data_1FVM

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  1FVM
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    1FVM
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2000-09-20
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         8
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2023-11-15
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2023-11-07:23:39
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,mogul,buster-report,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   N
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer   VANCOMYCIN                              
2  polymer   DI-ACETYL-LYS-D-ALA-D-ALA               
3  branched  vancosamine-(1-2)-beta-D-glucopyranose  
4  water     water                                   
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A   1  
B   1  
C   1  
D   1  
E   1  
F   1  
G   2  
H   2  
I   2  
J   2  
K   2  
L   2  
M   3  
N   3  
O   3  
P   3  
Q   3  
R   3  
S   4  
T   4  
U   4  
V   4  
W   4  
X   4  
Y   4  
Z   4  
AA  4  
BA  4  
CA  4  
DA  4  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  x-ray  
2  1.8  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1   47.57  141614     ?     ?  
2  2  1   38.07    6793  1.80  1.80  
3  1  2  100.00  138981     ?     ?  
4  2  2  100.00    6697  1.80  1.80  
5  1  3  100.00  138945     ?     ?  
6  2  3  100.00    6696  1.80  1.80  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
 1  3  2  A  1  1  A  100.00  
 2  4  2  A  1  1  A  100.00  
 3  5  3  A  1  1  A  100.00  
 4  6  3  A  1  1  A  100.00  
 5  3  2  B  1  1  B  100.00  
 6  4  2  B  1  1  B  100.00  
 7  5  3  B  1  1  B  100.00  
 8  6  3  B  1  1  B  100.00  
 9  3  2  C  1  1  C  100.00  
10  4  2  C  1  1  C  100.00  
11  5  3  C  1  1  C  100.00  
12  6  3  C  1  1  C  100.00  
13  3  2  D  1  1  D  100.00  
14  4  2  D  1  1  D  100.00  
15  5  3  D  1  1  D  100.00  
16  6  3  D  1  1  D  100.00  
17  3  2  E  1  1  E  100.00  
18  4  2  E  1  1  E  100.00  
19  5  3  E  1  1  E  100.00  
20  6  3  E  1  1  E  100.00  
21  3  2  F  1  1  F  100.00  
22  4  2  F  1  1  F  100.00  
23  5  3  F  1  1  F  100.00  
24  6  3  F  1  1  F  100.00  
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
 1  1  1  A  A  0.68  0.83     7     8  
 2  1  1  B  B  0.52  0.79     7     8  
 3  1  1  C  C  0.67  0.56     7     8  
 4  1  1  D  D  0.57  0.73     7     8  
 5  1  1  E  E  0.63  0.82     7     8  
 6  1  1  F  F  0.57  0.72     7     8  
 7  1  2  G  G     ?     ?     ?     ?  
 8  1  2  H  H     ?     ?     ?     ?  
 9  1  2  I  I     ?     ?     ?     ?  
10  1  2  J  J     ?     ?     ?     ?  
11  1  2  K  K     ?     ?     ?     ?  
12  1  2  L  L     ?     ?     ?     ?  
13  1  3  M  M     ?     ?     ?     ?  
14  1  3  N  N     ?     ?     ?     ?  
15  1  3  O  O     ?     ?     ?     ?  
16  1  3  P  P     ?     ?     ?     ?  
17  1  3  Q  Q     ?     ?     ?     ?  
18  1  3  R  R     ?     ?     ?     ?  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     6.13
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   544
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 42
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.74
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                48
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    0.61
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method           x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal              1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high  1.80
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low   5.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                0.14
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
  1  1  1  A   1  MLU  A     1  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  2  1  1  A   2  OMZ  A     2  .  ?        ?     ?     2     ?  
  3  1  1  A   3  ASN  A     3  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  4  1  1  A   4  GHP  A     4  .  ?        ?     ?     ?     2  
  5  1  1  A   5  GHP  A     5  .  ?        ?     1     1     ?  
  6  1  1  A   6  OMY  A     6  .  ?        ?     ?     1     1  
  7  1  1  A   7  3FG  A     7  .  ?        ?     1     ?     5  
  8  1  1  B   1  MLU  B     1  .  ?        ?     ?     ?     1  
  9  1  1  B   2  OMZ  B     2  .  ?        ?     1     2     ?  
