data_1RNO

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  1RNO
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    1RNO
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         1995-11-08
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         5
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2019-08-14
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2024-06-16:11:00
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,mogul,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   N
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "RIBONUCLEASE A"  
2  non-polymer  "SULFATE ION"  
3  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  2  
D  3  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  x-ray  
2  1.9  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1   34.98  141614     ?     ?  
2  2  1   28.17    6847  1.90  1.90  
3  1  2  100.00  138981     ?     ?  
4  2  2  100.00    6760  1.90  1.90  
5  1  3   13.45  138945     ?     ?  
6  2  3    5.59    6760  1.90  1.90  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  100.00  
2  4  2  A  1  1  A  100.00  
3  5  3  A  1  1  A   13.45  
4  6  3  A  1  1  A    5.59  
#
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num    1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id        1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id    A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id     A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ      1.59
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ       0.81
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ   958
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ  1293
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       7.41
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     8.15
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   888
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 958
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.81
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                1293
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    1.59
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method           x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal              1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high  1.90
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low   8.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                0.17
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
  1  1  1  A    2  GLU  A    2  .  ?        ?     ?  
  2  1  1  A    3  THR  A    3  .  ?        ?     ?  
  3  1  1  A    4  ALA  A    4  .  ?        ?     ?  
  4  1  1  A    5  ALA  A    5  .  ?        ?     ?  
  5  1  1  A    6  ALA  A    6  .  ?        ?     ?  
  6  1  1  A    7  LYS  A    7  .  ?        ?     ?  
  7  1  1  A    8  PHE  A    8  .  ?        ?     ?  
  8  1  1  A    9  GLU  A    9  .  ?        ?     ?  
  9  1  1  A   10  ARG  A   10  .  ?        1     ?  
 10  1  1  A   11  GLN  A   11  .  ?        ?     ?  
 11  1  1  A   12  HIS  A   12  .  ?        ?     ?  
 12  1  1  A   13  MET  A   13  .  ?        ?     ?  
 13  1  1  A   14  ASP  A   14  .  ?        ?     ?  
 14  1  1  A   15  SER  A   15  .  ?        ?     ?  
 15  1  1  A   16  SER  A   16  .  ?        ?     ?  
 16  1  1  A   17  THR  A   17  .  ?        ?     ?  
 17  1  1  A   18  SER  A   18  .  ?        ?     ?  
 18  1  1  A   19  ALA  A   19  .  ?        ?     ?  
 19  1  1  A   20  ALA  A   20  .  ?        2     ?  
 20  1  1  A   21  SER  A   21  .  ?        ?     ?  
 21  1  1  A   22  SER  A   22  .  ?        ?     ?  
 22  1  1  A   23  SER  A   23  .  ?        ?     ?  
 23  1  1  A   24  ASN  A   24  .  ?        ?     ?  
 24  1  1  A   25  TYR  A   25  .  ?        ?     1  
 25  1  1  A   26  CYS  A   26  .  ?        ?     ?  
 26  1  1  A   27  ASN  A   27  .  ?        ?     3  
 27  1  1  A   28  GLN  A   28  .  ?        ?     ?  
 28  1  1  A   29  MET  A   29  .  ?        ?     1  
 29  1  1  A   30  MET  A   30  .  ?        ?     ?  
 30  1  1  A   31  LYS  A   31  .  ?        ?     ?  
 31  1  1  A   32  SER  A   32  .  ?        ?     ?  
 32  1  1  A   33  ARG  A   33  .  ?        ?     ?  
 33  1  1  A   34  ASN  A   34  .  ?        ?     1  
 34  1  1  A   35  LEU  A   35  .  ?        ?     ?  
 35  1  1  A   36  THR  A   36  .  ?        ?     ?  
 36  1  1  A   37  LYS  A   37  .  ?        ?     ?  
 37  1  1  A   38  ASP  A   38  .  ?        ?     ?  
 38  1  1  A   39  ARG  A   39  .  ?        1     ?  
 39  1  1  A   40  CYS  A   40  .  ?        ?     ?  
