data_1STD

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  1STD
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    1STD
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         1994-08-19
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         4
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2024-02-14
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2024-02-05:09:10
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,mogul,buster-report,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   Y
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "SCYTALONE DEHYDRATASE"  
2  non-polymer  "SULFATE ION"  
3  non-polymer  "N-[1-(4-BROMOPHENYL)ETHYL]-5-FLUORO SALICYLAMIDE"  
4  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  3  
D  4  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  x-ray  
2  2.9  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1  48.31  141614     ?     ?  
2  2  1  72.65    2172  2.90  2.90  
3  1  2  24.89  138981     ?     ?  
4  2  2  57.78    2115  2.90  2.90  
5  1  3   9.03  138945     ?     ?  
6  2  3  28.01    2117  2.90  2.90  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  24.89  
2  4  2  A  1  1  A  57.78  
3  5  3  A  1  1  A   9.03  
4  6  3  A  1  1  A  28.01  
#
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num    1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id        1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id    A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id     A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ      1.66
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ       0.91
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ   1394
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ  1883
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  0.62
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       9.09
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     5.96
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   1306
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 1394
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.91
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                1883
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    1.66
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method           x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal              1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high  2.90
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                0.18
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
  1  1  1  A    9  ASP  A    9  .  ?        1     ?     ?     ?     ?  
  2  1  1  A   10  GLU  A   10  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
  3  1  1  A   11  ILE  A   11  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
  4  1  1  A   12  THR  A   12  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
  5  1  1  A   13  PHE  A   13  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
  6  1  1  A   14  SER  A   14  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
  7  1  1  A   15  ASP  A   15  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
  8  1  1  A   16  TYR  A   16  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
  9  1  1  A   17  LEU  A   17  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 10  1  1  A   18  GLY  A   18  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 11  1  1  A   19  LEU  A   19  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 12  1  1  A   20  MET  A   20  .  ?        1     ?     ?     ?     ?  
 13  1  1  A   21  THR  A   21  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 14  1  1  A   22  CYS  A   22  .  ?        1     ?     ?     ?     ?  
 15  1  1  A   23  VAL  A   23  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 16  1  1  A   24  TYR  A   24  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 17  1  1  A   25  GLU  A   25  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 18  1  1  A   26  TRP  A   26  .  ?        3     ?     ?     ?     ?  
 19  1  1  A   27  ALA  A   27  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 20  1  1  A   28  ASP  A   28  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 21  1  1  A   29  SER  A   29  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 22  1  1  A   30  TYR  A   30  .  ?        1     ?     ?     ?     ?  
 23  1  1  A   31  ASP  A   31  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 24  1  1  A   32  SER  A   32  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 25  1  1  A   33  LYS  A   33  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 26  1  1  A   34  ASP  A   34  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 27  1  1  A   35  TRP  A   35  .  ?        5     ?     ?     ?     ?  
 28  1  1  A   36  ASP  A   36  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 29  1  1  A   37  ARG  A   37  .  ?        1     ?     ?     ?     ?  
 30  1  1  A   38  LEU  A   38  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 31  1  1  A   39  ARG  A   39  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 32  1  1  A   40  LYS  A   40  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 33  1  1  A   41  VAL  A   41  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 34  1  1  A   42  ILE  A   42  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 35  1  1  A   43  ALA  A   43  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 36  1  1  A   44  PRO  A   44  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 37  1  1  A   45  THR  A   45  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 38  1  1  A   46  LEU  A   46  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 39  1  1  A   47  ARG  A   47  .  ?        1     ?     ?     ?     ?  
 40  1  1  A   48  ILE  A   48  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 41  1  1  A   49  ASP  A   49  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 42  1  1  A   50  TYR  A   50  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 43  1  1  A   51  ARG  A   51  .  ?        1     1     ?     ?     ?  
 44  1  1  A   52  SER  A   52  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 45  1  1  A   53  PHE  A   53  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 46  1  1  A   54  LEU  A   54  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 47  1  1  A   55  ASP  A   55  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 48  1  1  A   56  LYS  A   56  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 49  1  1  A   57  LEU  A   57  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 50  1  1  A   58  TRP  A   58  .  ?        3     ?     ?     ?     ?  
