data_1RDE

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  1RDE
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_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   nmr
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_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    1RDE
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2003-11-05
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_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2022-03-02
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2022-02-19:23:39
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,coreclust,chemicalshifts,percentiles,writepdf,writexml,writecif
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   N
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_pdbx_vrpt_entity.id           1
_pdbx_vrpt_entity.type         polymer
_pdbx_vrpt_entity.description  "Thrombin-binding DNA aptamer"
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_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id  A
_pdbx_vrpt_asym.entity_id      1
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  pdb    
2  nmr  x-ray  
#
_pdbx_vrpt_percentile_type.id    1
_pdbx_vrpt_percentile_type.type  all_atom_clashscore
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
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_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1   2.59  158937  ?     ?     
2  2  1  13.57   12864  ?     ?     
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
 1   1  1  A  A  0.76  0.38  353  547  
 2   2  1  A  A  0.74  0.40  353  547  
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 7   7  1  A  A  0.77  0.40  353  547  
 8   8  1  A  A  0.74  0.39  353  547  
 9   9  1  A  A  0.77  0.37  353  547  
10  10  1  A  A  0.74  0.36  353  547  
11  11  1  A  A  0.76  0.40  353  547  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                 1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore              45.83
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore_full_length  45.83
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_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ              0.39
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ         6017
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ             0.75
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
  1   1  1  A   1  DG  A   1  .  ?        ?     2  
  2   1  1  A   2  DG  A   2  .  ?        ?     ?  
  3   1  1  A   3  DT  A   3  .  ?        ?     ?  
  4   1  1  A   4  DT  A   4  .  ?        ?     ?  
  5   1  1  A   5  DG  A   5  .  ?        ?     2  
  6   1  1  A   6  DG  A   6  .  ?        ?     5  
  7   1  1  A   7  DT  A   7  .  ?        ?     3  
  8   1  1  A   8  DG  A   8  .  ?        ?     9  
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 10   1  1  A  10  DG  A  10  .  ?        ?     6  
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 12   1  1  A  12  DT  A  12  .  ?        ?     2  
 13   1  1  A  13  DT  A  13  .  ?        ?     1  
 14   1  1  A  14  DG  A  14  .  ?        ?     1  
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 16   2  1  A   1  DG  A   1  .  ?        ?     2  
 17   2  1  A   2  DG  A   2  .  ?        ?     1  
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 19   2  1  A   4  DT  A   4  .  ?        ?     1  
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 25   2  1  A  10  DG  A  10  .  ?        ?    10  
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 27   2  1  A  12  DT  A  12  .  ?        ?     2  
 28   2  1  A  13  DT  A  13  .  ?        ?     3  
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 33   3  1  A   3  DT  A   3  .  ?        ?     ?  
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 36   3  1  A   6  DG  A   6  .  ?        ?     5  
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 50   4  1  A   5  DG  A   5  .  ?        ?     2  
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 64   5  1  A   4  DT  A   4  .  ?        ?     ?  
 65   5  1  A   5  DG  A   5  .  ?        ?     3  
 66   5  1  A   6  DG  A   6  .  ?        ?    10  
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 88   6  1  A  13  DT  A  13  .  ?        ?     3  
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 91   7  1  A   1  DG  A   1  .  ?        ?     6  
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 98   7  1  A   8  DG  A   8  .  ?        ?     7  
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100   7  1  A  10  DG  A  10  .  ?        ?     7  
101   7  1  A  11  DG  A  11  .  ?        ?     2  
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103   7  1  A  13  DT  A  13  .  ?        ?     2  
104   7  1  A  14  DG  A  14  .  ?        ?     5  
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106   8  1  A   1  DG  A   1  .  ?        ?     2  
107   8  1  A   2  DG  A   2  .  ?        ?     ?  
108   8  1  A   3  DT  A   3  .  ?        ?     ?  
109   8  1  A   4  DT  A   4  .  ?        ?     ?  