 40  1  1  A   41  LYS  A   41  .  ?        ?     ?  
 41  1  1  A   42  PRO  A   42  .  ?        ?     ?  
 42  1  1  A   43  VAL  A   43  .  ?        ?     ?  
 43  1  1  A   44  ASN  A   44  .  ?        ?     ?  
 44  1  1  A   45  THR  A   45  .  ?        ?     ?  
 45  1  1  A   46  PHE  A   46  .  ?        ?     ?  
 46  1  1  A   47  VAL  A   47  .  ?        ?     ?  
 47  1  1  A   48  HIS  A   48  .  ?        ?     ?  
 48  1  1  A   49  GLU  A   49  .  ?        ?     ?  
 49  1  1  A   50  SER  A   50  .  ?        ?     ?  
 50  1  1  A   51  LEU  A   51  .  ?        ?     ?  
 51  1  1  A   52  ALA  A   52  .  ?        ?     ?  
 52  1  1  A   53  ASP  A   53  .  ?        ?     ?  
 53  1  1  A   54  VAL  A   54  .  ?        ?     ?  
 54  1  1  A   55  GLN  A   55  .  ?        ?     ?  
 55  1  1  A   56  ALA  A   56  .  ?        ?     ?  
 56  1  1  A   57  VAL  A   57  .  ?        ?     ?  
 57  1  1  A   58  CYS  A   58  .  ?        ?     ?  
 58  1  1  A   59  SER  A   59  .  ?        ?     ?  
 59  1  1  A   60  GLN  A   60  .  ?        ?     ?  
 60  1  1  A   61  LYS  A   61  .  ?        ?     1  
 61  1  1  A   62  ASN  A   62  .  ?        ?     ?  
 62  1  1  A   63  VAL  A   63  .  ?        ?     ?  
 63  1  1  A   64  ALA  A   64  .  ?        ?     ?  
 64  1  1  A   65  CYS  A   65  .  ?        ?     ?  
 65  1  1  A   66  LYS  A   66  .  ?        ?     ?  
 66  1  1  A   67  ASN  A   67  .  ?        ?     1  
 67  1  1  A   68  GLY  A   68  .  ?        ?     ?  
 68  1  1  A   69  GLN  A   69  .  ?        1     2  
 69  1  1  A   70  THR  A   70  .  ?        ?     ?  
 70  1  1  A   71  ASN  A   71  .  ?        ?     3  
 71  1  1  A   72  CYS  A   72  .  ?        ?     ?  
 72  1  1  A   73  TYR  A   73  .  ?        ?     1  
 73  1  1  A   74  GLN  A   74  .  ?        ?     ?  
 74  1  1  A   75  SER  A   75  .  ?        ?     ?  
 75  1  1  A   76  TYR  A   76  .  ?        ?     ?  
 76  1  1  A   77  SER  A   77  .  ?        ?     ?  
 77  1  1  A   78  THR  A   78  .  ?        ?     ?  
 78  1  1  A   79  MET  A   79  .  ?        ?     ?  
 79  1  1  A   80  SER  A   80  .  ?        ?     ?  
 80  1  1  A   81  ILE  A   81  .  ?        ?     ?  
 81  1  1  A   82  THR  A   82  .  ?        ?     ?  
 82  1  1  A   83  ASP  A   83  .  ?        ?     ?  
 83  1  1  A   84  CYS  A   84  .  ?        ?     ?  
 84  1  1  A   85  ARG  A   85  .  ?        2     ?  
 85  1  1  A   86  GLU  A   86  .  ?        ?     2  
 86  1  1  A   87  THR  A   87  .  ?        ?     ?  
 87  1  1  A   88  GLY  A   88  .  ?        ?     ?  
 88  1  1  A   89  SER  A   89  .  ?        ?     ?  
 89  1  1  A   90  SER  A   90  .  ?        ?     2  
 90  1  1  A   91  LYS  A   91  .  ?        ?     ?  