 10  1  1  B   3  ASN  B     3  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 11  1  1  B   4  GHP  B     4  .  ?        ?     ?     ?     2  
 12  1  1  B   5  GHP  B     5  .  ?        ?     1     1     ?  
 13  1  1  B   6  OMY  B     6  .  ?        ?     1     1     1  
 14  1  1  B   7  3FG  B     7  .  ?        ?     3     ?     5  
 15  1  1  C   1  MLU  C     1  .  ?        ?     ?     ?     1  
 16  1  1  C   2  OMZ  C     2  .  ?        ?     1     1     ?  
 17  1  1  C   3  ASN  C     3  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 18  1  1  C   4  GHP  C     4  .  ?        ?     ?     ?     2  
 19  1  1  C   5  GHP  C     5  .  ?        ?     1     1     ?  
 20  1  1  C   6  OMY  C     6  .  ?        ?     ?     2     1  
 21  1  1  C   7  3FG  C     7  .  ?        ?     2     ?     5  
 22  1  1  D   1  MLU  D     1  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 23  1  1  D   2  OMZ  D     2  .  ?        3     ?     1     1  
 24  1  1  D   3  ASN  D     3  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 25  1  1  D   4  GHP  D     4  .  ?        ?     ?     ?     2  
 26  1  1  D   5  GHP  D     5  .  ?        ?     1     1     ?  
 27  1  1  D   6  OMY  D     6  .  ?        1     ?     1     1  
 28  1  1  D   7  3FG  D     7  .  ?        ?     1     ?     5  
 29  1  1  E   1  MLU  E     1  .  ?        1     ?     ?     3  
 30  1  1  E   2  OMZ  E     2  .  ?        1     1     1     ?  
 31  1  1  E   3  ASN  E     3  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 32  1  1  E   4  GHP  E     4  .  ?        1     ?     ?     2  
 33  1  1  E   5  GHP  E     5  .  ?        ?     1     3     ?  
 34  1  1  E   6  OMY  E     6  .  ?        ?     ?     1     1  
 35  1  1  E   7  3FG  E     7  .  ?        ?     2     1     3  
 36  1  1  F   1  MLU  F     1  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 37  1  1  F   2  OMZ  F     2  .  ?        ?     ?     1     ?  
 38  1  1  F   3  ASN  F     3  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 39  1  1  F   4  GHP  F     4  .  ?        ?     ?     ?     3  
 40  1  1  F   5  GHP  F     5  .  ?        ?     1     1     ?  
 41  1  1  F   6  OMY  F     6  .  ?        ?     ?     2     1  
 42  1  1  F   7  3FG  F     7  .  ?        ?     2     ?     5  
 43  1  2  G   1  DLS  G     1  .  ?        ?     ?     ?     5  
 44  1  2  G   2  DAL  G     2  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 45  1  2  G   3  DAL  G     3  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 46  1  2  H   1  DLS  H     1  .  ?        ?     ?     ?     3  
 47  1  2  H   2  DAL  H     2  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 48  1  2  H   3  DAL  H     3  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 49  1  2  I   1  DLS  I     1  .  ?        ?     ?     ?     5  
 50  1  2  I   2  DAL  I     2  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 51  1  2  I   3  DAL  I     3  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 52  1  2  J   1  DLS  J     1  .  ?        ?     1     ?     1  
 53  1  2  J   2  DAL  J     2  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 54  1  2  J   3  DAL  J     3  .  ?        1     ?     ?     ?  
 55  1  2  K   1  DLS  K     1  .  ?        3     1     ?     2  
 56  1  2  K   2  DAL  K     2  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 57  1  2  K   3  DAL  K     3  .  ?        1     ?     ?     ?  
 58  1  2  L   1  DLS  L     1  .  ?        2     2     ?     4  
 59  1  2  L   2  DAL  L     2  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 60  1  2  L   3  DAL  L     3  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 61  1  3  M   .  BGC  M     1  .  ?        ?     ?     1     ?  
 62  1  3  M   .  RER  M     2  .  ?        ?     1     1     ?  
 63  1  3  N   .  BGC  N     1  .  ?        ?     ?     1     ?  
 64  1  3  N   .  RER  N     2  .  ?        ?     1     1     ?  
 65  1  3  O   .  BGC  O     1  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 66  1  3  O   .  RER  O     2  .  ?        ?     1     1     ?  
 67  1  3  P   .  BGC  P     1  .  ?        1     1     1     ?  
