data_5FK2

loop_
_pdbx_vrpt_database.id
_pdbx_vrpt_database.code
PDB   5FK2       
PDBE  EBI-65249  
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    5FK2
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2015-10-14
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         4
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2024-01-10
_pdbx_vrpt_summary.RNA_suiteness               0.62
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2024-01-03:01:55
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,xtriage,eds,mogul,buster-report,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   Y
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "SAM-I RIBOSWITCH"  
2  non-polymer  S-ADENOSYLMETHIONINE  
3  non-polymer  "BARIUM ION"  
4  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  3  
D  3  
E  3  
F  3  
G  3  
H  3  
I  3  
J  3  
K  3  
L  3  
M  3  
N  4  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  x-ray  
2  2.6  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore    
2  RSRZ_outliers_percent  
3  R_value_R_free         
4  RNAsuiteness_percent   
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1  20.79  141614     ?     ?  
2  2  1  39.08    3518  2.60  2.60  
3  1  2  80.23  127900     ?     ?  
4  2  2  77.61    3104  2.60  2.60  
5  1  3  19.18  130704     ?     ?  
6  2  3  36.68    3163  2.60  2.60  
7  1  4  67.86    3102     ?     ?  
8  2  4  68.37    1040  2.30  2.90  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  80.23  
2  4  2  A  1  1  A  77.61  
#
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num    1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id        1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id    A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id     A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ      0.85
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ       0.34
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ   2281
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ  3558
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore       12.20
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce     1044
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ   2281
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ       0.34
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ  3558
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ      0.85
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method                x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal                   1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_b                 133.359
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_b            47.331
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_estimate         74.291
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.I_over_sigma              2.10(2.61A)
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.num_miller_indices        9681
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_k                 0.263
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_k            0.257
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L_mean     0.488
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L2_mean    0.320
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Fo_Fc_correlation         0.960
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_R                     0.23
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_Rfree                 0.27
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_R                     0.24
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_high              2.60
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_low               57.09
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_aniso            "[94.264,94.264,45.621,0.000,0.000,0.000]"
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_anisotropy           0.623
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.trans_NCS_details         "The largest off-origin peak in the Patterson function is 5.91% of the height of the origin peak. No significant pseudotranslation is detected."
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.B_factor_type             FULL
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.acentric_outliers         1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.centric_outliers          0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_completeness         99.98
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.number_reflns_R_free      507
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_free_reflections  5.24
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_RSRZ_outliers     1.06
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high       2.60
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low        57.09
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                     0.22
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree                 0.27
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
  1  1  1  A   1  G    A     1  .  ?        1     2     ?     ?     ?  
  2  1  1  A   2  G    A     2  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
  3  1  1  A   3  C    A     3  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
  4  1  1  A   4  U    A     4  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
  5  1  1  A   5  U    A     5  .  ?        ?     3     ?     ?     ?  
  6  1  1  A   6  A    A     6  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
  7  1  1  A   7  U    A     7  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
  8  1  1  A   8  C    A     8  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
  9  1  1  A   9  A    A     9  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 10  1  1  A  10  A    A    10  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 11  1  1  A  11  G    A    11  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 12  1  1  A  12  A    A    12  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 13  1  1  A  13  G    A    13  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 14  1  1  A  14  A    A    14  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 15  1  1  A  15  G    A    15  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 16  1  1  A  16  G    A    16  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 17  1  1  A  17  G    A    17  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 18  1  1  A  18  G    A    18  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 19  1  1  A  19  G    A    19  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 20  1  1  A  20  A    A    20  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 21  1  1  A  21  G    A    21  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 22  1  1  A  22  C    A    22  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 23  1  1  A  23  G    A    23  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 24  1  1  A  24  A    A    24  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 25  1  1  A  25  C    A    25  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 26  1  1  A  26  U    A    26  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
 27  1  1  A  27  G    A    27  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 28  1  1  A  28  G    A    28  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 29  1  1  A  29  C    A    29  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 30  1  1  A  30  G    A    30  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 31  1  1  A  31  C    A    31  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 32  1  1  A  32  G    A    32  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
 33  1  1  A  33  A    A    33  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 34  1  1  A  34  A    A    34  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 35  1  1  A  35  G    A    35  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
 36  1  1  A  36  A    A    36  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
 37  1  1  A  37  G    A    37  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 38  1  1  A  38  C    A    38  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 39  1  1  A  39  C    A    39  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 40  1  1  A  40  C    A    40  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 41  1  1  A  41  C    A    41  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 42  1  1  A  42  G    A    42  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 43  1  1  A  43  G    A    43  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
 44  1  1  A  44  C    A    44  .  ?        ?     3     ?     ?     ?  