 51  1  1  A   59  GLU  A   59  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 52  1  1  A   60  ALA  A   60  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 53  1  1  A   61  MET  A   61  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 54  1  1  A   62  PRO  A   62  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 55  1  1  A   63  ALA  A   63  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 56  1  1  A   64  GLU  A   64  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 57  1  1  A   65  GLU  A   65  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 58  1  1  A   66  PHE  A   66  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 59  1  1  A   67  VAL  A   67  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 60  1  1  A   68  GLY  A   68  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 61  1  1  A   69  MET  A   69  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 62  1  1  A   70  VAL  A   70  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 63  1  1  A   71  SER  A   71  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 64  1  1  A   72  SER  A   72  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 65  1  1  A   73  LYS  A   73  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 66  1  1  A   74  GLN  A   74  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 67  1  1  A   75  VAL  A   75  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 68  1  1  A   76  LEU  A   76  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 69  1  1  A   77  GLY  A   77  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 70  1  1  A   78  ASP  A   78  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 71  1  1  A   79  PRO  A   79  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 72  1  1  A   80  THR  A   80  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 73  1  1  A   81  LEU  A   81  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 74  1  1  A   82  ARG  A   82  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 75  1  1  A   83  THR  A   83  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 76  1  1  A   84  GLN  A   84  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 77  1  1  A   85  HIS  A   85  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 78  1  1  A   86  PHE  A   86  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 79  1  1  A   87  ILE  A   87  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 80  1  1  A   88  GLY  A   88  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 81  1  1  A   89  GLY  A   89  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 82  1  1  A   90  THR  A   90  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 83  1  1  A   91  ARG  A   91  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 84  1  1  A   92  TRP  A   92  .  ?        5     ?     ?     ?     ?  
 85  1  1  A   93  GLU  A   93  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 86  1  1  A   94  LYS  A   94  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 87  1  1  A   95  VAL  A   95  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 88  1  1  A   96  SER  A   96  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 89  1  1  A   97  GLU  A   97  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 90  1  1  A   98  ASP  A   98  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 91  1  1  A   99  GLU  A   99  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 92  1  1  A  100  VAL  A  100  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 93  1  1  A  101  ILE  A  101  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 94  1  1  A  102  GLY  A  102  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 95  1  1  A  103  TYR  A  103  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 96  1  1  A  104  HIS  A  104  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 97  1  1  A  105  GLN  A  105  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 98  1  1  A  106  LEU  A  106  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 99  1  1  A  107  ARG  A  107  .  ?        1     ?     ?     ?     ?  
100  1  1  A  108  VAL  A  108  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
101  1  1  A  109  PRO  A  109  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
102  1  1  A  110  HIS  A  110  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
103  1  1  A  111  GLN  A  111  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
104  1  1  A  112  ARG  A  112  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
105  1  1  A  113  TYR  A  113  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
106  1  1  A  114  LYS  A  114  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
107  1  1  A  115  ASP  A  115  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
108  1  1  A  116  THR  A  116  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
109  1  1  A  117  THR  A  117  .  ?        ?     5     ?     ?     ?  
110  1  1  A  118  MET  A  118  .  ?        2     5     ?     ?     ?  
111  1  1  A  119  LYS  A  119  .  ?        ?     3     ?     ?     ?  
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114  1  1  A  122  THR  A  122  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
115  1  1  A  123  MET  A  123  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
116  1  1  A  124  LYS  A  124  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
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120  1  1  A  128  HIS  A  128  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
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159  1  1  A  167  GLU  A  167  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
160  1  1  A  168  THR  A  168  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
161  1  1  A  169  PHE  A  169  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
162  1  1  A  170  GLY  A  170  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
163  1  2  B    .  SO4  A  180  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
164  1  3  C    .  BFS  A  175  .  ?        ?     ?     3     8     2  
165  1  4  D    .  HOH  A  200  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
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167  1  4  D    .  HOH  A  202  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
168  1  4  D    .  HOH  A  203  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
#
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155  155  pt-20     -59.1   -47.1  Favored     ?     6   9  1.01  12  1.65  molprobity  
156  156  m-20      -68.1   -34.3  Favored     ?     4   8  0.71  11  0.67  molprobity  
157  157  ?         -60.5   -48.3  Favored     ?     3   4  0.37   5  0.38  molprobity  
158  158  mtp180    -58.8   -51.1  Favored     ?    13  11  0.74  14  1.22  molprobity  
159  159  mt-10     -47.6   -48.6  Favored     ?     6   9  0.57  12  1.11  molprobity  
160  160  m         -62.0   -41.9  Favored     ?     7   7  0.31  10  1.04  molprobity  
161  161  m-85     -102.6     6.7  Favored     ?     9  12  0.59  16  1.45  molprobity  
162  162  ?             ?       ?  ?           ?     3   3  1.02   2  0.53  molprobity  
163  163  ?             ?       ?  ?           ?     ?   4  0.54   6  0.28  mogul       
164  164  ?             ?       ?  ?           ?    13  21  1.35  29  1.62  mogul       
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_clashes.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_clashes.instance_id
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_pdbx_vrpt_instance_clashes.cid
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_pdbx_vrpt_instance_clashes.dist
 1   37  HA     1  0.40  2.21  
 2   43  HH21   2  0.64  1.61  
 3   49  HD22   2  0.64  1.61  
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10  100  HB     6  0.47  1.97  
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12  101  O      5  0.44  2.18  
13  101  HD2    7  0.41  1.79  
14  102  HE1    8  0.40  2.03  
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16  106  HE2    9  0.46  1.97  
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24  110  HG2   13  0.50  2.30  
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32  165  O      8  0.40  2.03  
#
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_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.stdev
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.Z
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.link
 1    1  CA   CB   CG   102.238  113.400  2.200  -5.07  ?     
