data_1DSY

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  1DSY
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    1DSY
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         2000-01-10
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         4
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2024-02-07
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2024-01-28:17:40
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,mogul,buster-report,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   Y
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "PROTEIN KINASE C, ALPHA TYPE"  
2  non-polymer  "CALCIUM ION"  
3  non-polymer  "PHOSPHATE ION"  
4  non-polymer  1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE  
5  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  2  
D  3  
E  4  
F  5  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  x-ray  
2  2.6  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1   3.07  141614     ?     ?  
2  2  1   4.38    3518  2.60  2.60  
3  1  2   3.08  138981     ?     ?  
4  2  2   4.17    3455  2.60  2.60  
5  1  3  62.50  138945     ?     ?  
6  2  3  82.23    3455  2.60  2.60  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A   3.08  
2  4  2  A  1  1  A   4.17  
3  5  3  A  1  1  A  62.50  
4  6  3  A  1  1  A  82.23  
#
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num    1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id        1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id    A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id     A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ      0.78
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ       0.39
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ   1136
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ  1538
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  3.70
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       1.63
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     33.30
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   1111
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 1136
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.39
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                1538
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    0.78
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method           x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal              1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high  2.60
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low   18.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                0.19
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree            0.23
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
  1  1  1  A    2  THR  A  156  .  ?        ?     3     ?     ?     ?  
  2  1  1  A    3  GLU  A  157  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
  3  1  1  A    4  LYS  A  158  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
  4  1  1  A    5  ARG  A  159  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
  5  1  1  A    6  GLY  A  160  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
  6  1  1  A    7  ARG  A  161  .  ?        ?     3     ?     ?     ?  
  7  1  1  A    8  ILE  A  162  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
  8  1  1  A    9  TYR  A  163  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
  9  1  1  A   10  LEU  A  164  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 10  1  1  A   11  LYS  A  165  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 11  1  1  A   12  ALA  A  166  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 12  1  1  A   13  GLU  A  167  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 13  1  1  A   14  VAL  A  168  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 14  1  1  A   15  THR  A  169  .  ?        ?     4     ?     ?     ?  
 15  1  1  A   16  ASP  A  170  .  ?        1     6     ?     ?     ?  
 16  1  1  A   17  GLU  A  171  .  ?        1     4     ?     ?     ?  
 17  1  1  A   18  LYS  A  172  .  ?        ?     9     ?     ?     ?  
 18  1  1  A   19  LEU  A  173  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 19  1  1  A   20  HIS  A  174  .  ?        ?     4     ?     ?     ?  
 20  1  1  A   21  VAL  A  175  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 21  1  1  A   22  THR  A  176  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 22  1  1  A   23  VAL  A  177  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 23  1  1  A   24  ARG  A  178  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 24  1  1  A   25  ASP  A  179  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 25  1  1  A   26  ALA  A  180  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 26  1  1  A   27  LYS  A  181  .  ?        ?     3     ?     ?     ?  
 27  1  1  A   28  ASN  A  182  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
 28  1  1  A   29  LEU  A  183  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 29  1  1  A   30  ILE  A  184  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 30  1  1  A   31  PRO  A  185  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 31  1  1  A   32  MET  A  186  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
 32  1  1  A   33  ASP  A  187  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
 33  1  1  A   34  PRO  A  188  .  ?        ?     4     ?     ?     ?  
 34  1  1  A   35  ASN  A  189  .  ?        ?     3     ?     ?     ?  
 35  1  1  A   36  GLY  A  190  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 36  1  1  A   37  LEU  A  191  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 37  1  1  A   38  SER  A  192  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 38  1  1  A   39  ASP  A  193  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 39  1  1  A   40  PRO  A  194  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 40  1  1  A   41  TYR  A  195  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 41  1  1  A   42  VAL  A  196  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 42  1  1  A   43  LYS  A  197  .  ?        ?     4     ?     ?     ?  
