data_1Z3J

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  1Z3J
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_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   nmr
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_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    1Z3J
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2005-03-13
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_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2021-10-20
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2021-10-12:20:42
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  mogul,buster-report,molprobity,validation-pack,coreclust,chemicalshifts,percentiles,writepdf,writexml,writecif
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   Y
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loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "Macrophage metalloelastase"  
2  non-polymer  "ZINC ION"  
3  non-polymer  "CALCIUM ION"  
4  non-polymer  "N-ISOBUTYL-N-[4-METHOXYPHENYLSULFONYL]GLYCYL HYDROXAMIC ACID"  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  2  
D  3  
E  3  
F  3  
G  4  
#
loop_
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_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  pdb    
2  nmr  x-ray  
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_pdbx_vrpt_percentile_type.id    1
_pdbx_vrpt_percentile_type.type  all_atom_clashscore
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_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1   99.94  158937  ?     ?     
2  2  1  100.00   12864  ?     ?     
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
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_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
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_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
1  1  1  A  A  1.13  0.62  1282  1738  
2  1  2  B  A     ?     ?     ?     ?  
3  1  2  C  A     ?     ?     ?     ?  
4  1  3  D  A     ?     ?     ?     ?  
5  1  3  E  A     ?     ?     ?     ?  
6  1  3  F  A     ?     ?     ?     ?  
7  1  4  G  A     ?     ?     ?     ?  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                                    1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers_full_length  5.10
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers_full_length       17.97
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_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                               1195
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                             1282
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_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                                1.13
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
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_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
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_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_chiral_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_plane_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
  1  1  1  A    1  MET  A  105  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
  2  1  1  A    2  GLY  A  106  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
  3  1  1  A    3  PRO  A  107  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
  4  1  1  A    4  VAL  A  108  .  ?        3     ?     1     ?     ?     ?     ?  
  5  1  1  A    5  TRP  A  109  .  ?        ?     ?     ?     1     ?     ?     ?  
  6  1  1  A    6  ARG  A  110  .  ?        ?     ?     ?     1     ?     ?     ?  
  7  1  1  A    7  LYS  A  111  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
  8  1  1  A    8  HIS  A  112  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
  9  1  1  A    9  TYR  A  113  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 10  1  1  A   10  ILE  A  114  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 11  1  1  A   11  THR  A  115  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 12  1  1  A   12  TYR  A  116  .  ?        ?     1     ?     1     ?     ?     ?  
 13  1  1  A   13  ARG  A  117  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 14  1  1  A   14  ILE  A  118  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 15  1  1  A   15  ASN  A  119  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 16  1  1  A   16  ASN  A  120  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 17  1  1  A   17  TYR  A  121  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 18  1  1  A   18  THR  A  122  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 19  1  1  A   19  PRO  A  123  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 20  1  1  A   20  ASP  A  124  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 21  1  1  A   21  MET  A  125  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 22  1  1  A   22  ASN  A  126  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 23  1  1  A   23  ARG  A  127  .  ?        ?     ?     ?     1     ?     ?     ?  
 24  1  1  A   24  GLU  A  128  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 25  1  1  A   25  ASP  A  129  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 26  1  1  A   26  VAL  A  130  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 27  1  1  A   27  ASP  A  131  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 28  1  1  A   28  TYR  A  132  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 29  1  1  A   29  ALA  A  133  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 30  1  1  A   30  ILE  A  134  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 31  1  1  A   31  ARG  A  135  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 32  1  1  A   32  LYS  A  136  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?     ?  
 33  1  1  A   33  ALA  A  137  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 34  1  1  A   34  PHE  A  138  .  ?        ?     2     ?     ?     ?     ?     ?  
 35  1  1  A   35  GLN  A  139  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 36  1  1  A   36  VAL  A  140  .  ?        ?     2     ?     ?     ?     ?     ?  
 37  1  1  A   37  TRP  A  141  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?     ?  
