data_1QBS

_audit_conform.dict_name      mmcif_pdbx_vrpt.dic
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_audit_conform.dict_location  https://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx_vrpt.dic
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_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  1QBS
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_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
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_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    1QBS
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         1997-04-25
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_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2024-11-20
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2024-11-09:23:24
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,mogul,buster-report,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   Y
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loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "HIV-1 PROTEASE"  
2  non-polymer  "[4-R-(-4-ALPHA,5-ALPHA,6-BETA,7-BETA)]-HEXAHYDRO-5,6-BIS(HYDROXY)-[1,3-BIS([4-HYDROXYMETHYL-PHENYL]METHYL)-4,7-BIS(PHEN YLMETHYL)]-2H-1,3-DIAZEPINONE"  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  1  
C  2  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  x-ray  
2  1.8  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1   41.32  180529     ?     ?  
2  2  1   31.90    8162  1.80  1.80  
3  1  2  100.00  177936     ?     ?  
4  2  2  100.00    8077  1.80  1.80  
5  1  3    2.47  177891     ?     ?  
6  2  3    0.37    8076  1.80  1.80  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  100.00  
2  4  2  A  1  1  A  100.00  
3  5  3  A  1  1  A    1.74  
4  6  3  A  1  1  A    0.20  
5  3  2  B  1  1  B  100.00  
6  4  2  B  1  1  B  100.00  
7  5  3  B  1  1  B    3.61  
8  6  3  B  1  1  B    0.72  
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
1  1  1  A  A  1.60  0.98  762  1030  
2  1  1  B  B  1.53  0.96  762  1030  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       14.20
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     6.25
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   1644
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 1524
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.97
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                2060
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    1.56
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method           x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal              1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high  1.80
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                0.1890
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_plane_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
  1  1  1  A   1  PRO  A    1  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
  2  1  1  A   2  GLN  A    2  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
  3  1  1  A   3  VAL  A    3  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
  4  1  1  A   4  THR  A    4  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
  5  1  1  A   5  LEU  A    5  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
  6  1  1  A   6  TRP  A    6  .  ?        1     ?     ?     ?     ?     ?  
  7  1  1  A   7  GLN  A    7  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
  8  1  1  A   8  ARG  A    8  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
  9  1  1  A   9  PRO  A    9  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 10  1  1  A  10  LEU  A   10  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 11  1  1  A  11  VAL  A   11  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 12  1  1  A  12  THR  A   12  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 13  1  1  A  13  ILE  A   13  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 14  1  1  A  14  LYS  A   14  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 15  1  1  A  15  ILE  A   15  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 16  1  1  A  16  GLY  A   16  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 17  1  1  A  17  GLY  A   17  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 18  1  1  A  18  GLN  A   18  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 19  1  1  A  19  LEU  A   19  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 20  1  1  A  20  LYS  A   20  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 21  1  1  A  21  GLU  A   21  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 22  1  1  A  22  ALA  A   22  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 23  1  1  A  23  LEU  A   23  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 24  1  1  A  24  LEU  A   24  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 25  1  1  A  25  ASP  A   25  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 26  1  1  A  26  THR  A   26  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 27  1  1  A  27  GLY  A   27  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 28  1  1  A  28  ALA  A   28  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 29  1  1  A  29  ASP  A   29  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 30  1  1  A  30  ASP  A   30  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 31  1  1  A  31  THR  A   31  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 32  1  1  A  32  VAL  A   32  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 33  1  1  A  33  LEU  A   33  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 34  1  1  A  34  GLU  A   34  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 35  1  1  A  35  GLU  A   35  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 36  1  1  A  36  MET  A   36  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 37  1  1  A  37  SER  A   37  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 38  1  1  A  38  LEU  A   38  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 39  1  1  A  39  PRO  A   39  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 40  1  1  A  40  GLY  A   40  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 41  1  1  A  41  ARG  A   41  .  ?        ?     2     ?     ?     ?     ?  
 42  1  1  A  42  TRP  A   42  .  ?        1     ?     ?     ?     ?     ?  
 43  1  1  A  43  LYS  A   43  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 44  1  1  A  44  PRO  A   44  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 45  1  1  A  45  LYS  A   45  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
 46  1  1  A  46  MET  A   46  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 47  1  1  A  47  ILE  A   47  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 48  1  1  A  48  GLY  A   48  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 49  1  1  A  49  GLY  A   49  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 50  1  1  A  50  ILE  A   50  .  ?        ?     ?     2     ?     ?     ?  
 51  1  1  A  51  GLY  A   51  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 52  1  1  A  52  GLY  A   52  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 53  1  1  A  53  PHE  A   53  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 54  1  1  A  54  ILE  A   54  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 55  1  1  A  55  LYS  A   55  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 56  1  1  A  56  VAL  A   56  .  ?        ?     1     3     ?     ?     ?  
 57  1  1  A  57  ARG  A   57  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 58  1  1  A  58  GLN  A   58  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 59  1  1  A  59  TYR  A   59  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
 60  1  1  A  60  ASP  A   60  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 61  1  1  A  61  GLN  A   61  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 62  1  1  A  62  ILE  A   62  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
 63  1  1  A  63  LEU  A   63  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
 64  1  1  A  64  ILE  A   64  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 65  1  1  A  65  GLU  A   65  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 66  1  1  A  66  ILE  A   66  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 67  1  1  A  67  CSO  A   67  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     1  
 68  1  1  A  68  GLY  A   68  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 69  1  1  A  69  HIS  A   69  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 70  1  1  A  70  LYS  A   70  .  ?        ?     1     1     ?     ?     ?  
