data_1SQZ

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  1SQZ
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    1SQZ
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2004-03-22
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         5
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2023-08-23
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2023-08-15:20:11
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,mogul,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   N
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "Phospholipase A2"  
2  polymer      "synthetic peptide"  
3  non-polymer  "SULFATE ION"  
4  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  3  
D  3  
E  3  
F  4  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  x-ray  
2  1.2  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1  19.12  141614     ?     ?  
2  2  1   5.21    1286  1.18  1.22  
3  1  2  19.33  138981     ?     ?  
4  2  2   2.82    1240  1.18  1.22  
5  1  3  26.05  138945     ?     ?  
6  2  3   2.50    1239  1.18  1.22  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A   19.33  
2  4  2  A  1  1  A    2.82  
3  5  3  A  1  1  A   33.74  
4  6  3  A  1  1  A    4.40  
5  3  2  B  1  2  B  100.00  
6  4  2  B  1  2  B  100.00  
7  5  3  B  1  2  B    0.11  
8  6  3  B  1  2  B    0.00  
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
1  1  1  A  A  0.69  0.54  995  1333  
2  1  2  B  B  1.26  0.66   29    37  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  0.83
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       4.67
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     12.94
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   972
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 1024
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.54
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                1370
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    0.71
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method           x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal              1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high  1.20
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low   17.68
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                0.21
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree            0.22
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
  1  1  1  A    1  SER  A    1  .  ?        ?  
  2  1  1  A    2  LEU  A    2  .  ?        6  
  3  1  1  A    3  LEU  A    3  .  ?        ?  
  4  1  1  A    4  GLU  A    4  .  ?        ?  
  5  1  1  A    5  PHE  A    5  .  ?        ?  
  6  1  1  A    6  GLY  A    6  .  ?        ?  
  7  1  1  A    7  LYS  A    7  .  ?        1  
  8  1  1  A    8  MET  A    8  .  ?        1  
  9  1  1  A    9  ILE  A    9  .  ?        ?  
 10  1  1  A   10  LEU  A   10  .  ?        ?  
 11  1  1  A   11  GLU  A   11  .  ?        1  
 12  1  1  A   12  GLU  A   12  .  ?        1  
 13  1  1  A   13  THR  A   13  .  ?        ?  
 14  1  1  A   14  GLY  A   14  .  ?        ?  
 15  1  1  A   15  LYS  A   16  .  ?        ?  
 16  1  1  A   16  LEU  A   17  .  ?        ?  
 17  1  1  A   17  ALA  A   18  .  ?        ?  
 18  1  1  A   18  ILE  A   19  .  ?        ?  
 19  1  1  A   19  PRO  A   20  .  ?        ?  
 20  1  1  A   20  SER  A   21  .  ?        ?  
 21  1  1  A   21  TYR  A   22  .  ?        ?  
 22  1  1  A   22  SER  A   23  .  ?        ?  
 23  1  1  A   23  SER  A   24  .  ?        ?  
 24  1  1  A   24  TYR  A   25  .  ?        ?  
 25  1  1  A   25  GLY  A   26  .  ?        ?  
 26  1  1  A   26  CYS  A   27  .  ?        ?  
 27  1  1  A   27  TYR  A   28  .  ?        ?  
 28  1  1  A   28  CYS  A   29  .  ?        ?  
 29  1  1  A   29  GLY  A   30  .  ?        1  
 30  1  1  A   30  TRP  A   31  .  ?        ?  
 31  1  1  A   31  GLY  A   32  .  ?        ?  
 32  1  1  A   32  GLY  A   33  .  ?        ?  
 33  1  1  A   33  LYS  A   34  .  ?        2  
 34  1  1  A   34  GLY  A   35  .  ?        1  
 35  1  1  A   35  THR  A   36  .  ?        ?  
 36  1  1  A   36  PRO  A   37  .  ?        1  
 37  1  1  A   37  LYS  A   38  .  ?        ?  
 38  1  1  A   38  ASP  A   39  .  ?        ?  