 38  1  1  A   38  SER  A  142  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 39  1  1  A   39  ASN  A  143  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 40  1  1  A   40  VAL  A  144  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 41  1  1  A   41  THR  A  145  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 42  1  1  A   42  PRO  A  146  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 43  1  1  A   43  LEU  A  147  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 44  1  1  A   44  LYS  A  148  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 45  1  1  A   45  PHE  A  149  .  ?        ?     1     ?     1     ?     ?     ?  
 46  1  1  A   46  SER  A  150  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 47  1  1  A   47  LYS  A  151  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 48  1  1  A   48  ILE  A  152  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 49  1  1  A   49  ASN  A  153  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 50  1  1  A   50  THR  A  154  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 51  1  1  A   51  GLY  A  155  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 52  1  1  A   52  MET  A  156  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 53  1  1  A   53  ALA  A  157  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 54  1  1  A   54  ASP  A  158  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 55  1  1  A   55  ILE  A  159  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 56  1  1  A   56  LEU  A  160  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 57  1  1  A   57  VAL  A  161  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 58  1  1  A   58  VAL  A  162  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 59  1  1  A   59  PHE  A  163  .  ?        ?     ?     ?     1     ?     ?     ?  
 60  1  1  A   60  ALA  A  164  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 61  1  1  A   61  ARG  A  165  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 62  1  1  A   62  GLY  A  166  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 63  1  1  A   63  ALA  A  167  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 64  1  1  A   64  HIS  A  168  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 65  1  1  A   65  GLY  A  169  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 66  1  1  A   66  ASP  A  170  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 67  1  1  A   67  ASP  A  171  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 68  1  1  A   68  HIS  A  172  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 69  1  1  A   69  ALA  A  173  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 70  1  1  A   70  PHE  A  174  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?     ?  
 71  1  1  A   71  ASP  A  175  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 72  1  1  A   72  GLY  A  176  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 73  1  1  A   73  LYS  A  177  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 74  1  1  A   74  GLY  A  178  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 75  1  1  A   75  GLY  A  179  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 76  1  1  A   76  ILE  A  180  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 77  1  1  A   77  LEU  A  181  .  ?        1     4     ?     ?     ?     ?     ?  
 78  1  1  A   78  ALA  A  182  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?     ?  
 79  1  1  A   79  HIS  A  183  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 80  1  1  A   80  ALA  A  184  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 81  1  1  A   81  PHE  A  185  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 82  1  1  A   82  GLY  A  186  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 83  1  1  A   83  PRO  A  187  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 84  1  1  A   84  GLY  A  188  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 85  1  1  A   85  SER  A  189  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 86  1  1  A   86  GLY  A  190  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 87  1  1  A   87  ILE  A  191  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 88  1  1  A   88  GLY  A  192  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 89  1  1  A   89  GLY  A  193  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 90  1  1  A   90  ASP  A  194  .  ?        ?     ?     ?     1     ?     ?     ?  
 91  1  1  A   91  ALA  A  195  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 92  1  1  A   92  HIS  A  196  .  ?        ?     ?     ?     1     ?     ?     ?  
 93  1  1  A   93  PHE  A  197  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 94  1  1  A   94  ASP  A  198  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?     ?  
 95  1  1  A   95  GLU  A  199  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 96  1  1  A   96  ASP  A  200  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 97  1  1  A   97  GLU  A  201  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 98  1  1  A   98  PHE  A  202  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 99  1  1  A   99  TRP  A  203  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
100  1  1  A  100  THR  A  204  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
101  1  1  A  101  THR  A  205  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
102  1  1  A  102  HIS  A  206  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
103  1  1  A  103  SER  A  207  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
104  1  1  A  104  GLY  A  208  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
105  1  1  A  105  GLY  A  209  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
106  1  1  A  106  THR  A  210  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
107  1  1  A  107  ASN  A  211  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
108  1  1  A  108  LEU  A  212  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
109  1  1  A  109  PHE  A  213  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
110  1  1  A  110  LEU  A  214  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
111  1  1  A  111  THR  A  215  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
112  1  1  A  112  ALA  A  216  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
113  1  1  A  113  VAL  A  217  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
114  1  1  A  114  HIS  A  218  .  ?        ?     4     ?     1     ?     ?     ?  