110   8  1  A   5  DG  A   5  .  ?        ?     2  
111   8  1  A   6  DG  A   6  .  ?        ?     6  
112   8  1  A   7  DT  A   7  .  ?        ?     6  
113   8  1  A   8  DG  A   8  .  ?        ?     8  
114   8  1  A   9  DT  A   9  .  ?        ?     3  
115   8  1  A  10  DG  A  10  .  ?        ?     6  
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123   9  1  A   3  DT  A   3  .  ?        ?     ?  
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220   72  "H3'"   109  0.42  1.92  
221   73  "O5'"   110  0.63  1.92  
222   73  "O5'"   111  0.48  2.61  
223   76  "H2'"   112  0.53  2.18  
224   76  N3      112  0.53  2.18  
225   79  "H2''"  113  0.42  2.13  
226   80  "O5'"   113  0.42  2.13  
227   81  C4      114  0.48  3.02  
228   81  C4      115  0.43  2.87  
229   81  "C4'"   116  0.47  2.62  
230   81  C8      117  0.46  2.84  
231   81  N9      118  0.45  2.65  
232   81  N2      119  0.44  2.51  
233   82  "H1'"   120  0.49  2.06  
234   82  OP1     116  0.47  2.62  
235   83  OP1     120  0.49  2.06  
236   83  C8      114  0.48  3.02  
237   83  N7      117  0.46  2.84  
238   83  N7      118  0.45  2.65  
239   83  N7      115  0.43  2.87  
240   83  "H4'"   121  0.44  2.11  
241   83  "O5'"   119  0.44  2.51  
242   84  "H4'"   122  0.80  1.75  
243   84  "H4'"   123  0.61  2.24  
244   84  "O5'"   121  0.44  2.11  
245   85  "O5'"   122  0.80  1.75  
246   85  "H2'"   124  0.65  2.07  
247   85  N3      124  0.65  2.07  
248   85  "C5'"   123  0.61  2.24  
249   85  "H2''"  125  0.42  2.15  
250   86  "O5'"   125  0.42  2.15  
251   86  "C2'"   126  0.41  2.45  
252   86  N7      127  0.41  2.30  
253   86  C8      128  0.41  2.74  
254   87  "H2''"  129  0.54  2.02  
255   87  "H3'"   126  0.41  2.45  
256   88  "O5'"   129  0.54  2.02  
257   88  "O5'"   128  0.41  2.74  
258   88  "H5''"  127  0.41  2.30  
259   89  "H2''"  130  0.52  2.05  
260   89  "H2''"  131  0.51  2.35  
261   89  "H2''"  132  0.46  1.88  
262   89  "H2''"  133  0.44  2.12  
263   89  "C2'"   134  0.42  2.44  
264   90  "O4'"   130  0.52  2.05  
265   90  "C5'"   131  0.51  2.35  
266   90  "H5''"  132  0.46  1.88  
267   90  "H5''"  134  0.42  2.44  
268   90  "H4'"   135  0.46  2.11  
269   90  OP1     135  0.46  2.11  
270   90  OP1     133  0.44  2.12  
271   91  "H2'"   136  0.57  2.14  
272   91  N3      136  0.57  2.14  
273   91  "C2'"   137  0.53  2.57  
274   91  "H1'"   138  0.51  2.05  
275   91  "H2''"  139  0.44  2.12  
276   91  "C1'"   140  0.44  2.66  
277   92  "O5'"   137  0.53  2.57  
278   92  "O5'"   138  0.51  2.05  
279   92  "O5'"   139  0.44  2.12  
280   92  "O5'"   140  0.44  2.66  
281   96  N2      141  0.50  2.44  
282   96  N9      142  0.47  2.62  
283   96  "C4'"   143  0.47  2.63  
284   96  C4      144  0.46  2.84  
285   96  C4      145  0.44  3.05  
286   96  C8      146  0.43  3.07  