 39  1  1  A   39  ALA  A   40  .  ?        ?  
 40  1  1  A   40  THR  A   41  .  ?        ?  
 41  1  1  A   41  ASP  A   42  .  ?        ?  
 42  1  1  A   42  ARG  A   43  .  ?        ?  
 43  1  1  A   43  CYS  A   44  .  ?        ?  
 44  1  1  A   44  CYS  A   45  .  ?        ?  
 45  1  1  A   45  PHE  A   46  .  ?        ?  
 46  1  1  A   46  VAL  A   47  .  ?        ?  
 47  1  1  A   47  HIS  A   48  .  ?        ?  
 48  1  1  A   48  ASP  A   49  .  ?        ?  
 49  1  1  A   49  CYS  A   50  .  ?        ?  
 50  1  1  A   50  CYS  A   51  .  ?        ?  
 51  1  1  A   51  TYR  A   52  .  ?        2  
 52  1  1  A   52  GLY  A   53  .  ?        ?  
 53  1  1  A   53  ASN  A   54  A  ?        ?  
 54  1  1  A   53  ASN  A   54  B  ?        ?  
 55  1  1  A   54  LEU  A   55  .  ?        1  
 56  1  1  A   55  PRO  A   56  .  ?        ?  
 57  1  1  A   56  ASP  A   59  .  ?        ?  
 58  1  1  A   57  CYS  A   61  .  ?        ?  
 59  1  1  A   58  ASN  A   67  .  ?        ?  
 60  1  1  A   59  PRO  A   68  .  ?        ?  
 61  1  1  A   60  LYS  A   69  .  ?        5  
 62  1  1  A   61  SER  A   70  .  ?        ?  
 63  1  1  A   62  ASP  A   71  .  ?        ?  
 64  1  1  A   63  ARG  A   72  .  ?        ?  
 65  1  1  A   64  TYR  A   73  .  ?        ?  
 66  1  1  A   65  LYS  A   74  .  ?        ?  
 67  1  1  A   66  TYR  A   75  .  ?        ?  
 68  1  1  A   67  LYS  A   76  .  ?        ?  
 69  1  1  A   68  ARG  A   77  .  ?        ?  
 70  1  1  A   69  VAL  A   78  .  ?        ?  
 71  1  1  A   70  ASN  A   79  .  ?        ?  
 72  1  1  A   71  GLY  A   80  .  ?        ?  
 73  1  1  A   72  ALA  A   81  .  ?        ?  
 74  1  1  A   73  ILE  A   82  .  ?        ?  
 75  1  1  A   74  VAL  A   83  .  ?        ?  
 76  1  1  A   75  CYS  A   84  .  ?        ?  
 77  1  1  A   76  GLU  A   85  .  ?        ?  
 78  1  1  A   77  LYS  A   86  .  ?        ?  
 79  1  1  A   78  GLY  A   88  .  ?        ?  
 80  1  1  A   79  THR  A   89  .  ?        ?  
 81  1  1  A   80  SER  A   90  A  ?        ?  
 82  1  1  A   80  SER  A   90  B  ?        ?  
 83  1  1  A   81  CYS  A   91  .  ?        ?  
 84  1  1  A   82  GLU  A   92  .  ?        ?  
 85  1  1  A   83  ASN  A   93  .  ?        ?  
 86  1  1  A   84  ARG  A   94  A  ?        ?  
 87  1  1  A   84  ARG  A   94  B  ?        1  
 88  1  1  A   85  ILE  A   95  .  ?        ?  
 89  1  1  A   86  CYS  A   96  .  ?        ?  
 90  1  1  A   87  GLU  A   97  .  ?        1  
 91  1  1  A   88  CYS  A   98  .  ?        ?  
 92  1  1  A   89  ASP  A   99  .  ?        ?  
 93  1  1  A   90  LYS  A  100  .  ?        ?  
 94  1  1  A   91  ALA  A  101  .  ?        ?  
