data_1IJ2

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  1IJ2
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    1IJ2
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2001-04-24
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         4
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2021-10-27
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2021-10-17:06:52
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,mogul,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   N
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4"  
2  non-polymer  "CADMIUM ION"  
3  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  1  
C  1  
D  2  
E  2  
F  2  
G  3  
H  3  
I  3  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  x-ray  
2  1.7  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1    5.55  141614     ?     ?  
2  2  1    1.11    4695  1.70  1.70  
3  1  2  100.00  138981     ?     ?  
4  2  2  100.00    4610  1.70  1.70  
5  1  3   15.53  138945     ?     ?  
6  2  3    3.67    4610  1.70  1.70  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
 1  3  2  A  1  1  A  100.00  
 2  4  2  A  1  1  A  100.00  
 3  5  3  A  1  1  A   15.17  
 4  6  3  A  1  1  A    3.51  
 5  3  2  B  1  1  B  100.00  
 6  4  2  B  1  1  B  100.00  
 7  5  3  B  1  1  B   15.93  
 8  6  3  B  1  1  B    3.90  
 9  3  2  C  1  1  C  100.00  
10  4  2  C  1  1  C  100.00  
11  5  3  C  1  1  C   15.93  
12  6  3  C  1  1  C    3.90  
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
1  1  1  A  A  0.85  0.65   256   340  
2  1  1  B  B  0.81  0.73   269   357  
3  1  1  C  C  0.78  0.70   267   355  
4  1  2  D  A     ?     ?     ?     ?  
5  1  2  E  B     ?     ?     ?     ?  
6  1  2  F  C     ?     ?     ?     ?  
7  1  3  G  A     ?     ?     ?     ?  
8  1  3  H  B     ?     ?     ?     ?  
9  1  3  I  C     ?     ?     ?     ?  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       6.82
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     25.45
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   849
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 792
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.70
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                1052
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    0.81
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method           x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal              1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high  1.70
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low   20.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                0.24
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree            0.28
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
  1  1  1  A   1  ACE  A    0  .  ?        ?     1  
  2  1  1  A   2  ARG  A    1  .  ?        ?     ?  
  3  1  1  A   3  MET  A    2  .  ?        1     6  
  4  1  1  A   4  LYS  A    3  .  ?        ?     ?  
  5  1  1  A   5  GLN  A    4  .  ?        ?     1  
  6  1  1  A   6  LEU  A    5  .  ?        ?     2  
  7  1  1  A   7  GLU  A    6  .  ?        ?     ?  
  8  1  1  A   8  ASP  A    7  .  ?        ?     3  
  9  1  1  A   9  LYS  A    8  .  ?        ?     ?  
 10  1  1  A  10  VAL  A    9  .  ?        ?     ?  
 11  1  1  A  11  GLU  A   10  .  ?        ?     ?  
 12  1  1  A  12  GLU  A   11  .  ?        ?     1  
 13  1  1  A  13  LEU  A   12  .  ?        ?     1  
 14  1  1  A  14  LEU  A   13  .  ?        ?     ?  
 15  1  1  A  15  SER  A   14  .  ?        ?     ?  
 16  1  1  A  16  LYS  A   15  .  ?        ?     1  
 17  1  1  A  17  THR  A   16  .  ?        ?     1  
 18  1  1  A  18  TYR  A   17  .  ?        ?     ?  
 19  1  1  A  19  HIS  A   18  .  ?        ?     1  
 20  1  1  A  20  LEU  A   19  .  ?        ?     2  
 21  1  1  A  21  GLU  A   20  .  ?        ?     ?  
 22  1  1  A  22  ASN  A   21  .  ?        ?     ?  
 23  1  1  A  23  GLU  A   22  .  ?        ?     ?  
 24  1  1  A  24  VAL  A   23  .  ?        ?     ?  
 25  1  1  A  25  ALA  A   24  .  ?        ?     1  
 26  1  1  A  26  ARG  A   25  .  ?        ?     2  
 27  1  1  A  27  LEU  A   26  .  ?        ?     ?  