287   97  "H1'"   147  0.52  2.05  
288   97  OP1     143  0.47  2.63  
289   97  "C1'"   148  0.40  2.70  
290   98  OP1     147  0.52  2.05  
291   98  OP1     148  0.40  2.70  
292   98  "O5'"   141  0.50  2.44  
293   98  N7      142  0.47  2.62  
294   98  N7      144  0.46  2.84  
295   98  C8      145  0.44  3.05  
296   98  C6      146  0.43  3.07  
297   99  "H4'"   149  0.78  1.79  
298   99  "H4'"   150  0.67  2.20  
299   99  "H4'"   151  0.48  1.84  
300  100  "O5'"   149  0.78  1.79  
301  100  "C5'"   150  0.67  2.20  
302  100  "H5''"  151  0.48  1.84  
303  100  "H2'"   152  0.45  2.25  
304  100  N3      152  0.45  2.25  
305  100  "C1'"   153  0.43  3.06  
306  100  "H1'"   154  0.42  2.14  
307  101  P       153  0.43  3.06  
308  101  "O5'"   154  0.42  2.14  
309  102  "H2''"  155  0.62  1.94  
310  103  "O5'"   155  0.62  1.94  
311  103  "H5'"   156  0.51  2.21  
312  104  N2      156  0.51  2.21  
313  104  N3      157  0.41  2.29  
314  104  N3      158  0.41  2.31  
315  104  "H2'"   157  0.41  2.29  
316  104  "H5''"  158  0.41  2.31  
317  106  "H2'"   159  0.65  2.05  
318  106  N3      159  0.65  2.05  
319  110  "H2'"   160  0.70  1.99  
320  110  N3      160  0.70  1.99  
321  111  C8      161  0.61  2.88  
322  111  C8      162  0.48  3.02  
323  111  "C4'"   163  0.53  2.57  
324  111  "H4'"   164  0.50  2.06  
325  111  N2      165  0.48  2.46  
326  111  "C1'"   166  0.44  2.81  
327  112  "H2''"  167  0.57  2.00  
328  112  "H1'"   168  0.56  2.00  
329  112  "C2'"   169  0.54  2.55  
330  112  "O5'"   163  0.53  2.57  
331  112  "O5'"   164  0.50  2.06  
332  112  "C1'"   170  0.43  2.67  
333  113  C6      161  0.61  2.88  
334  113  OP1     167  0.57  2.00  
335  113  OP1     168  0.56  2.00  
336  113  OP1     169  0.54  2.55  
337  113  OP1     170  0.43  2.67  
338  113  "O5'"   165  0.48  2.46  
339  113  C5      162  0.48  3.02  
340  113  N7      166  0.44  2.81  
341  114  "H4'"   171  0.74  1.79  
342  114  "H4'"   172  0.65  2.21  
343  114  "H4'"   173  0.48  1.85  
344  115  "O5'"   171  0.74  1.79  
345  115  "C5'"   172  0.65  2.21  
346  115  "H2'"   174  0.55  2.15  
347  115  N3      174  0.55  2.15  
348  115  "H1'"   175  0.54  1.79  
349  115  "H5''"  173  0.48  1.85  
350  116  "H5'"   175  0.54  1.79  
351  116  N7      176  0.51  2.20  
352  116  "C2'"   177  0.46  2.41  
353  116  C8      178  0.45  2.47  
354  117  "H3'"   177  0.46  2.41  
355  118  "H5''"  176  0.51  2.20  
356  118  "H5''"  178  0.45  2.47  
357  118  "H5'"   179  0.41  2.30  
358  119  "H2''"  180  0.44  2.12  
359  119  "H2''"  181  0.42  1.92  
360  119  "H2''"  182  0.41  2.44  
361  119  N2      179  0.41  2.30  
362  120  OP1     180  0.44  2.12  
363  120  OP1     183  0.44  2.65  
364  120  "C4'"   183  0.44  2.65  
365  120  "H5''"  181  0.42  1.92  
366  120  "C5'"   182  0.41  2.44  
