data_308D

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  308D
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    308D
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         1997-01-15
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         5
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2024-02-21
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2024-02-10:13:06
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,xtriage,eds,mogul,buster-report,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   Y
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')"  
2  non-polymer  beta-D-glucopyranose  
3  non-polymer  DAUNOMYCIN  
4  non-polymer  "MAGNESIUM ION"  
5  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  1  
C  2  
D  3  
E  4  
F  4  
G  2  
H  3  
I  4  
J  5  
K  5  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  x-ray  
2  1.5  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore    
2  RSRZ_outliers_percent  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1   89.70  141614     ?     ?  
2  2  1   84.35    3144  1.50  1.50  
3  1  2  100.00  127900     ?     ?  
4  2  2  100.00    2884  1.50  1.50  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  100.00  
2  4  2  A  1  1  A  100.00  
3  3  2  B  1  1  B  100.00  
4  4  2  B  1  1  B  100.00  
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
1  1  1  A  A  2.07  1.67  134  205  
2  1  1  B  B  1.94  1.49  134  205  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore       1.78
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce     218
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ   268
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ       1.58
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ  410
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ      2.01
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method                x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal                   1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_b                 44.456
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_b            62.782
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_estimate         16.321
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.I_over_sigma              3.36(1.52A)
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.num_miller_indices        4704
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Babinet_k                 0.438
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.bulk_solvent_k            0.238
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L_mean     0.519
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Padilla_Yeates_L2_mean    0.353
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Fo_Fc_correlation         0.979
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.DCC_R                     0.15
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_R                     0.15
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_high              1.51
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.EDS_res_low               24.64
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.Wilson_B_aniso            "[14.891,17.910,18.971,1.480,-1.264,2.300]"
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_anisotropy           0.236
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.trans_NCS_details         "The largest off-origin peak in the Patterson function is 17.09% of the height of the origin peak. No significant pseudotranslation is detected."
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.B_factor_type             FULL
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.acentric_outliers         4
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.centric_outliers          0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.data_completeness         88.86
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.number_reflns_R_free      0
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_free_reflections  0.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.percent_RSRZ_outliers     0.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high       1.50
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low        10.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                     0.17
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree                 0.22
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_plane_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
  1  1  1  A  1  DC   A    1  .  ?        1     ?     ?     ?     ?     ?  
  2  1  1  A  2  DG   A    2  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
  3  1  1  A  3  DT   A    3  .  ?        ?     2     ?     ?     ?     ?  
  4  1  1  A  4  DA   A    4  .  ?        ?     2     ?     ?     ?     ?  
  5  1  1  A  5  DC   A    5  .  ?        ?     2     ?     1     ?     ?  
  6  1  1  A  6  DG   A    6  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
  7  1  1  B  1  DC   B    7  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
  8  1  1  B  2  DG   B    8  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
  9  1  1  B  3  DT   B    9  .  ?        ?     1     1     ?     ?     ?  
 10  1  1  B  4  DA   B   10  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
 11  1  1  B  5  DC   B   11  .  ?        ?     ?     ?     1     ?     ?  