 91  1  1  A   92  TYR  A   92  .  ?        ?     2  
 92  1  1  A   93  PRO  A   93  .  ?        ?     2  
 93  1  1  A   94  ASN  A   94  .  ?        ?     ?  
 94  1  1  A   95  CYS  A   95  .  ?        ?     ?  
 95  1  1  A   96  ALA  A   96  .  ?        ?     ?  
 96  1  1  A   97  TYR  A   97  .  ?        ?     3  
 97  1  1  A   98  LYS  A   98  .  ?        ?     ?  
 98  1  1  A   99  THR  A   99  .  ?        ?     ?  
 99  1  1  A  100  THR  A  100  .  ?        ?     ?  
100  1  1  A  101  GLN  A  101  .  ?        ?     ?  
101  1  1  A  102  ALA  A  102  .  ?        ?     ?  
102  1  1  A  103  ASN  A  103  .  ?        1     ?  
103  1  1  A  104  LYS  A  104  .  ?        ?     ?  
104  1  1  A  105  HIS  A  105  .  ?        ?     ?  
105  1  1  A  106  ILE  A  106  .  ?        ?     ?  
106  1  1  A  107  ILE  A  107  .  ?        ?     1  
107  1  1  A  108  VAL  A  108  .  ?        ?     ?  
108  1  1  A  109  ALA  A  109  .  ?        ?     ?  
109  1  1  A  110  CYS  A  110  .  ?        ?     ?  
110  1  1  A  111  GLU  A  111  .  ?        ?     ?  
111  1  1  A  112  GLY  A  112  .  ?        ?     ?  
112  1  1  A  113  ASN  A  113  .  ?        ?     ?  
113  1  1  A  114  PRO  A  114  .  ?        ?     ?  
114  1  1  A  115  TYR  A  115  .  ?        ?     ?  
115  1  1  A  116  VAL  A  116  .  ?        ?     1  
116  1  1  A  117  PRO  A  117  .  ?        ?     1  
117  1  1  A  118  VAL  A  118  .  ?        ?     ?  
118  1  1  A  119  HIS  A  119  .  ?        ?     ?  
119  1  1  A  120  PHE  A  120  .  ?        ?     ?  
120  1  1  A  121  ASP  A  121  .  ?        ?     ?  
121  1  1  A  122  ALA  A  122  .  ?        ?     ?  
122  1  1  A  123  SER  A  123  .  ?        ?     ?  
123  1  1  A  124  VAL  A  124  .  ?        ?     1  
124  1  2  B    .  SO4  A  125  .  ?        ?     ?  
125  1  2  C    .  SO4  A  126  .  ?        ?     ?  
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127  1  3  D    .  HOH  A  202  .  ?        ?     ?  
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122  122  p        -127.7   146.5  Favored     ?  ?        5   6  0.95   8  2.16  molprobity  
123  123  OUTLIER       ?       ?  ?           ?  ?        9   7  1.00   7  1.55  molprobity  
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#
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26  106  HD11  14  0.44  2.47  
27  115  HB    15  0.41  2.50  
28  116  CD    15  0.41  2.50  
29  123  CG2   14  0.44  2.47  
30  179  O      5  0.45  2.17  
#
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_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.atom_3
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_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.Z
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.link
1    9  NE  CZ  NH1  124.018  120.300  0.500   7.44  ?     
2   19  C   N   CA   139.792  121.700  2.500   7.24  Y     
3   19  N   CA  CB   117.552  110.100  1.400   5.32  ?     
4   38  CD  NE  CZ   131.702  123.600  1.400   5.79  ?     
5   68  CB  CA  C     99.803  110.400  2.000  -5.30  ?     
6   84  NE  CZ  NH1  123.536  120.300  0.500   6.47  ?     
7   84  NE  CZ  NH2  115.754  120.300  0.500  -9.09  ?     
8  102  N   CA  CB   122.120  110.600  1.800   6.40  ?     
#
loop_
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_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  mogul        "2022.3.0, CSD as543be (2022)"                                        Y  
3  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
##