115  1  1  A  115  GLU  A  219  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
116  1  1  A  116  ILE  A  220  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
117  1  1  A  117  GLY  A  221  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
118  1  1  A  118  HIS  A  222  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
119  1  1  A  119  SER  A  223  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
120  1  1  A  120  LEU  A  224  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
121  1  1  A  121  GLY  A  225  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
122  1  1  A  122  LEU  A  226  .  ?        ?     2     ?     ?     ?     ?     ?  
123  1  1  A  123  GLY  A  227  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
124  1  1  A  124  HIS  A  228  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
125  1  1  A  125  SER  A  229  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
126  1  1  A  126  SER  A  230  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
127  1  1  A  127  ASP  A  231  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
128  1  1  A  128  PRO  A  232  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
129  1  1  A  129  LYS  A  233  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
130  1  1  A  130  ALA  A  234  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
131  1  1  A  131  VAL  A  235  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
132  1  1  A  132  MET  A  236  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
133  1  1  A  133  PHE  A  237  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?     ?  
134  1  1  A  134  PRO  A  238  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
135  1  1  A  135  THR  A  239  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
136  1  1  A  136  TYR  A  240  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
137  1  1  A  137  LYS  A  241  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
138  1  1  A  138  TYR  A  242  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
139  1  1  A  139  VAL  A  243  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
140  1  1  A  140  ASP  A  244  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
141  1  1  A  141  ILE  A  245  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
142  1  1  A  142  ASN  A  246  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
143  1  1  A  143  THR  A  247  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
144  1  1  A  144  PHE  A  248  .  ?        ?     1     ?     1     ?     ?     ?  
145  1  1  A  145  ARG  A  249  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
146  1  1  A  146  LEU  A  250  .  ?        ?     2     ?     ?     ?     ?     ?  
147  1  1  A  147  SER  A  251  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
148  1  1  A  148  ALA  A  252  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
149  1  1  A  149  ASP  A  253  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
150  1  1  A  150  ASP  A  254  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
151  1  1  A  151  ILE  A  255  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
152  1  1  A  152  ARG  A  256  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
153  1  1  A  153  GLY  A  257  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
154  1  1  A  154  ILE  A  258  .  ?        ?     3     ?     ?     ?     ?     ?  
155  1  1  A  155  GLN  A  259  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
156  1  1  A  156  SER  A  260  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
157  1  1  A  157  LEU  A  261  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
158  1  1  A  158  TYR  A  262  .  ?        ?     ?     ?     2     ?     ?     ?  
159  1  1  A  159  GLY  A  263  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
160  1  2  B    .  ZN   A  264  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
161  1  2  C    .  ZN   A  265  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
162  1  3  D    .  CA   A  266  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
163  1  3  E    .  CA   A  267  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
164  1  3  F    .  CA   A  268  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?     ?  
165  1  4  G    .  NGH  A  269  .  ?        ?    10     ?     ?     7     8    12  
#
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 29   29  ?         -53.1   -50.9  Favored  ?      5   5  0.47   7  0.65  molprobity  
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 31   31  ttt180    -56.2   -54.1  Favored  ?     13  11  0.63  14  0.71  molprobity  
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112  112  ?         -51.6   -53.1  Favored  ?      5   5  0.40   7  1.52  molprobity  
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#
loop_
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_pdbx_vrpt_instance_clashes.instance_id
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#
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_pdbx_vrpt_instance_stereo_outliers.label_atom_id  CA
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#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_intra_plane_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_intra_plane_outliers.instance_id
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#
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#
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_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.instance_id
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#
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1  165  C2   C1   C6   121.77  119.45  10000  1.04   2.25  0.01  
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#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.instance_id
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_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.mindiff
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.local_density
 1  165  C2   C3  O1  C7   143.28  83.06  10000  53.36   0.07  0.39  
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11  165  C9   N   S1  O3  -118.09  63.64   2694  18.59   0.47  1.04  
12  165  C10  N   S1  O3    87.39  63.39   2694  20.27   2.49  0.19  
#
loop_
_pdbx_vrpt_software.ordinal
_pdbx_vrpt_software.name
_pdbx_vrpt_software.version
_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
3  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  N  
##