 43  1  1  A   44  LEU  A  198  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 44  1  1  A   45  LYS  A  199  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 45  1  1  A   46  LEU  A  200  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 46  1  1  A   47  ILE  A  201  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 47  1  1  A   48  PRO  A  202  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 48  1  1  A   49  ASP  A  203  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 49  1  1  A   50  PRO  A  204  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 50  1  1  A   51  LYS  A  205  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 51  1  1  A   52  ASN  A  206  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 52  1  1  A   53  GLU  A  207  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 53  1  1  A   54  SER  A  208  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 54  1  1  A   55  LYS  A  209  .  ?        ?     3     ?     ?     ?  
 55  1  1  A   56  GLN  A  210  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 56  1  1  A   57  LYS  A  211  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
 57  1  1  A   58  THR  A  212  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 58  1  1  A   59  LYS  A  213  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 59  1  1  A   60  THR  A  214  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 60  1  1  A   61  ILE  A  215  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 61  1  1  A   62  ARG  A  216  .  ?        ?     5     ?     ?     ?  
 62  1  1  A   63  SER  A  217  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 63  1  1  A   64  THR  A  218  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 64  1  1  A   65  LEU  A  219  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 65  1  1  A   66  ASN  A  220  .  ?        ?     4     ?     ?     ?  
 66  1  1  A   67  PRO  A  221  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 67  1  1  A   68  GLN  A  222  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 68  1  1  A   69  TRP  A  223  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 69  1  1  A   70  ASN  A  224  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 70  1  1  A   71  GLU  A  225  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 71  1  1  A   72  SER  A  226  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 72  1  1  A   73  PHE  A  227  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 73  1  1  A   74  THR  A  228  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 74  1  1  A   75  PHE  A  229  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 75  1  1  A   76  LYS  A  230  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 76  1  1  A   77  LEU  A  231  .  ?        ?     3     ?     ?     ?  
 77  1  1  A   78  LYS  A  232  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 78  1  1  A   79  PRO  A  233  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 79  1  1  A   80  SER  A  234  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 80  1  1  A   81  ASP  A  235  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 81  1  1  A   82  LYS  A  236  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 82  1  1  A   83  ASP  A  237  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 83  1  1  A   84  ARG  A  238  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 84  1  1  A   85  ARG  A  239  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 85  1  1  A   86  LEU  A  240  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 86  1  1  A   87  SER  A  241  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 87  1  1  A   88  VAL  A  242  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 88  1  1  A   89  GLU  A  243  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 89  1  1  A   90  ILE  A  244  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 90  1  1  A   91  TRP  A  245  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 91  1  1  A   92  ASP  A  246  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 92  1  1  A   93  TRP  A  247  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
 93  1  1  A   94  ASP  A  248  .  ?        ?     1     ?     ?     ?  
 94  1  1  A   95  ARG  A  249  .  ?        ?     5     ?     ?     ?  
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101  1  1  A  102  MET  A  256  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
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109  1  1  A  110  SER  A  264  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
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113  1  1  A  114  LYS  A  268  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
114  1  1  A  115  MET  A  269  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
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117  1  1  A  118  SER  A  272  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
118  1  1  A  119  GLY  A  273  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
119  1  1  A  120  TRP  A  274  .  ?        ?     2     ?     ?     ?  
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125  1  1  A  126  GLN  A  280  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
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129  1  1  A  130  GLU  A  284  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
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132  1  1  A  133  ASN  A  287  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
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138  1  2  B    .  CA   A  501  .  ?        ?     ?     ?     ?     ?  