 28  1  1  A  28  LYS  A   27  .  ?        ?     ?  
 29  1  1  A  29  LYS  A   28  .  ?        ?     2  
 30  1  1  A  30  LEU  A   29  .  ?        ?     2  
 31  1  1  A  31  VAL  A   30  .  ?        ?     1  
 32  1  1  B   1  ACE  B    0  .  ?        ?     ?  
 33  1  1  B   2  ARG  B    1  .  ?        ?     ?  
 34  1  1  B   3  MET  B    2  .  ?        ?     2  
 35  1  1  B   4  LYS  B    3  .  ?        ?     ?  
 36  1  1  B   5  GLN  B    4  .  ?        ?     ?  
 37  1  1  B   6  LEU  B    5  .  ?        ?     3  
 38  1  1  B   7  GLU  B    6  .  ?        ?     1  
 39  1  1  B   8  ASP  B    7  .  ?        ?     ?  
 40  1  1  B   9  LYS  B    8  .  ?        ?     1  
 41  1  1  B  10  VAL  B    9  .  ?        ?     ?  
 42  1  1  B  11  GLU  B   10  .  ?        ?     ?  
 43  1  1  B  12  GLU  B   11  .  ?        ?     1  
 44  1  1  B  13  LEU  B   12  .  ?        ?     1  
 45  1  1  B  14  LEU  B   13  .  ?        ?     1  
 46  1  1  B  15  SER  B   14  .  ?        ?     ?  
 47  1  1  B  16  LYS  B   15  .  ?        ?     2  
 48  1  1  B  17  THR  B   16  .  ?        ?     1  
 49  1  1  B  18  TYR  B   17  .  ?        ?     ?  
 50  1  1  B  19  HIS  B   18  .  ?        ?     ?  
 51  1  1  B  20  LEU  B   19  .  ?        ?     ?  
 52  1  1  B  21  GLU  B   20  .  ?        ?     1  
 53  1  1  B  22  ASN  B   21  .  ?        ?     ?  
 54  1  1  B  23  GLU  B   22  .  ?        ?     ?  
 55  1  1  B  24  VAL  B   23  .  ?        ?     ?  
 56  1  1  B  25  ALA  B   24  .  ?        ?     ?  
 57  1  1  B  26  ARG  B   25  .  ?        ?     2  
 58  1  1  B  27  LEU  B   26  .  ?        ?     ?  
 59  1  1  B  28  LYS  B   27  .  ?        ?     ?  
 60  1  1  B  29  LYS  B   28  .  ?        ?     1  
 61  1  1  B  30  LEU  B   29  .  ?        ?     3  
 62  1  1  B  31  VAL  B   30  .  ?        ?     ?  
 63  1  1  B  32  GLY  B   31  .  ?        ?     ?  
 64  1  1  B  33  GLU  B   32  .  ?        ?     3  
 65  1  1  C   1  ACE  C    0  .  ?        ?     ?  
 66  1  1  C   2  ARG  C    1  .  ?        ?     ?  
 67  1  1  C   3  MET  C    2  .  ?        ?     ?  
 68  1  1  C   4  LYS  C    3  .  ?        ?     ?  
 69  1  1  C   5  GLN  C    4  .  ?        ?     1  
 70  1  1  C   6  LEU  C    5  .  ?        ?     1  
 71  1  1  C   7  GLU  C    6  .  ?        ?     ?  
 72  1  1  C   8  ASP  C    7  .  ?        ?     ?  
 73  1  1  C   9  LYS  C    8  .  ?        ?     ?  
 74  1  1  C  10  VAL  C    9  .  ?        ?     4  
 75  1  1  C  11  GLU  C   10  .  ?        ?     ?  
 76  1  1  C  12  GLU  C   11  .  ?        ?     ?  
 77  1  1  C  13  LEU  C   12  .  ?        ?     2  
 78  1  1  C  14  LEU  C   13  .  ?        ?     ?  