 12  1  1  B  6  DG   B   12  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 13  1  2  C  .  BGC  A    7  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     3  
 14  1  3  D  .  DM1  A   14  .  ?        ?     ?     ?     ?     4     4  
 15  1  4  E  .  MG   A   16  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 16  1  4  F  .  MG   A   17  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 17  1  2  G  .  BGC  B   13  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     2  
 18  1  3  H  .  DM1  B   14  .  ?        ?     ?     ?     ?     3     3  
 19  1  4  I  .  MG   B   15  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 20  1  5  J  .  HOH  A   18  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 21  1  5  J  .  HOH  A   19  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 22  1  5  J  .  HOH  A   22  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 23  1  5  J  .  HOH  A   23  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 24  1  5  J  .  HOH  A   24  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 25  1  5  J  .  HOH  A   25  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 26  1  5  J  .  HOH  A   27  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 27  1  5  J  .  HOH  A   29  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 28  1  5  J  .  HOH  A   30  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 29  1  5  J  .  HOH  A   31  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 30  1  5  J  .  HOH  A   32  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 31  1  5  J  .  HOH  A   34  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 32  1  5  J  .  HOH  A   35  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 33  1  5  J  .  HOH  A   36  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 34  1  5  J  .  HOH  A   37  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 35  1  5  J  .  HOH  A   38  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 36  1  5  J  .  HOH  A   39  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 37  1  5  J  .  HOH  A   41  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 38  1  5  J  .  HOH  A   42  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 39  1  5  J  .  HOH  A   44  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 40  1  5  J  .  HOH  A   47  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 41  1  5  J  .  HOH  A   48  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 42  1  5  J  .  HOH  A   50  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 43  1  5  J  .  HOH  A   51  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 44  1  5  J  .  HOH  A   52  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 45  1  5  J  .  HOH  A   56  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 46  1  5  J  .  HOH  A   57  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 47  1  5  J  .  HOH  A   58  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 48  1  5  J  .  HOH  A   59  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 49  1  5  J  .  HOH  A   60  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 50  1  5  J  .  HOH  A   61  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 51  1  5  J  .  HOH  A   62  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 52  1  5  J  .  HOH  A   64  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 53  1  5  J  .  HOH  A   65  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 54  1  5  J  .  HOH  A   66  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 55  1  5  J  .  HOH  A   68  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 56  1  5  J  .  HOH  A   69  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 57  1  5  J  .  HOH  A   70  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 58  1  5  J  .  HOH  A   71  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 59  1  5  J  .  HOH  A   72  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 60  1  5  J  .  HOH  A   73  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 61  1  5  J  .  HOH  A   74  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 62  1  5  J  .  HOH  A   75  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 63  1  5  J  .  HOH  A   76  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 64  1  5  J  .  HOH  A   81  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 65  1  5  J  .  HOH  A   83  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 66  1  5  J  .  HOH  A   84  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 67  1  5  J  .  HOH  A   87  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 68  1  5  J  .  HOH  A   92  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 69  1  5  J  .  HOH  A   93  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 70  1  5  J  .  HOH  A   94  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 71  1  5  J  .  HOH  A   95  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 72  1  5  J  .  HOH  A   96  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 73  1  5  J  .  HOH  A   97  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 74  1  5  J  .  HOH  A   98  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 75  1  5  J  .  HOH  A   99  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 76  1  5  J  .  HOH  A  100  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 77  1  5  J  .  HOH  A  103  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 78  1  5  J  .  HOH  A  106  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 79  1  5  J  .  HOH  A  107  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 80  1  5  J  .  HOH  A  108  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 81  1  5  J  .  HOH  A  113  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 82  1  5  J  .  HOH  A  114  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 83  1  5  J  .  HOH  A  115  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 84  1  5  J  .  HOH  A  116  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 85  1  5  J  .  HOH  A  117  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 86  1  5  J  .  HOH  A  118  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 87  1  5  J  .  HOH  A  119  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 88  1  5  J  .  HOH  A  120  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 89  1  5  J  .  HOH  A  121  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 90  1  5  J  .  HOH  A  122  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 91  1  5  K  .  HOH  B   20  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 92  1  5  K  .  HOH  B   21  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 93  1  5  K  .  HOH  B   26  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 94  1  5  K  .  HOH  B   28  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 95  1  5  K  .  HOH  B   33  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 96  1  5  K  .  HOH  B   40  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 97  1  5  K  .  HOH  B   43  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 98  1  5  K  .  HOH  B   45  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 99  1  5  K  .  HOH  B   46  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