 71  1  1  A  71  ALA  A   71  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 72  1  1  A  72  ILE  A   72  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 73  1  1  A  73  GLY  A   73  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 74  1  1  A  74  THR  A   74  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 75  1  1  A  75  VAL  A   75  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 76  1  1  A  76  LEU  A   76  .  ?        ?     ?     2     ?     ?     ?  
 77  1  1  A  77  VAL  A   77  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 78  1  1  A  78  GLY  A   78  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 79  1  1  A  79  PRO  A   79  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 80  1  1  A  80  THR  A   80  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 81  1  1  A  81  PRO  A   81  .  ?        ?     ?     2     ?     ?     ?  
 82  1  1  A  82  VAL  A   82  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 83  1  1  A  83  ASN  A   83  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 84  1  1  A  84  ILE  A   84  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 85  1  1  A  85  ILE  A   85  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 86  1  1  A  86  GLY  A   86  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 87  1  1  A  87  ARG  A   87  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 88  1  1  A  88  ASN  A   88  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 89  1  1  A  89  LEU  A   89  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 90  1  1  A  90  LEU  A   90  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 91  1  1  A  91  THR  A   91  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 92  1  1  A  92  GLN  A   92  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 93  1  1  A  93  ILE  A   93  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 94  1  1  A  94  GLY  A   94  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 95  1  1  A  95  ALA  A   95  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 96  1  1  A  96  THR  A   96  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 97  1  1  A  97  LEU  A   97  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
 98  1  1  A  98  ASN  A   98  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
 99  1  1  A  99  PHE  A   99  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
100  1  1  B   1  PRO  B    1  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
101  1  1  B   2  GLN  B    2  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
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103  1  1  B   4  THR  B    4  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
104  1  1  B   5  LEU  B    5  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
105  1  1  B   6  TRP  B    6  .  ?        1     ?     ?     ?     ?     ?  
106  1  1  B   7  GLN  B    7  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
107  1  1  B   8  ARG  B    8  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
108  1  1  B   9  PRO  B    9  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
109  1  1  B  10  LEU  B   10  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
110  1  1  B  11  VAL  B   11  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
111  1  1  B  12  THR  B   12  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
112  1  1  B  13  ILE  B   13  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
113  1  1  B  14  LYS  B   14  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
114  1  1  B  15  ILE  B   15  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
115  1  1  B  16  GLY  B   16  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
116  1  1  B  17  GLY  B   17  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
117  1  1  B  18  GLN  B   18  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
118  1  1  B  19  LEU  B   19  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
119  1  1  B  20  LYS  B   20  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
120  1  1  B  21  GLU  B   21  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
121  1  1  B  22  ALA  B   22  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
122  1  1  B  23  LEU  B   23  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
123  1  1  B  24  LEU  B   24  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
124  1  1  B  25  ASP  B   25  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
125  1  1  B  26  THR  B   26  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
126  1  1  B  27  GLY  B   27  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
127  1  1  B  28  ALA  B   28  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
128  1  1  B  29  ASP  B   29  .  ?        ?     1     ?     ?     ?     ?  
129  1  1  B  30  ASP  B   30  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
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133  1  1  B  34  GLU  B   34  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
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138  1  1  B  39  PRO  B   39  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
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140  1  1  B  41  ARG  B   41  .  ?        ?     ?     ?     1     ?     ?  
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144  1  1  B  45  LYS  B   45  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
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146  1  1  B  47  ILE  B   47  .  ?        ?     ?     2     ?     ?     ?  
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161  1  1  B  62  ILE  B   62  .  ?        ?     ?     1     ?     ?     ?  
162  1  1  B  63  LEU  B   63  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
163  1  1  B  64  ILE  B   64  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
164  1  1  B  65  GLU  B   65  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
165  1  1  B  66  ILE  B   66  .  ?        ?     ?     2     1     ?     ?  
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192  1  1  B  93  ILE  B   93  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
193  1  1  B  94  GLY  B   94  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?     ?  
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103  103  p         -75.9   172.0  Favored     ?   7   7  0.93  10  1.11  molprobity  
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109  109  mt       -102.6   147.6  Favored     ?  11   8  0.73  11  1.48  molprobity  
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 3   41  CA  CB  CG   130.313  113.400  2.200    7.69  
 4   41  CB  CG  CD   127.349  111.600  2.600    6.06  
 5   56  N   CA  CB    99.996  111.500  2.200   -5.23  
 6   70  N   CA  CB   101.106  110.600  1.800   -5.27  
 7   87  NE  CZ  NH2  114.603  120.300  0.500  -11.39  
 8   98  CB  CA  C    100.086  110.400  2.000   -5.16  
 9  107  NE  CZ  NH2  117.774  120.300  0.500   -5.05  
10  124  N   CA  CB   101.553  110.600  1.800   -5.03  
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12  135  CG  SD  CE    88.518  100.200  1.600   -7.30  
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14  156  NE  CZ  NH1  124.819  120.300  0.500    9.04  
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16  186  NE  CZ  NH1  123.347  120.300  0.500    6.09  
#
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1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  mogul        "2022.3.0, CSD as543be (2022)"                                        Y  
3  percentiles  "20231227.v01 (using entries in the PDB archive December 27th 2023)"  Y  
##