 95  1  1  A   92  ALA  A  102  .  ?        ?  
 96  1  1  A   93  ALA  A  103  .  ?        1  
 97  1  1  A   94  ILE  A  104  .  ?        ?  
 98  1  1  A   95  CYS  A  105  .  ?        ?  
 99  1  1  A   96  PHE  A  106  .  ?        ?  
100  1  1  A   97  ARG  A  107  .  ?        ?  
101  1  1  A   98  GLN  A  108  .  ?        ?  
102  1  1  A   99  ASN  A  109  .  ?        ?  
103  1  1  A  100  LEU  A  110  .  ?        ?  
104  1  1  A  101  ASN  A  111  .  ?        2  
105  1  1  A  102  THR  A  112  .  ?        1  
106  1  1  A  103  TYR  A  113  .  ?        ?  
107  1  1  A  104  SER  A  114  A  ?        ?  
108  1  1  A  104  SER  A  114  B  ?        ?  
109  1  1  A  105  LYS  A  115  .  ?        2  
110  1  1  A  106  LYS  A  116  .  ?        ?  
111  1  1  A  107  TYR  A  117  .  ?        ?  
112  1  1  A  108  MET  A  118  .  ?        ?  
113  1  1  A  109  LEU  A  119  .  ?        ?  
114  1  1  A  110  TYR  A  120  .  ?        1  
115  1  1  A  111  PRO  A  121  .  ?        1  
116  1  1  A  112  ASP  A  122  .  ?        ?  
117  1  1  A  113  PHE  A  124  .  ?        ?  
118  1  1  A  114  LEU  A  125  .  ?        ?  
119  1  1  A  115  CYS  A  126  .  ?        ?  
120  1  1  A  116  LYS  A  127  .  ?        2  
121  1  1  A  117  GLY  A  128  .  ?        ?  
122  1  1  A  118  GLU  A  129  .  ?        ?  
123  1  1  A  119  LEU  A  130  .  ?        1  
124  1  1  A  120  LYS  A  131  .  ?        ?  
125  1  1  A  121  CYS  A  133  .  ?        ?  
126  1  2  B    1  PHQ  B    1  .  ?        ?  
127  1  2  B    2  ILE  B    2  .  ?        5  
128  1  2  B    3  ALA  B    3  .  ?        ?  
129  1  2  B    4  ARG  B    4  .  ?        1  
130  1  2  B    5  SER  B    5  .  ?        ?  
131  1  3  C    .  SO4  A  301  .  ?        ?  
132  1  3  D    .  SO4  A  302  .  ?        1  
133  1  3  E    .  SO4  A  303  .  ?        ?  
134  1  4  F    .  HOH  A  304  .  ?        ?  
135  1  4  F    .  HOH  A  305  .  ?        ?  
136  1  4  F    .  HOH  A  306  .  ?        ?  
137  1  4  F    .  HOH  A  307  .  ?        ?  
138  1  4  F    .  HOH  A  308  .  ?        ?  
139  1  4  F    .  HOH  A  309  .  ?        ?  
140  1  4  F    .  HOH  A  310  .  ?        ?  
141  1  4  F    .  HOH  A  311  .  ?        ?  
142  1  4  F    .  HOH  A  312  .  ?        ?  
143  1  4  F    .  HOH  A  313  .  ?        ?  
144  1  4  F    .  HOH  A  314  .  ?        ?  
145  1  4  F    .  HOH  A  315  .  ?        1  
146  1  4  F    .  HOH  A  316  .  ?        ?  
147  1  4  F    .  HOH  A  317  .  ?        ?  
148  1  4  F    .  HOH  A  318  .  ?        ?  
149  1  4  F    .  HOH  A  319  .  ?        ?  
150  1  4  F    .  HOH  A  320  .  ?        ?  
151  1  4  F    .  HOH  A  321  .  ?        ?  
152  1  4  F    .  HOH  A  322  .  ?        ?  
153  1  4  F    .  HOH  A  323  .  ?        ?  
