data_1UPJ

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  1UPJ
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    1UPJ
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         1996-03-04
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         5
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2024-02-14
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2024-02-05:08:48
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,mogul,buster-report,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   Y
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "HIV-1 PROTEASE"  
2  non-polymer  3-[1-(4-BROMO-PHENYL)-2-METHYL-PROPYL]-4-HYDROXY-CHROMEN-2-ONE  
3  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  3  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all   x-ray  
2  2.22  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1   7.61  141614     ?     ?  
2  2  1   5.33    6646  2.20  2.24  
3  1  2  15.42  138981     ?     ?  
4  2  2  12.85    6543  2.20  2.24  
5  1  3   2.91  138945     ?     ?  
6  2  3   1.96    6544  2.20  2.24  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  15.42  
2  4  2  A  1  1  A  12.85  
3  5  3  A  1  1  A   2.91  
4  6  3  A  1  1  A   1.96  
#
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num    1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id        1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id    A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id     A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ      1.92
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ       0.82
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ   771
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ  1043
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  1.03
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       14.46
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     21.82
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   823
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 771
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.82
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                1043
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    1.92
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method           x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal              1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high  2.22
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low   10.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                0.19
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_plane_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
  1  1  1  A   1  PRO  A    1  .  ?        1     2     ?     ?     ?     ?  
  2  1  1  A   2  GLN  A    2  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
  3  1  1  A   3  ILE  A    3  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
  4  1  1  A   4  THR  A    4  .  ?        ?     2     ?     ?     ?     ?  
  5  1  1  A   5  LEU  A    5  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
  6  1  1  A   6  TRP  A    6  .  ?        1     2     ?     ?     ?     ?  
  7  1  1  A   7  GLN  A    7  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
  8  1  1  A   8  ARG  A    8  .  ?        3     1     1     ?     ?     ?  
  9  1  1  A   9  PRO  A    9  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 10  1  1  A  10  LEU  A   10  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 11  1  1  A  11  VAL  A   11  .  ?        1     ?     ?     ?     ?     ?  
 12  1  1  A  12  THR  A   12  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 13  1  1  A  13  ILE  A   13  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 14  1  1  A  14  LYS  A   14  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 15  1  1  A  15  ILE  A   15  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 16  1  1  A  16  GLY  A   16  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 17  1  1  A  17  GLY  A   17  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 18  1  1  A  18  GLN  A   18  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 19  1  1  A  19  LEU  A   19  .  ?        ?     2     ?     ?     ?     ?  
 20  1  1  A  20  LYS  A   20  .  ?        ?     2     ?     ?     ?     ?  
 21  1  1  A  21  GLU  A   21  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 22  1  1  A  22  ALA  A   22  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 23  1  1  A  23  LEU  A   23  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 24  1  1  A  24  LEU  A   24  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 25  1  1  A  25  ASP  A   25  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 26  1  1  A  26  THR  A   26  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 27  1  1  A  27  GLY  A   27  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 28  1  1  A  28  ALA  A   28  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 29  1  1  A  29  ASP  A   29  .  ?        1     ?     ?     ?     ?     ?  
 30  1  1  A  30  ASP  A   30  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 31  1  1  A  31  THR  A   31  .  ?        1     ?     ?     ?     ?     ?  
 32  1  1  A  32  VAL  A   32  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 33  1  1  A  33  LEU  A   33  .  ?        ?     2     ?     ?     ?     ?  
 34  1  1  A  34  GLU  A   34  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 35  1  1  A  35  GLU  A   35  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 36  1  1  A  36  MET  A   36  .  ?        1     ?     ?     ?     ?     ?  
 37  1  1  A  37  SER  A   37  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 38  1  1  A  38  LEU  A   38  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 39  1  1  A  39  PRO  A   39  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 40  1  1  A  40  GLY  A   40  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 41  1  1  A  41  ARG  A   41  .  ?        2     1     1     ?     ?     ?  
 42  1  1  A  42  TRP  A   42  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 43  1  1  A  43  LYS  A   43  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 44  1  1  A  44  PRO  A   44  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 45  1  1  A  45  LYS  A   45  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 46  1  1  A  46  MET  A   46  .  ?        1     2     ?     ?     ?     ?  
 47  1  1  A  47  ILE  A   47  .  ?        ?     2     ?     ?     ?     ?  
 48  1  1  A  48  GLY  A   48  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 49  1  1  A  49  GLY  A   49  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 50  1  1  A  50  ILE  A   50  .  ?        ?     2     ?     ?     ?     ?  
 51  1  1  A  51  GLY  A   51  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 52  1  1  A  52  GLY  A   52  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 53  1  1  A  53  PHE  A   53  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 54  1  1  A  54  ILE  A   54  .  ?        ?     2     ?     ?     ?     ?  
