  1  1  A   47  ASP  A  388  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 43  1  1  A   48  ILE  A  389  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 44  1  1  A   49  ILE  A  390  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 45  1  1  A   50  LYS  A  391  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 46  1  1  A   51  HIS  A  392  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 47  1  1  A   52  PRO  A  393  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 48  1  1  A   53  MET  A  394  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 49  1  1  A   54  ASP  A  395  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 50  1  1  A   55  LEU  A  396  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 51  1  1  A   56  SER  A  397  .  ?        1     ?     ?     ?  
 52  1  1  A   57  THR  A  398  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 53  1  1  A   58  VAL  A  399  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 54  1  1  A   59  LYS  A  400  .  ?        1     ?     ?     ?  
 55  1  1  A   60  ARG  A  401  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 56  1  1  A   61  LYS  A  402  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 57  1  1  A   62  MET  A  403  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 58  1  1  A   63  GLU  A  404  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 59  1  1  A   64  ASN  A  405  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 60  1  1  A   65  ARG  A  406  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 61  1  1  A   66  ASP  A  407  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 62  1  1  A   67  TYR  A  408  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 63  1  1  A   68  ARG  A  409  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 64  1  1  A   69  ASP  A  410  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 65  1  1  A   70  ALA  A  411  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 66  1  1  A   71  GLN  A  412  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 67  1  1  A   72  GLU  A  413  .  ?        1     ?     ?     ?  
 68  1  1  A   73  PHE  A  414  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 69  1  1  A   74  ALA  A  415  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 70  1  1  A   75  ALA  A  416  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 71  1  1  A   76  ASP  A  417  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 72  1  1  A   77  VAL  A  418  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 73  1  1  A   78  ARG  A  419  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 74  1  1  A   79  LEU  A  420  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 75  1  1  A   80  MET  A  421  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 76  1  1  A   81  PHE  A  422  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 77  1  1  A   82  SER  A  423  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 78  1  1  A   83  ASN  A  424  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 79  1  1  A   84  CYS  A  425  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 80  1  1  A   85  TYR  A  426  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 81  1  1  A   86  LYS  A  427  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 82  1  1  A   87  TYR  A  428  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 83  1  1  A   88  ASN  A  429  .  ?        1     ?     ?     ?  
 84  1  1  A   89  PRO  A  430  .  ?        ?     ?     ?     ?  
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 87  1  1  A   92  HIS  A  433  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 88  1  1  A   93  ASP  A  434  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 89  1  1  A   94  VAL  A  435  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 90  1  1  A   95  VAL  A  436  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 91  1  1  A   96  ALA  A  437  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 92  1  1  A   97  MET  A  438  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 93  1  1  A   98  ALA  A  439  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 94  1  1  A   99  ARG  A  440  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 95  1  1  A  100  LYS  A  441  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 96  1  1  A  101  LEU  A  442  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 97  1  1  A  102  GLN  A  443  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 98  1  1  A  103  ASP  A  444  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 99  1  1  A  104  VAL  A  445  .  ?        ?     ?     ?     ?  
100  1  1  A  105  PHE  A  446  .  ?        ?     ?     ?     ?  
101  1  1  A  106  GLU  A  447  .  ?        ?     ?     ?     ?  
102  1  1  A  107  PHE  A  448  .  ?        ?     ?     ?     ?  
103  1  1  A  108  ARG  A  449  .  ?        ?     ?     ?     ?  
104  1  1  A  109  TYR  A  450  .  ?        ?     ?     ?     ?  
105  1  1  A  110  ALA  A  451  .  ?        ?     ?     ?     ?  
106  1  1  A  111  LYS  A  452  .  ?        ?     ?     ?     ?  
107  1  1  A  112  MET  A  453  .  ?        3     ?     ?     ?  
108  1  1  A  113  PRO  A  454  .  ?        3     ?     ?     ?  
109  1  2  B    .  31P  A  501  .  ?        5    13    10     3  
110  1  3  C    .  HOH  A  601  .  ?        1     ?     ?     ?  
111  1  3  C    .  HOH  A  602  .  ?        ?     ?     ?     ?  
112  1  3  C    .  HOH  A  603  .  ?        ?     ?     ?     ?  
113  1  3  C    .  HOH  A  604  .  ?        ?     ?     ?     ?  
114  1  3  C    .  HOH  A  605  .  ?        ?     ?     ?     ?  
115  1  3  C    .  HOH  A  606  .  ?        ?     ?     ?     ?  
116  1  3  C    .  HOH  A  607  .  ?        ?     ?     ?     ?  
117  1  3  C    .  HOH  A  608  .  ?        ?     ?     ?     ?  
118  1  3  C    .  HOH  A  609  .  ?        ?     ?     ?     ?  
119  1  3  C    .  HOH  A  610  .  ?        ?     ?     ?     ?  
120  1  3  C    .  HOH  A  611  .  ?        ?     ?     ?     ?  
121  1  3  C    .  HOH  A  612  .  ?        ?     ?     ?     ?  
122  1  3  C    .  HOH  A  613  .  ?        ?     ?     ?     ?  
123  1  3  C    .  HOH  A  614  .  ?        ?     ?     ?     ?  
124  1  3  C    .  HOH  A  615  .  ?        ?     ?     ?     ?  
125  1  3  C    .  HOH  A  616  .  ?        ?     ?     ?     ?  
126  1  3  C    .  HOH  A  617  .  ?        ?     ?     ?     ?  
127  1  3  C    .  HOH  A  618  .  ?        ?     ?     ?     ?  
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129  1  3  C    .  HOH  A  620  .  ?        ?     ?     ?     ?  
130  1  3  C    .  HOH  A  621  .  ?        ?     ?     ?     ?  
131  1  3  C    .  HOH  A  622  .  ?        ?     ?     ?     ?  
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157  1  3  C    .  HOH  A  648  .  ?        ?     ?     ?     ?  
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159  1  3  C    .  HOH  A  650  .  ?        ?     ?     ?     ?  
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#
loop_
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101  101  mm-40     -58.1  -37.1  Favored     ?     6  34.880     9  0.72    12  0.55  molprobity  1.000  
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104  104  t80       -59.2  -38.1  Favored     ?     9  38.860    13  0.49    18  0.28  molprobity  1.000  
105  105  ?         -70.9  -23.2  Favored     ?     5  40.240     5  0.61     7  0.26  molprobity  1.000  
106  106  mmtt      -86.2   10.4  Favored     ?    13  45.500     9  0.45    11  0.53  molprobity  1.000  
107  107  ttp       -77.2  145.5  Favored     ?     9  54.520     8  0.41    11  0.71  molprobity  1.000  
108  108  Cg_endo       ?      ?  ?           ?     7  60.510     7  0.23     8  0.64  molprobity  1.000  
109  109  ?             ?      ?  ?           ?    23  37.950    30  2.23    34  2.69  mogul       1.000  
110  110  ?             ?      ?  ?           ?     ?  46.220     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
111  111  ?             ?      ?  ?           ?     ?  59.330     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
112  112  ?             ?      ?  ?           ?     ?  44.900     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
113  113  ?             ?      ?  ?           ?     ?  49.890     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
114  114  ?             ?      ?  ?           ?     ?  50.460     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
115  115  ?             ?      ?  ?           ?     ?  40.140     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
116  116  ?             ?      ?  ?           ?     ?  36.190     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
117  117  ?             ?      ?  ?           ?     ?  56.800     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
118  118  ?             ?      ?  ?           ?     ?  47.810     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
119  119  ?             ?      ?  ?           ?     ?  42.330     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
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5  xtriage      1.13                                                                  Y  
6  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
##