154  1  4  F    .  HOH  A  324  .  ?        ?  
155  1  4  F    .  HOH  A  325  .  ?        ?  
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160  1  4  F    .  HOH  A  330  .  ?        ?  
161  1  4  F    .  HOH  A  331  .  ?        ?  
162  1  4  F    .  HOH  A  332  .  ?        ?  
163  1  4  F    .  HOH  A  333  .  ?        ?  
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165  1  4  F    .  HOH  A  335  .  ?        ?  
166  1  4  F    .  HOH  A  336  .  ?        ?  
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169  1  4  F    .  HOH  A  339  .  ?        ?  
170  1  4  F    .  HOH  A  340  .  ?        ?  
171  1  4  F    .  HOH  A  341  .  ?        ?  
172  1  4  F    .  HOH  A  342  .  ?        ?  
173  1  4  F    .  HOH  A  343  .  ?        ?  
174  1  4  F    .  HOH  A  344  .  ?        ?  
175  1  4  F    .  HOH  A  345  .  ?        ?  
176  1  4  F    .  HOH  A  346  .  ?        ?  
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178  1  4  F    .  HOH  A  348  .  ?        ?  
179  1  4  F    .  HOH  A  349  .  ?        ?  
180  1  4  F    .  HOH  A  350  .  ?        ?  
181  1  4  F    .  HOH  A  351  .  ?        ?  
182  1  4  F    .  HOH  A  352  .  ?        ?  
183  1  4  F    .  HOH  A  353  .  ?        ?  
184  1  4  F    .  HOH  A  354  .  ?        ?  
185  1  4  F    .  HOH  A  355  .  ?        ?  
186  1  4  F    .  HOH  A  356  .  ?        ?  
187  1  4  F    .  HOH  A  357  .  ?        ?  
188  1  4  F    .  HOH  A  358  .  ?        ?  
189  1  4  F    .  HOH  A  359  .  ?        ?  
190  1  4  F    .  HOH  A  360  .  ?        ?  
191  1  4  F    .  HOH  A  361  .  ?        ?  
192  1  4  F    .  HOH  A  362  .  ?        ?  
193  1  4  F    .  HOH  A  363  .  ?        ?  
194  1  4  F    .  HOH  A  364  .  ?        ?  
195  1  4  F    .  HOH  A  365  .  ?        ?  
196  1  4  F    .  HOH  A  366  .  ?        ?  
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220  1  4  F    .  HOH  A  390  .  ?        ?  
221  1  4  F    .  HOH  A  391  .  ?        ?  
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223  1  4  F    .  HOH  A  393  .  ?        ?  
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230  1  4  F    .  HOH  A  400  .  ?        ?  
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250  1  4  F    .  HOH  A  420  .  ?        ?  
251  1  4  F    .  HOH  A  421  .  ?        ?  
252  1  4  F    .  HOH  A  422  .  ?        ?  
253  1  4  F    .  HOH  A  423  .  ?        ?  
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255  1  4  F    .  HOH  A  425  .  ?        ?  
256  1  4  F    .  HOH  A  426  .  ?        ?  
257  1  4  F    .  HOH  A  427  .  ?        ?  
258  1  4  F    .  HOH  A  428  .  ?        ?  
259  1  4  F    .  HOH  A  429  .  ?        ?  
260  1  4  F    .  HOH  A  430  .  ?        ?  
261  1  4  F    .  HOH  A  431  .  ?        ?  
262  1  4  F    .  HOH  A  432  .  ?        ?  
263  1  4  F    .  HOH  A  433  .  ?        ?  
264  1  4  F    .  HOH  A  434  .  ?        ?  
265  1  4  F    .  HOH  A  435  .  ?        ?  
266  1  4  F    .  HOH  A  436  .  ?        ?  
267  1  4  F    .  HOH  A  437  .  ?        ?  
268  1  4  F    .  HOH  A  438  .  ?        2  
269  1  4  F    .  HOH  A  439  .  ?        ?  