 55  1  1  A  55  LYS  A   55  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 56  1  1  A  56  VAL  A   56  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 57  1  1  A  57  ARG  A   57  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 58  1  1  A  58  GLN  A   58  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 59  1  1  A  59  TYR  A   59  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 60  1  1  A  60  ASP  A   60  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 61  1  1  A  61  GLN  A   61  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 62  1  1  A  62  ILE  A   62  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 63  1  1  A  63  LEU  A   63  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 64  1  1  A  64  ILE  A   64  .  ?        ?     3     ?     ?     ?     ?  
 65  1  1  A  65  GLU  A   65  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 66  1  1  A  66  ILE  A   66  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 67  1  1  A  67  CYS  A   67  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 68  1  1  A  68  GLY  A   68  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 69  1  1  A  69  HIS  A   69  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 70  1  1  A  70  LYS  A   70  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 71  1  1  A  71  ALA  A   71  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 72  1  1  A  72  ILE  A   72  .  ?        ?     2     ?     ?     ?     ?  
 73  1  1  A  73  GLY  A   73  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 74  1  1  A  74  THR  A   74  .  ?        1     ?     ?     ?     ?     ?  
 75  1  1  A  75  VAL  A   75  .  ?        ?     4     ?     ?     ?     ?  
 76  1  1  A  76  LEU  A   76  .  ?        1     2     ?     ?     ?     ?  
 77  1  1  A  77  VAL  A   77  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 78  1  1  A  78  GLY  A   78  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 79  1  1  A  79  PRO  A   79  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 80  1  1  A  80  THR  A   80  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 81  1  1  A  81  PRO  A   81  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 82  1  1  A  82  VAL  A   82  .  ?        ?     4     ?     ?     ?     ?  
 83  1  1  A  83  ASN  A   83  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 84  1  1  A  84  ILE  A   84  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 85  1  1  A  85  ILE  A   85  .  ?        1     1     ?     ?     ?     ?  
 86  1  1  A  86  GLY  A   86  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 87  1  1  A  87  ARG  A   87  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 88  1  1  A  88  ASN  A   88  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
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_pdbx_vrpt_instance_intra_plane_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_intra_plane_outliers.type
_pdbx_vrpt_instance_intra_plane_outliers.plane_rmsd
1   8  sidechain  0.28  
2  41  sidechain  0.31  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.atom_1
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.atom_2
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.atom_3
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.obs
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.mean
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.Z
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.link
 1   1  CA  N   CD   103.354  111.500  1.400   -5.82  ?     
 2   6  CB  CG  CD2  119.851  126.600  1.300   -5.19  ?     
 3   8  CD  NE  CZ   131.468  123.600  1.400    5.62  ?     
 4   8  NE  CZ  NH1  112.310  120.300  0.500  -15.98  ?     
 5   8  NE  CZ  NH2  128.633  120.300  0.500   16.67  ?     
 6  11  CA  CB  CG1  121.673  110.900  1.500    7.18  ?     
 7  29  CB  CG  OD1  126.543  118.300  0.900    9.16  ?     
 8  31  CA  CB  CG2  119.422  112.400  1.400    5.02  ?     
 9  36  CG  SD  CE   110.009  100.200  1.600    6.13  ?     
10  41  NE  CZ  NH1  111.923  120.300  0.500  -16.75  ?     
11  41  NE  CZ  NH2  127.883  120.300  0.500   15.17  ?     
12  46  CG  SD  CE   113.480  100.200  1.600    8.30  ?     
13  74  O   C   N    131.939  122.700  1.600    5.78  Y     
14  76  CB  CG  CD2  120.336  111.000  1.700    5.49  ?     
15  85  CA  CB  CG1  120.926  111.000  1.900    5.22  ?     
#
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.ordinal      1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.instance_id  100
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.atom_1       BR
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.atom_2       CB4
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.obsval       2.01
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.mean         1.90
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.numobs       10000
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.stdev        0.02
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.Zscore       5.28
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.mindiff      0.00
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_2
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.atom_3
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.obsval
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.mean
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.numobs
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.Zscore
_pdbx_vrpt_instance_mogul_angle_outliers.mindiff
1  100  CA6  CA   CA2  119.76  116.94  70  1.40   2.01  0.24  
2  100  OA3  CA4  CA5  119.00  121.20  26  0.97  -2.28  0.50  
3  100  CA   CG1  CB1  103.84  111.09  31  1.75  -4.14  3.07  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_2
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_3
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_4
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.obsval
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.mean
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.numobs
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.mindiff
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.local_density
1  100  CB2  CB1  CG1  CA    29.26  60.40  1078  27.10  0.32  2.60  
2  100  CB6  CB1  CG1  CA  -149.81  60.30  1078  27.08  0.69  2.97  
#
loop_
_pdbx_vrpt_software.ordinal
_pdbx_vrpt_software.name
_pdbx_vrpt_software.version
_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
3  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
##