100  1  5  K  .  HOH  B   49  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
101  1  5  K  .  HOH  B   53  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
102  1  5  K  .  HOH  B   54  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
103  1  5  K  .  HOH  B   55  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
104  1  5  K  .  HOH  B   63  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
105  1  5  K  .  HOH  B   67  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
106  1  5  K  .  HOH  B   77  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
107  1  5  K  .  HOH  B   78  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
108  1  5  K  .  HOH  B   79  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
109  1  5  K  .  HOH  B   80  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
110  1  5  K  .  HOH  B   82  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
111  1  5  K  .  HOH  B   85  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
112  1  5  K  .  HOH  B   86  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
113  1  5  K  .  HOH  B   88  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
114  1  5  K  .  HOH  B   89  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
115  1  5  K  .  HOH  B   90  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
116  1  5  K  .  HOH  B   91  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
117  1  5  K  .  HOH  B  101  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
118  1  5  K  .  HOH  B  102  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
119  1  5  K  .  HOH  B  104  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
120  1  5  K  .  HOH  B  105  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
121  1  5  K  .  HOH  B  109  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
122  1  5  K  .  HOH  B  110  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
123  1  5  K  .  HOH  B  111  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
124  1  5  K  .  HOH  B  112  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.instance_id
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.num_H_reduce
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.OWAB
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.num_angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.program_for_bond_angle_geometry
_pdbx_vrpt_model_instance_geometry.average_occupancy
  1    1    12  14.850    18  1.76    28  1.61  molprobity  1.000  
  2    2    11  14.520    25  1.20    39  2.10  molprobity  1.000  
  3    3    12  13.720    22  1.93    34  2.10  molprobity  1.000  
  4    4    11  14.560    24  1.76    37  2.02  molprobity  1.000  
  5    5    11  14.000    21  1.54    32  2.57  molprobity  1.000  
  6    6    12  12.710    24  1.79    35  1.90  molprobity  1.000  
  7    7    12  15.140    18  1.80    28  2.23  molprobity  1.000  
  8    8    11  15.550    25  1.56    39  2.11  molprobity  1.000  
  9    9    12  18.100    22  1.77    34  2.39  molprobity  1.000  
 10   10    11  16.950    24  1.30    37  1.23  molprobity  1.000  
 11   11    11  13.880    21  1.31    32  2.09  molprobity  1.000  
 12   12    12  13.870    24  1.16    35  1.41  molprobity  1.000  
 13   13    11  15.170    12  0.97    17  1.24  mogul       1.000  
 14   14    29  14.400    40  1.12    54  1.01  mogul       1.000  
 15   15     ?  16.120     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 16   16     ?  20.520     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 17   17    11  23.540    12  0.64    17  1.35  mogul       0.500  
 18   18    29  12.790    40  1.07    54  1.02  mogul       1.000  
 19   19     ?  15.590     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 20   20     ?  61.390     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 21   21     ?  24.920     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 22   22     ?  29.820     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 23   23     ?  15.790     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 24   24     ?  35.300     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 25   25     ?  19.730     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 26   26     ?  42.420     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 27   27     ?  16.980     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 28   28     ?  72.230     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 29   29     ?  24.270     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 30   30     ?  25.640     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 31   31     ?  48.340     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 32   32     ?  21.560     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 33   33     ?  19.230     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 34   34     ?  16.750     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 35   35     ?  43.200     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 36   36     ?  43.100     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 37   37     ?  21.770     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 38   38     ?  32.090     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 39   39     ?  24.160     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 40   40     ?  47.640     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 41   41     ?  38.100     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 42   42     ?  16.930     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 43   43     ?  28.080     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 44   44     ?  46.630     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 45   45     ?  36.270     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 46   46     ?  15.930     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 47   47     ?  23.720     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 48   48     ?  23.170     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 49   49     ?  16.070     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 50   50     ?  23.780     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 51   51     ?  25.660     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 52   52     ?  44.770     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 53   53     ?  23.550     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 54   54     ?  71.790     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 55   55     ?  20.150     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 56   56     ?  49.930     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 57   57     ?  18.110     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 58   58     ?  25.250     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 59   59     ?  47.800     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 60   60     ?  30.900     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 61   61     ?  36.870     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 62   62     ?  