270  1  4  F    .  HOH  A  440  .  ?        ?  
271  1  4  F    .  HOH  A  441  .  ?        ?  
272  1  4  F    .  HOH  A  442  .  ?        ?  
273  1  4  F    .  HOH  A  443  .  ?        ?  
274  1  4  F    .  HOH  A  444  .  ?        ?  
275  1  4  F    .  HOH  A  445  .  ?        ?  
276  1  4  F    .  HOH  A  446  .  ?        ?  
277  1  4  F    .  HOH  A  447  .  ?        ?  
278  1  4  F    .  HOH  A  448  .  ?        ?  
279  1  4  F    .  HOH  A  449  .  ?        ?  
280  1  4  F    .  HOH  A  450  .  ?        ?  
281  1  4  F    .  HOH  A  451  .  ?        ?  
282  1  4  F    .  HOH  A  452  .  ?        ?  
283  1  4  F    .  HOH  A  453  .  ?        ?  
284  1  4  F    .  HOH  A  454  .  ?        ?  
285  1  4  F    .  HOH  A  455  .  ?        ?  
286  1  4  F    .  HOH  A  456  .  ?        ?  
287  1  4  F    .  HOH  A  457  .  ?        ?  
288  1  4  F    .  HOH  A  458  .  ?        ?  
289  1  4  F    .  HOH  A  459  .  ?        ?  
290  1  4  F    .  HOH  A  460  .  ?        ?  
291  1  4  F    .  HOH  A  461  .  ?        ?  
292  1  4  F    .  HOH  A  462  .  ?        1  
293  1  4  F    .  HOH  A  463  .  ?        ?  
294  1  4  F    .  HOH  A  464  .  ?        ?  
295  1  4  F    .  HOH  A  465  .  ?        ?  
296  1  4  F    .  HOH  A  466  .  ?        ?  
297  1  4  F    .  HOH  A  467  .  ?        ?  
298  1  4  F    .  HOH  A  468  .  ?        ?  
299  1  4  F    .  HOH  A  469  .  ?        ?  
300  1  4  F    .  HOH  A  470  .  ?        ?  
301  1  4  F    .  HOH  A  471  .  ?        ?  
302  1  4  F    .  HOH  A  472  .  ?        ?  
303  1  4  F    .  HOH  A  473  .  ?        ?  
304  1  4  F    .  HOH  A  474  .  ?        ?  
305  1  4  F    .  HOH  A  475  .  ?        ?  
306  1  4  F    .  HOH  A  476  .  ?        ?  
307  1  4  F    .  HOH  A  477  .  ?        ?  
308  1  4  F    .  HOH  A  478  .  ?        ?  
309  1  4  F    .  HOH  A  479  .  ?        ?  
310  1  4  F    .  HOH  A  480  .  ?        ?  
311  1  4  F    .  HOH  A  481  .  ?        ?  
312  1  4  F    .  HOH  A  482  .  ?        ?  
313  1  4  F    .  HOH  A  483  .  ?        ?  
314  1  4  F    .  HOH  A  484  .  ?        ?  
315  1  4  F    .  HOH  A  485  .  ?        ?  
316  1  4  F    .  HOH  A  486  .  ?        ?  
317  1  4  F    .  HOH  A  487  .  ?        ?  
318  1  4  F    .  HOH  A  488  .  ?        ?  
319  1  4  F    .  HOH  A  489  .  ?        ?  
320  1  4  F    .  HOH  A  490  .  ?        ?  
321  1  4  F    .  HOH  A  491  .  ?        ?  
322  1  4  F    .  HOH  A  492  .  ?        ?  
323  1  4  F    .  HOH  A  493  .  ?        1  
324  1  4  F    .  HOH  A  494  .  ?        ?  
325  1  4  F    .  HOH  A  495  .  ?        ?  
326  1  4  F    .  HOH  A  496  .  ?        ?  
327  1  4  F    .  HOH  A  497  .  ?        ?  
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_pdbx_vrpt_software.version
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1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
3  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
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