367  121  N3      184  0.58  2.13  
368  121  "H2'"   184  0.58  2.13  
369  125  N3      185  0.74  1.96  
370  125  N3      186  0.47  2.76  
371  125  "H2'"   185  0.74  1.96  
372  125  "C2'"   186  0.47  2.76  
373  126  C8      187  0.62  2.88  
374  126  C8      188  0.47  3.03  
375  126  N2      189  0.55  2.40  
376  126  "H4'"   190  0.41  2.15  
377  127  "O5'"   190  0.41  2.15  
378  128  C6      187  0.62  2.88  
379  128  "O5'"   189  0.55  2.40  
380  128  C5      188  0.47  3.03  
381  129  "H4'"   191  0.61  2.26  
382  129  "H4'"   192  0.45  1.87  
383  129  "C5'"   193  0.48  2.38  
384  130  "H1'"   194  0.70  1.86  
385  130  "C5'"   191  0.61  2.26  
386  130  "C1'"   195  0.49  2.59  
387  130  "C1'"   196  0.45  3.05  
388  130  "H5''"  193  0.48  2.38  
389  130  "H5''"  197  0.45  2.25  
390  130  "H5''"  192  0.45  1.87  
391  130  N3      197  0.45  2.25  
392  130  "C2'"   198  0.45  2.65  
393  131  "O5'"   194  0.70  1.86  
394  131  "O5'"   195  0.49  2.59  
395  131  "O5'"   198  0.45  2.65  
396  131  P       196  0.45  3.05  
397  132  "H2''"  199  0.56  1.99  
398  133  "O5'"   199  0.56  1.99  
399  133  "H5'"   200  0.43  2.28  
400  134  N3      201  0.46  2.25  
401  134  "H2'"   201  0.46  2.25  
402  134  N2      200  0.43  2.28  
403  136  N3      202  0.51  2.18  
404  136  N3      203  0.42  2.30  
405  136  "H2'"   202  0.51  2.18  
406  136  "H5'"   203  0.42  2.30  
407  140  N3      204  0.69  2.01  
408  140  "H2'"   204  0.69  2.01  
409  141  C8      205  0.61  2.88  
410  141  C8      206  0.54  2.96  
411  141  "H4'"   207  0.58  1.98  
412  141  "C4'"   208  0.46  2.64  
413  141  N2      209  0.44  2.50  
414  142  "O5'"   207  0.58  1.98  
415  142  "O5'"   208  0.46  2.64  
416  143  "H5'"   210  0.62  2.09  
417  143  "H5'"   211  0.45  2.47  
418  143  C6      205  0.61  2.88  
419  143  C5      206  0.54  2.96  
420  143  "O5'"   209  0.44  2.50  
421  143  "H4'"   212  0.41  2.15  
422  144  "H4'"   213  0.92  1.63  
423  144  "O5'"   212  0.41  2.15  
424  145  "O5'"   213  0.92  1.63  
425  145  N7      210  0.62  2.09  
426  145  "H2'"   214  0.56  2.16  
427  145  N3      214  0.56  2.16  
428  145  "H2''"  215  0.47  2.08  
429  145  C8      211  0.45  2.47  
430  146  "O5'"   215  0.47  2.08  
431  146  "C2'"   216  0.41  2.45  
432  147  "H2''"  217  0.59  1.97  
433  147  "H3'"   216  0.41  2.45  
434  148  "O5'"   217  0.59  1.97  
435  149  "H2''"  218  0.51  2.05  
436  150  "O5'"   218  0.51  2.05  
437  151  "H2'"   219  0.68  2.02  
438  151  N3      219  0.68  2.02  
439  155  "H2'"   220  0.55  2.17  
440  155  N3      220  0.55  2.17  
441  156  "C1'"   221  0.53  2.72  
442  156  C8      222  0.46  3.03  
443  156  C8      223  0.45  3.04  
444  156  N9      224  0.45  2.64  
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