39.350     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 63   63     ?  35.430     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 64   64     ?  42.320     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 65   65     ?  48.700     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 66   66     ?  50.840     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 67   67     ?  22.080     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 68   68     ?  47.790     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 69   69     ?  59.600     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 70   70     ?  45.300     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 71   71     ?  30.970     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 72   72     ?  42.000     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 73   73     ?  50.870     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 74   74     ?  66.560     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 75   75     ?  48.260     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 76   76     ?  58.380     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 77   77     ?  66.490     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 78   78     ?  41.460     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 79   79     ?  15.360     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 80   80     ?  16.470     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 81   81     ?  13.940     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 82   82     ?  16.170     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 83   83     ?  17.130     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 84   84     ?  14.390     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 85   85     ?  15.080     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 86   86     ?  20.850     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 87   87     ?  19.560     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 88   88     ?  20.730     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 89   89     ?  19.840     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 90   90     ?  20.580     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 91   91     ?  30.880     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 92   92     ?  40.350     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 93   93     ?  15.040     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 94   94     ?  30.300     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 95   95     ?  36.070     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 96   96     ?  36.790     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 97   97     ?  28.790     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 98   98     ?  50.190     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
 99   99     ?  25.000     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
100  100     ?  18.430     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
101  101     ?  37.370     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
102  102     ?  37.160     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
103  103     ?  33.240     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
104  104     ?  25.170     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
105  105     ?  46.230     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
106  106     ?  29.490     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
107  107     ?  31.520     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
108  108     ?  34.990     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
109  109     ?  46.120     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
110  110     ?  40.430     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
111  111     ?  19.790     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
112  112     ?  32.290     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
113  113     ?  46.250     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
114  114     ?  31.380     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
115  115     ?  50.520     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
116  116     ?  43.390     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
117  117     ?  35.520     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
118  118     ?  39.200     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
119  119     ?  44.500     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
120  120     ?  39.020     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
121  121     ?  15.670     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
122  122     ?  15.480     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
123  123     ?  17.500     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
124  124     ?  16.270     ?     ?     ?     ?  ?           1.000  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_clashes.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_clashes.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_clashes.label_atom_id
_pdbx_vrpt_instance_clashes.cid
_pdbx_vrpt_instance_clashes.clashmag
_pdbx_vrpt_instance_clashes.dist
1   9  "H2''"  1  0.41  2.54  
2  10  C8      1  0.41  2.54  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_intra_plane_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_intra_plane_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_intra_plane_outliers.type
_pdbx_vrpt_instance_intra_plane_outliers.plane_rmsd
1   5  sidechain  0.07  
2  11  sidechain  0.09  
#
_pdbx_vrpt_instance_intra_bond_outliers.ordinal      1
_pdbx_vrpt_instance_intra_bond_outliers.instance_id  1
_pdbx_vrpt_instance_intra_bond_outliers.atom_1       "C5'"
_pdbx_vrpt_instance_intra_bond_outliers.atom_2       "C4'"
_pdbx_vrpt_instance_intra_bond_outliers.obs          1.569
_pdbx_vrpt_instance_intra_bond_outliers.mean         1.509
_pdbx_vrpt_instance_intra_bond_outliers.stdev        0.011
_pdbx_vrpt_instance_intra_bond_outliers.Z            5.44
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.atom_1
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.atom_2
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.atom_3
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.obs
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.mean
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.Z
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.link
 1  2  P      "O3'"  "C3'"  127.276  119.700  1.200   6.31  Y     
 2  3  C4     C5     C6     121.092  118.000  0.600   5.15  ?     
 3  3  C5     C6     N1     120.589  123.700  0.600  -5.18  ?     
 4  4  P      "O3'"  "C3'"  125.763  119.700  1.200   5.05  Y     
 5  4  "O4'"  "C1'"  N9     103.889  108.000  0.700  -5.87  ?     
 6  5  "C1'"  "O4'"  "C4'"  102.808  110.100  1.000  -7.29  ?     
 7  5  "O4'"  "C4'"  "C3'"  109.643  106.000  0.600   6.07  ?     
 8  7  "O4'"  "C1'"  N1     111.839  108.000  0.700   5.49  ?     
 9  8  "C1'"  "O4'"  "C4'"  102.871  110.100  1.000  -7.23  ?     
10  9  C4     C5     C6     121.007  118.000  0.600   5.01  ?     