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101  101  mtp      -114.2   -32.8  Favored     ?  ?        9   8  0.35  10  0.58  molprobity  
102  102  ?         170.5   159.4  Favored     ?  ?        3   4  0.21   5  0.28  molprobity  
103  103  p        -152.4   177.9  Favored     ?  ?        5   6  0.17   8  1.04  molprobity  
104  104  mp       -161.1  -174.6  Favored     ?  ?       11   8  0.31  11  2.73  molprobity  
105  105  p        -174.3   145.5  Allowed     ?  ?        5   6  0.60   8  0.41  molprobity  
106  106  m-85     -125.8   147.8  Favored     ?  ?        9  12  0.56  16  0.80  molprobity  
107  107  ?         -82.7   141.6  Favored     ?  ?        3   4  0.41   5  1.63  molprobity  
108  108  t         -59.2   -44.9  Favored     ?  ?        9   7  0.44  10  0.52  molprobity  
109  109  m         -53.7   -47.1  Favored     ?  ?        5   6  0.30   8  0.83  molprobity  
110  110  tt0       -51.1   -48.6  Favored     ?  ?        6   9  0.35  12  0.56  molprobity  
111  111  mt        -69.5   -23.7  Favored     ?  ?       11   8  0.22  11  0.45  molprobity  
112  112  mtt       -72.0   -38.6  Favored     ?  ?        9   8  0.29  10  0.36  molprobity  
113  113  mttt      -66.1   -56.9  Favored     ?  ?       13   9  0.38  11  0.31  molprobity  
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116  116  ?        -104.1   142.7  Favored     ?  ?        5   5  0.35   7  0.79  molprobity  
117  117  t        -162.9   123.7  Favored     ?  ?        5   6  0.23   8  0.50  molprobity  
118  118  ?         125.3  -169.0  Favored     ?  ?        3   4  0.33   5  0.37  molprobity  
119  119  m95       -81.5   140.1  Favored     ?  ?       10  16  0.41  23  0.32  molprobity  
120  120  m-85     -129.5   148.7  Favored     ?  ?        9  13  0.33  18  0.30  molprobity  
121  121  tttt      -79.9   136.2  Favored     ?  ?       13   9  0.35  11  0.39  molprobity  
122  122  mt        -85.4   125.3  Favored     ?  ?       11   8  0.18  11  0.55  molprobity  
123  123  mt       -102.8   179.7  Favored     ?  ?       11   8  0.28  11  0.69  molprobity  
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125  125  tt0       -56.5   -45.8  Favored     ?  ?        8   9  0.35  12  0.76  molprobity  
126  126  mt-10     -68.1   -50.3  Favored     ?  ?        6   9  0.26  12  0.47  molprobity  
127  127  pt-20     -71.6   -27.4  Favored     ?  ?        6   9  0.14  12  0.34  molprobity  
128  128  ?         -51.6   -32.6  Favored     ?  ?        3   4  0.36   5  0.26  molprobity  
129  129  mt-10     -76.6    -4.0  Favored     ?  ?        6   9  0.40  12  0.61  molprobity  
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 1  141  C2   O2  P    O1   -155.77   84.81   174  16.58  11.33  0.00  
 2  141  C2   O2  P    O3     82.79   46.28    43  31.18   0.22  4.65  
 3  141  CB   O1  P    O2     -0.60   71.47   174  21.47  18.51  0.00  
 4  141  CB   O1  P    O4   -120.88   62.20    43  16.18  20.17  0.00  
 5  141  CB   O1  P    O3    119.22   55.50    43  14.17  18.23  0.00  
 6  141  O2   C2  C3   O11    88.14   41.45   287  28.05   1.45  3.83  
 7  141  C2   C3  C4   O52    -3.55   86.11   240  52.71   1.03  2.08  
 8  141  O12  C1  O11  C3    134.49  127.61  1318   6.33  43.28  0.00  
 9  141  C13  C1  O11  C3    -48.56  124.38  1053   6.45  11.74  0.00  
10  141  O11  C1  C13  C14    79.66   66.80  2724  28.84   0.10  4.70  
11  141  O51  C5  O52  C4    172.80  166.02  3879   7.61  33.88  0.00  
12  141  C6   C5  O52  C4    -21.65  151.61  2229   7.94  24.77  0.00  
13  141  N    CA  CB   O1     93.21   31.93    44   8.65  18.87  0.00  
14  141  OT1  C   CA   CB    -18.67   93.26    91  21.62  25.42  0.00  
15  141  OT2  C   CA   CB    161.49   93.53    91  22.46  19.68  0.00  
#
loop_
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1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
3  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
##