 45  1  1  A  45  A    A    45  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
 46  1  1  A  46  A    A    46  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 47  1  1  A  47  C    A    47  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 48  1  1  A  48  C    A    48  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 49  1  1  A  49  A    A    49  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 50  1  1  A  50  G    A    50  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 51  1  1  A  51  A    A    51  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 52  1  1  A  52  A    A    52  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 53  1  1  A  53  A    A    53  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 54  1  1  A  54  U    A    54  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 55  1  1  A  55  G    A    55  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 56  1  1  A  56  G    A    56  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 57  1  1  A  57  U    A    57  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 58  1  1  A  58  G    A    58  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 59  1  1  A  59  C    A    59  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
 60  1  1  A  60  C    A    60  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 61  1  1  A  61  A    A    61  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
 62  1  1  A  62  A    A    62  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 63  1  1  A  63  U    A    63  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 64  1  1  A  64  U    A    64  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 65  1  1  A  65  C    A    65  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 66  1  1  A  66  C    A    66  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 67  1  1  A  67  U    A    67  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 68  1  1  A  68  G    A    68  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 69  1  1  A  69  C    A    69  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 70  1  1  A  70  A    A    70  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
 71  1  1  A  71  G    A    71  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
 72  1  1  A  72  C    A    72  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 73  1  1  A  73  G    A    73  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 74  1  1  A  74  G    A    74  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 75  1  1  A  75  A    A    75  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 76  1  1  A  76  A    A    76  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 77  1  1  A  77  A    A    77  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 78  1  1  A  78  C    A    78  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
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103  1  3  J   .  BA   A  1103  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
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109  1  4  N   .  HOH  A  2003  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
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113  1  4  N   .  HOH  A  2007  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
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 97   97     ?  ?                  ?           ?  144.720     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 98   98     ?  ?                  ?           ?   96.490     ?     ?     ?     ?  ?           0.940  
 99   99     ?  ?                  ?           ?  131.480     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
100  100     ?  ?                  ?           ?  192.170     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
101  101     ?  ?                  ?           ?  202.280     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
102  102     ?  ?                  ?           ?  195.950     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
103  103     ?  ?                  ?           ?  206.510     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
104  104     ?  ?                  ?           ?  171.700     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
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109  109     ?  ?                  ?           ?   67.010     ?     ?     ?     ?  ?           0.500  
110  110     ?  ?                  ?           ?   62.460     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
111  111     ?  ?                  ?           ?   58.300     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
112  112     ?  ?                  ?           ?   68.190     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
113  113     ?  ?                  ?           ?   63.190     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
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69   93  C2     38  0.42  2.88  
70   94  C8     36  0.72  2.24  
71   94  H8     37  0.66  1.57  
72   94  N7     38  0.42  2.88  
73   95  HA     22  0.48  2.13  
74  109  O      13  0.56  2.59  
75  109  O      14  0.41  2.36  
76  114  O      29  0.57  2.16  
#
_pdbx_vrpt_instance_intra_bond_outliers.ordinal      1
_pdbx_vrpt_instance_intra_bond_outliers.instance_id  1
_pdbx_vrpt_instance_intra_bond_outliers.atom_1       OP3
_pdbx_vrpt_instance_intra_bond_outliers.atom_2       P
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_pdbx_vrpt_instance_intra_bond_outliers.Z            -10.54
#
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_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.atom_1
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_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.obsval
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_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.stdev
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1  95  OXT  C   1.23  1.30  7199  0.03  -2.13  0.00  
2  95  C2   N1  1.38  1.33  3580  0.02   2.33  0.00  
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#
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_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_1
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_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.Zscore
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.mindiff
1  95  OXT    C      CA     120.78  113.38   639  3.41   2.17  0.09  
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5  95  N3     C2     N1     120.33  128.68   136  1.56  -5.34  4.84  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_1
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_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.obsval
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_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.numobs
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_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.mindiff
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.local_density
1  95  O    C   CA  CB      -37.44  59.86  439  24.95   0.47  2.73  
2  95  OXT  C   CA  CB      143.01  61.05  439  24.18   0.14  2.51  
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#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance_density.ordinal
_pdbx_vrpt_model_instance_density.instance_id
_pdbx_vrpt_model_instance_density.natoms_eds
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_pdbx_vrpt_model_instance_density.RSR
_pdbx_vrpt_model_instance_density.RSRZ
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#
loop_
_pdbx_vrpt_software.ordinal
_pdbx_vrpt_software.name
_pdbx_vrpt_software.version
_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  mogul        "1.8.4, CSD as541be (2020)"                                           Y  
3  eds          2.36                                                                  Y  
4  dcc          '"2.27  (2023-04-10)"'                                                Y  
5  xtriage      1.13                                                                  Y  
6  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
##