 68  1  3  P   .  RER  P     2  .  ?        ?     1     1     ?  
 69  1  3  Q   .  BGC  Q     1  .  ?        ?     ?     1     ?  
 70  1  3  Q   .  RER  Q     2  .  ?        ?     1     1     ?  
 71  1  3  R   .  BGC  R     1  .  ?        ?     ?     2     ?  
 72  1  3  R   .  RER  R     2  .  ?        ?     1     1     ?  
 73  1  4  S   .  HOH  A  2001  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 74  1  4  S   .  HOH  A  2002  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 75  1  4  S   .  HOH  A  2003  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 76  1  4  S   .  HOH  A  2004  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 77  1  4  S   .  HOH  A  2005  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 78  1  4  S   .  HOH  A  2006  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 79  1  4  S   .  HOH  A  2007  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 80  1  4  S   .  HOH  A  2008  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 81  1  4  S   .  HOH  A  2009  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 82  1  4  S   .  HOH  A  2010  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 83  1  4  S   .  HOH  A  2011  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 84  1  4  S   .  HOH  A  2012  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 85  1  4  S   .  HOH  A  2013  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 86  1  4  S   .  HOH  A  2014  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 87  1  4  S   .  HOH  A  2015  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 88  1  4  S   .  HOH  A  2016  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 89  1  4  S   .  HOH  A  2017  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 90  1  4  S   .  HOH  A  2018  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 91  1  4  S   .  HOH  A  2019  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 92  1  4  S   .  HOH  A  2020  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 93  1  4  T   .  HOH  B  2001  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 94  1  4  T   .  HOH  B  2002  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 95  1  4  T   .  HOH  B  2003  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 96  1  4  T   .  HOH  B  2004  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 97  1  4  T   .  HOH  B  2005  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 98  1  4  T   .  HOH  B  2006  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 99  1  4  T   .  HOH  B  2007  .  ?        ?     ?     ?     ?  
100  1  4  T   .  HOH  B  2008  .  ?        ?     ?     ?     ?  
101  1  4  T   .  HOH  B  2009  .  ?        ?     ?     ?     ?  
102  1  4  T   .  HOH  B  2010  .  ?        ?     ?     ?     ?  
103  1  4  T   .  HOH  B  2011  .  ?        ?     ?     ?     ?  
104  1  4  T   .  HOH  B  2012  .  ?        ?     ?     ?     ?  
105  1  4  T   .  HOH  B  2013  .  ?        ?     ?     ?     ?  
106  1  4  T   .  HOH  B  2014  .  ?        ?     ?     ?     ?  
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110  1  4  U   .  HOH  C  2003  .  ?        ?     ?     ?     ?  
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168  1  4  X   .  HOH  F  2013  .  ?        ?     ?     ?     ?  
169  1  4  X   .  HOH  F  2014  .  ?        ?     ?     ?     ?  
170  1  4  Y   .  HOH  G  2001  .  ?        ?     ?     ?     ?  
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173  1  4  Z   .  HOH  H  2001  .  ?        ?     ?     ?     ?  
174  1  4  Z   .  HOH  H  2002  .  ?        ?     ?     ?     ?  
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176  1  4  BA  .  HOH  J  2001  .  ?        ?     ?     ?     ?  
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178  1  4  CA  .  HOH  K  2001  .  ?        1     ?     ?     ?  
179  1  4  CA  .  HOH  K  2002  .  ?        ?     ?     ?     ?  
180  1  4  CA  .  HOH  K  2003  .  ?        ?     ?     ?     ?  
181  1  4  CA  .  HOH  K  2004  .  ?        ?     ?     ?     ?  
182  1  4  CA  .  HOH  K  2005  .  ?        ?     ?     ?     ?  