 79  1  1  C  15  SER  C   14  .  ?        ?     ?  
 80  1  1  C  16  LYS  C   15  .  ?        ?     1  
 81  1  1  C  17  THR  C   16  A  ?        ?     1  
 82  1  1  C  17  THR  C   16  B  ?        ?     ?  
 83  1  1  C  18  TYR  C   17  .  ?        ?     ?  
 84  1  1  C  19  HIS  C   18  .  ?        ?     1  
 85  1  1  C  20  LEU  C   19  .  ?        ?     ?  
 86  1  1  C  21  GLU  C   20  .  ?        ?     ?  
 87  1  1  C  22  ASN  C   21  .  ?        ?     ?  
 88  1  1  C  23  GLU  C   22  .  ?        ?     ?  
 89  1  1  C  24  VAL  C   23  .  ?        ?     ?  
 90  1  1  C  25  ALA  C   24  .  ?        ?     1  
 91  1  1  C  26  ARG  C   25  .  ?        ?     3  
 92  1  1  C  27  LEU  C   26  .  ?        ?     ?  
 93  1  1  C  28  LYS  C   27  .  ?        ?     ?  
 94  1  1  C  29  LYS  C   28  .  ?        ?     2  
 95  1  1  C  30  LEU  C   29  .  ?        ?     1  
 96  1  1  C  31  VAL  C   30  .  ?        ?     ?  
 97  1  1  C  32  GLY  C   31  .  ?        ?     ?  
 98  1  2  D   .  CD   A  202  A  ?        ?     ?  
 99  1  2  D   .  CD   A  202  B  ?        ?     ?  
100  1  2  E   .  CD   B  201  .  ?        ?     ?  
101  1  2  F   .  CD   C  203  A  ?        ?     ?  
102  1  2  F   .  CD   C  203  B  ?        ?     ?  
103  1  3  G   .  HOH  A  203  .  ?        ?     ?  
104  1  3  G   .  HOH  A  204  .  ?        ?     ?  
105  1  3  G   .  HOH  A  205  .  ?        ?     ?  
106  1  3  G   .  HOH  A  206  .  ?        ?     1  
107  1  3  G   .  HOH  A  207  .  ?        ?     ?  
108  1  3  G   .  HOH  A  208  .  ?        ?     ?  
109  1  3  G   .  HOH  A  209  .  ?        ?     ?  
110  1  3  G   .  HOH  A  210  .  ?        ?     ?  
111  1  3  G   .  HOH  A  211  .  ?        ?     ?  
112  1  3  G   .  HOH  A  212  .  ?        ?     ?  
113  1  3  G   .  HOH  A  213  .  ?        ?     1  
114  1  3  G   .  HOH  A  214  .  ?        ?     1  
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116  1  3  G   .  HOH  A  216  .  ?        ?     ?  