 2   12  CA   CB   CG   122.329  113.300  1.700   5.31  ?     
 3   14  CA   CB   SG   104.925  114.000  1.800  -5.04  ?     
 4   18  CD1  CG   CD2  111.528  106.300  0.800   6.54  ?     
 5   18  CE2  CD2  CG   101.824  107.300  0.800  -6.84  ?     
 6   18  CG   CD2  CE3  139.328  133.900  0.900   6.03  ?     
 7   22  CB   CG   CD2  116.808  121.000  0.600  -6.99  ?     
 8   27  CB   CG   CD1  119.168  127.000  1.300  -6.03  ?     
 9   27  CD1  CG   CD2  112.420  106.300  0.800   7.65  ?     
10   27  CE2  CD2  CG   101.222  107.300  0.800  -7.60  ?     
11   27  CG   CD1  NE1  104.930  110.100  1.000  -5.17  ?     
12   27  CG   CD2  CE3  138.962  133.900  0.900   5.62  ?     
13   29  NE   CZ   NH1  123.492  120.300  0.500   6.38  ?     
14   39  NE   CZ   NH2  117.736  120.300  0.500  -5.13  ?     
15   43  NE   CZ   NH1  123.113  120.300  0.500   5.63  ?     
16   50  CD1  CG   CD2  112.726  106.300  0.800   8.03  ?     
17   50  CE2  CD2  CG   101.832  107.300  0.800  -6.83  ?     
18   50  CG   CD1  NE1  104.677  110.100  1.000  -5.42  ?     
19   84  CB   CG   CD1  118.591  127.000  1.300  -6.47  ?     
20   84  CD1  CG   CD2  113.115  106.300  0.800   8.52  ?     
21   84  CE2  CD2  CG   101.102  107.300  0.800  -7.75  ?     
22   84  CG   CD1  NE1  104.578  110.100  1.000  -5.52  ?     
23   84  CG   CD2  CE3  140.449  133.900  0.900   7.28  ?     
24   99  NE   CZ   NH1  123.741  120.300  0.500   6.88  ?     
25  110  O    C    N    134.600  122.700  1.600   7.44  Y     
26  110  CG   SD   CE   110.403  100.200  1.600   6.38  ?     
27  126  CB   CG   CD1  120.216  127.000  1.300  -5.22  ?     
28  126  CD1  CG   CD2  113.429  106.300  0.800   8.91  ?     
29  126  CE2  CD2  CG   101.023  107.300  0.800  -7.85  ?     
30  126  CG   CD1  NE1  104.072  110.100  1.000  -6.03  ?     
31  126  CG   CD2  CE3  139.689  133.900  0.900   6.43  ?     
32  134  CB   CG   CD1  120.424  127.000  1.300  -5.06  ?     
33  134  CD1  CG   CD2  113.055  106.300  0.800   8.44  ?     
34  134  CE2  CD2  CG   100.709  107.300  0.800  -8.24  ?     
35  134  CG   CD2  CE3  139.283  133.900  0.900   5.98  ?     
36  145  CD1  CG   CD2  112.326  106.300  0.800   7.53  ?     
37  145  CE2  CD2  CG   101.988  107.300  0.800  -6.64  ?     
38  145  CG   CD1  NE1  104.457  110.100  1.000  -5.64  ?     
#
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1  164  C1   C      1.41  1.50   3958  0.02  -4.22  0.00  
2  164  F5   C5     1.29  1.36  10000  0.02  -2.70  0.00  
3  164  BR4  "C4'"  1.86  1.90  10000  0.02  -2.13  0.00  
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loop_
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1  164  C6  C1  C2  115.60  118.70   1600  0.96  -3.23  0.01  
2  164  C2  C1  C   116.12  123.02    375  3.37  -2.04  1.00  
3  164  C6  C1  C   128.18  117.36    702  2.97   3.64  0.38  
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8  164  O   C   N   118.48  122.45   2384  1.84  -2.16  0.07  
#
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_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.mindiff
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.local_density
1  164  O  C  C1  C2    35.33  116.14  1871  41.92  0.45  1.50  
2  164  O  C  N   CE1  -24.79   18.86  2266   4.84  0.58  2.91  
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loop_
_pdbx_vrpt_software.ordinal
_pdbx_vrpt_software.name
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_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
3  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
##