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 3   3  m-20  -117.3  -62.0  Allowed  ?      6     7  0.83     8  0.68  molprobity  
 4   4  ?          ?      ?  ?        ?      3    10  0.85    11  0.36  mogul       
 5   5  ?          ?      ?  ?        Y      5    10  1.13    11  1.38  mogul       
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 7   7  ?          ?      ?  ?        ?      3    12  1.60    14  1.06  mogul       
 8   8  ?          ?      ?  ?        ?     14     7  0.80     6  0.90  mogul       
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11  11  ?          ?      ?  ?        ?      3    10  0.92    11  0.43  mogul       
12  12  ?          ?      ?  ?        Y      6    10  1.21    11  1.46  mogul       
13  13  ?          ?      ?  ?        ?      6    12  1.24    17  1.81  mogul       
14  14  ?          ?      ?  ?        ?      3    12  1.56    14  1.00  mogul       
15  15  ?          ?      ?  ?        ?     14     7  0.85     6  1.02  mogul       
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18  18  ?          ?      ?  ?        ?      3    10  0.74    11  0.39  mogul       
19  19  ?          ?      ?  ?        Y      6    10  1.02    11  1.33  mogul       
20  20  ?          ?      ?  ?        ?      6    12  1.15    17  1.73  mogul       
21  21  ?          ?      ?  ?        ?      4    12  1.48    14  1.04  mogul       
22  22  ?          ?      ?  ?        ?     14     7  0.84     6  0.98  mogul       
23  23  ?          ?      ?  ?        ?      6    12  1.02    17  0.89  mogul       
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20  34  CG   CB   CA   103.44  111.49     21  1.34  -6.01  5.84  
21  35  OD2  CD2  CZ   125.06  119.84   9829  2.60   2.01  0.01  
22  37  O    C    CA   118.53  124.78     82  2.62  -2.39  0.11  
23  40  C1   CA   N    119.50  112.40     62  2.39   2.97  2.79  
24  41  CD1  CE1  CZ   122.60  120.91    149  0.58   2.91  0.23  
25  41  CG   CB   CA   102.47  111.49     21  1.34  -6.73  6.81  
26  61  C1   C2   C3   112.38  109.67    260  1.23   2.21  0.04  
27  62  O5   C1   C2   114.56  111.38     48  1.41   2.26  0.81  
28  63  C1   C2   C3   112.89  109.67    260  1.23   2.63  0.07  
29  64  O5   C1   C2   114.35  111.38     48  1.41   2.11  1.02  
30  66  O5   C1   C2   114.89  111.38     48  1.41   2.49  0.48  
31  67  C1   C2   C3   113.23  109.67    260  1.23   2.90  0.03  
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33  69  C1   C2   C3   112.90  109.67    260  1.23   2.63  0.09  
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#
loop_
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 1   4  C2   C1  CA  C     -40.27   52.68     62  30.59   0.93  4.84  
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 3   6  O    C   CA  CB     92.40   54.18     21  20.86  16.93  0.00  
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 5   7  C    CA  CB  CG2   -16.12   72.63     80  31.52  10.20  0.00  
 6   7  OXT  C   CA  N     -14.76  131.58     52  44.45   2.82  3.85  
 7   7  O    C   CA  CB    -70.84   36.27     53  14.10  14.29  0.00  
 8   7  OXT  C   CA  CB    109.25   37.30     53  12.11  17.39  0.00  
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10  11  C2   C1  CA  N    -167.64   77.91    144  44.21   0.36  4.86  
11  11  C6   C1  CA  N      12.18   77.85    144  44.39   1.17  4.86  
12  13  O    C   CA  CB     93.69   54.00     21  21.35  15.65  0.00  
13  14  C    CA  CB  CG1   161.87   73.12     80  31.52   8.72  1.25  
14  14  C    CA  CB  CG2   -17.77   70.98     80  31.52   8.55  1.25  
15  14  OXT  C   CA  N     -11.52  134.69     52  44.80   0.41  3.85  
16  14  O    C   CA  CB    -68.18   38.82     53  13.98  16.95  0.00  
17  14  OXT  C   CA  CB    112.90   40.81     53  11.94  21.04  0.00  
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19  18  C2   C1  CA  C     -33.66   58.10     62  31.93   4.06  3.23  
20  18  C6   C1  CA  C     145.93   60.33     62  31.63   2.08  3.23  
21  20  O    C   CA  CB     87.63   54.86     21  19.63  19.04  0.00  
22  21  C    CA  CB  CG1   161.54   72.79     80  31.52   8.39  1.25  
23  21  C    CA  CB  CG2   -18.01   70.74     80  31.52   8.30  1.25  
24  21  OXT  C   CA  N     -18.79  127.85     52  43.61   6.23  3.85  
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#
loop_
_pdbx_vrpt_software.ordinal
_pdbx_vrpt_software.name
_pdbx_vrpt_software.version
_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
3  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
##