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.atom_1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.atom_2
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.obsval
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.mean
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.numobs
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.Zscore
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.mindiff
1  14  O8     C8     1.42  1.37  10000  0.02  2.21  0.00  
2  14  O17    C17    1.42  1.37  10000  0.02  2.42  0.00  
3  14  "C2'"  "C1'"  1.55  1.51    457  0.02  2.20  0.00  
4  14  "C4'"  "C5'"  1.58  1.52    277  0.02  2.33  0.00  
5  18  C15    C16    1.54  1.51    158  0.01  2.61  0.00  
6  18  O17    C17    1.42  1.37  10000  0.02  2.40  0.00  
7  18  "C4'"  "C5'"  1.57  1.52    277  0.02  2.03  0.00  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_2
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_3
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.obsval
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.mean
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.numobs
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.Zscore
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.mindiff
 1  13  O4     C4     C3     115.53  110.35  10000  2.31   2.24  0.00  
 2  13  O5     C5     C4     114.24  109.69   1535  1.82   2.50  0.06  
 3  13  O5     C5     C6     111.47  106.44   6503  2.49   2.03  0.01  
 4  14  O4     C4     C3     119.39  124.37  10000  1.71  -2.91  0.01  
 5  14  O4     C4     C5     121.36  115.85   1438  1.39   3.95  0.18  
 6  14  C21    O4     C4     120.96  117.53  10000  1.51   2.27  0.00  
 7  14  "C6'"  "C5'"  "C4'"  117.24  113.07    277  1.85   2.25  0.25  
 8  17  O2     C2     C1     115.83  109.16    242  2.32   2.88  0.40  
 9  17  O1     C1     O5     102.30  110.38    329  3.00  -2.69  1.66  
10  18  O4     C4     C3     119.03  124.37  10000  1.71  -3.11  0.00  
11  18  O4     C4     C5     121.31  115.85   1438  1.39   3.92  0.13  
12  18  "C6'"  "C5'"  "C4'"  117.12  113.07    277  1.85   2.19  0.13  
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance_density.ordinal
_pdbx_vrpt_model_instance_density.instance_id
_pdbx_vrpt_model_instance_density.natoms_eds
_pdbx_vrpt_model_instance_density.RSRCC
_pdbx_vrpt_model_instance_density.RSR
_pdbx_vrpt_model_instance_density.RSRZ
  1    1  16  0.952  0.082  -0.372  
  2    2  22  0.966  0.067  -0.588  
  3    3  20  0.977  0.059  -0.791  
  4    4  21  0.971  0.071  -0.475  
  5    5  19  0.974  0.068  -0.599  
  6    6  22  0.978  0.059  -0.743  
  7    7  16  0.957  0.075  -0.485  
  8    8  22  0.971  0.070  -0.530  
  9    9  20  0.948  0.086  -0.372  
 10   10  21  0.956  0.073  -0.446  
 11   11  19  0.963  0.077  -0.453  
 12   12  22  0.980  0.058  -0.762  
 13   13  12  0.967  0.060       ?  
 14   14  38  0.958  0.076       ?  
 15   15   1  0.956  0.072       ?  
 16   16   1  0.959  0.101       ?  
 17   17  12  0.737  0.324       ?  
 18   18  38  0.966  0.071       ?  
 19   19   1  0.987  0.112       ?  
 20   20   1  0.754  0.477       ?  
 21   21   1  0.946  0.088       ?  
 22   22   1  0.923  0.122       ?  
 23   23   1  0.984  0.130       ?  
 24   24   1  0.929  0.101       ?  
 25   25   1  0.973  0.078       ?  
 26   26   1  0.866  0.294       ?  
 27   27   1  0.973  0.071       ?  
 28   28   1  0.568  1.199       ?  
 29   29   1  0.968  0.073       ?  
 30   30   1  0.916  0.117       ?  
 31   31   1  0.596  0.327       ?  
 32   32   1  0.970  0.141       ?  
 33   33   1  0.969  0.077       ?  
 34   34   1  0.965  0.097       ?  
 35   35   1  0.516  0.258       ?  
 36   36   1  0.789  0.252       ?  
 37   37   1  0.946  0.130       ?  
 38   38   1  0.944  0.164       ?  
 39   39   1  0.789  0.182       ?  
 40   40   1  0.880  0.338       ?  
 41   41   1  0.715  0.230       ?  
 42   42   1  0.973  0.073       ?  
 43   43   1  0.895  0.130       ?  