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54  54  mm-40    -66.2  -41.9  Favored   6   9  0.78  12  0.50  molprobity  
55  55  t        -66.8  -38.9  Favored   9   7  0.97  10  0.84  molprobity  
56  56  ?        -59.9  -49.8  Favored   5   5  0.54   7  0.70  molprobity  
57  57  ttt180   -56.3  -44.0  Favored  13  11  0.31  14  0.72  molprobity  
58  58  mt       -64.2  -49.9  Favored  11   8  0.70  11  0.68  molprobity  
59  59  mtmt     -54.7  -35.9  Favored  13   9  0.60  11  1.22  molprobity  
60  60  OUTLIER  -64.8  -40.4  Favored  13   9  0.51  11  0.85  molprobity  
61  61  mp       -73.8  -37.2  Favored  11   8  0.31  11  0.39  molprobity  
62  62  t        -77.6  -70.3  Allowed   9   7  0.31  10  0.61  molprobity  
63  63  ?        112.8  161.2  Favored   3   4  0.26   5  1.36  molprobity  
64  64  pt-20        ?      ?  ?         6   8  0.74   9  1.14  molprobity  
65  65  ?            ?      ?  ?         3   1  0.26   2  0.41  molprobity  
66  66  ttt180   -61.7  -46.0  Favored  13  11  0.86  14  1.17  molprobity  
67  67  tpt      -66.1  -35.4  Favored   9   8  0.51  10  0.76  molprobity  
68  68  OUTLIER  -68.7  -35.8  Favored  13   9  0.58  11  0.49  molprobity  
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70  70  mt       -63.0  -40.0  Favored  11   8  0.55  11  1.23  molprobity  
71  71  tt0      -64.2  -42.5  Favored   6   9  1.20  12  1.40  molprobity  
72  72  m-20     -58.9  -45.0  Favored   4   8  0.42  11  0.80  molprobity  
73  73  mmmt     -65.6  -39.6  Favored  13   9  0.77  11  0.63  molprobity  
74  74  t        -65.5  -34.8  Favored   9   7  0.66  10  0.86  molprobity  
75  75  mt-10    -65.5  -36.9  Favored   6   9  0.83  12  0.90  molprobity  
76  76  tt0      -69.3  -42.8  Favored   6   9  0.83  12  0.79  molprobity  
77  77  mt       -69.0  -32.5  Favored  11   8  0.19  11  0.55  molprobity  
78  78  tm?      -62.4  -39.9  Favored  11   8  0.52  11  1.18  molprobity  
79  79  m        -72.1  -41.6  Favored   5   6  0.42   8  0.72  molprobity  
80  80  mtmt     -62.3  -43.2  Favored  13   9  0.64  11  0.60  molprobity  
81  81  p        -62.8  -38.0  Favored   7   7  0.37  10  0.92  molprobity  
82  82  p        -62.8  -38.0  Favored   7   7  0.37  10  0.92  molprobity  
83  83  t80      -71.6  -37.0  Favored   8  13  1.05  18  0.55  molprobity  
84  84  t60      -61.8  -48.1  Favored   7  11  0.49  15  0.53  molprobity  
85  85  mt       -62.0  -36.9  Favored  11   8  0.71  11  1.03  molprobity  
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87  87  m-20     -61.3  -42.2  Favored   6   8  0.93  11  0.49  molprobity  
88  88  mm-40    -66.4  -42.1  Favored   6   9  0.74  12  0.59  molprobity  
89  89  t        -65.7  -40.6  Favored   9   7  0.74  10  0.42  molprobity  
90  90  ?        -61.6  -40.8  Favored   5   5  1.17   7  0.38  molprobity  
91  91  mtm-85   -63.0  -46.0  Favored  13  11  0.93  14  0.77  molprobity  
92  92  mt       -61.4  -40.1  Favored  11   8  0.57  11  0.67  molprobity  
93  93  mtpt     -60.0  -39.4  Favored  13   9  0.52  11  0.43  molprobity  
94  94  OUTLIER  -76.5  -23.0  Favored  13   9  0.58  11  0.66  molprobity  
95  95  mp       -84.6  -30.9  Favored  11   8  0.40  11  0.39  molprobity  
96  96  t        -88.0  -52.5  Favored   9   7  0.26  10  0.64  molprobity  
97  97  ?            ?      ?  ?         3   3  0.83   2  1.58  molprobity  
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_clashes.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_clashes.instance_id
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 1    1  H2     1  0.53  2.09  
 2    3  HE3    2  0.96  1.45  
 3    3  HA     2  0.96  1.45  
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10    6  HD12   5  0.41  2.03  
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12    8  HB3    7  0.56  2.05  
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19   20  HD22  12  1.00  1.60  
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23   26  HH22  16  0.49  2.16  
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82  204  O     41  0.76  1.85  
#
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.ordinal      1
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.instance_id  3
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.atom_1       CG
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#
loop_
_pdbx_vrpt_software.ordinal
_pdbx_vrpt_software.name
_pdbx_vrpt_software.version
_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
3  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
##