 44   44   1  0.809  0.251       ?  
 45   45   1  0.827  0.215       ?  
 46   46   1  0.969  0.066       ?  
 47   47   1  0.975  0.080       ?  
 48   48   1  0.960  0.135       ?  
 49   49   1  0.982  0.077       ?  
 50   50   1  0.956  0.178       ?  
 51   51   1  0.918  0.116       ?  
 52   52   1  0.844  0.251       ?  
 53   53   1  0.934  0.157       ?  
 54   54   1  0.468  1.107       ?  
 55   55   1  0.977  0.104       ?  
 56   56   1  0.777  0.344       ?  
 57   57   1  0.986  0.182       ?  
 58   58   1  0.876  0.156       ?  
 59   59   1  0.640  0.240       ?  
 60   60   1  0.917  0.150       ?  
 61   61   1  0.909  0.169       ?  
 62   62   1  0.877  0.196       ?  
 63   63   1  0.851  0.255       ?  
 64   64   1  0.758  0.242       ?  
 65   65   1  0.665  0.681       ?  
 66   66   1  0.853  0.326       ?  
 67   67   1  0.967  0.090       ?  
 68   68   1  0.683  0.669       ?  
 69   69   1  0.583  0.416       ?  
 70   70   1  0.787  0.281       ?  
 71   71   1  0.950  0.129       ?  
 72   72   1  0.843  0.222       ?  
 73   73   1  0.562  0.389       ?  
 74   74   1  0.472  0.719       ?  
 75   75   1  0.921  0.268       ?  
 76   76   1  0.369  1.144       ?  
 77   77   1  0.170  1.058       ?  
 78   78   1  0.811  0.258       ?  
 79   79   1  0.892  0.126       ?  
 80   80   1  0.850  0.163       ?  
 81   81   1  0.912  0.124       ?  
 82   82   1  0.861  0.150       ?  
 83   83   1  0.863  0.148       ?  
 84   84   1  0.896  0.131       ?  
 85   85   1  0.954  0.086       ?  
 86   86   1  0.887  0.234       ?  
 87   87   1  0.786  0.188       ?  
 88   88   1  0.915  0.119       ?  
 89   89   1  0.798  0.284       ?  
 90   90   1  0.772  0.167       ?  
 91   91   1  0.901  0.174       ?  
 92   92   1  0.926  0.349       ?  
 93   93   1  0.983  0.059       ?  
 94   94   1  0.892  0.154       ?  
 95   95   1  0.701  0.198       ?  
 96   96   1  0.874  0.207       ?  
 97   97   1  0.830  0.183       ?  
 98   98   1  0.586  0.424       ?  
 99   99   1  0.977  0.065       ?  
100  100   1  0.961  0.090       ?  
101  101   1  0.798  0.197       ?  
102  102   1  0.743  0.189       ?  
103  103   1  0.916  0.102       ?  
104  104   1  0.948  0.139       ?  
105  105   1  0.703  0.450       ?  
106  106   1  0.891  0.172       ?  
107  107   1  0.944  0.179       ?  
108  108   1  0.778  0.241       ?  
109  109   1  0.399  0.367       ?  
110  110   1  0.771  0.155       ?  
111  111   1  0.977  0.153       ?  
112  112   1  0.945  0.244       ?  
113  113   1  0.482  0.273       ?  
114  114   1  0.921  0.180       ?  
115  115   1  0.371  0.307       ?  
116  116   1  0.612  0.238       ?  
117  117   1  0.879  0.141       ?  
118  118   1  0.827  0.176       ?  
119  119   1  0.885  0.258       ?  
120  120   1  0.879  0.149       ?  
121  121   1  0.808  0.144       ?  
122  122   1  0.884  0.127       ?  
123  123   1  0.820  0.164       ?  
124  124   1  0.894  0.226       ?  
#
loop_
_pdbx_vrpt_software.ordinal
_pdbx_vrpt_software.name
_pdbx_vrpt_software.version
_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
3  eds          2.36                                                                  Y  
4  dcc          '"2.27  (2023-04-10)"'                                                Y  
5  xtriage      1.13                                                                  Y  
6  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
##
