data_1BRX

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  1BRX
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    1BRX
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         1998-05-28
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         4
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2023-08-09
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2023-07-31:05:12
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,mogul,buster-report,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   Y
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      BACTERIORHODOPSIN  
2  non-polymer  RETINAL            
3  water        water              
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  3  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  x-ray  
2  2.3  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1    5.06  141614     ?     ?  
2  2  1    4.47    5643  2.30  2.30  
3  1  2  100.00  138981     ?     ?  
4  2  2  100.00    5575  2.30  2.30  
5  1  3    2.65  138945     ?     ?  
6  2  3    2.57    5575  2.30  2.30  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  100.00  
2  4  2  A  1  1  A  100.00  
3  5  3  A  1  1  A    2.65  
4  6  3  A  1  1  A    2.57  
#
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num    1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id        1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id    A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id     A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ      0.79
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ       0.63
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ   1654
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ  2262
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       14.97
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     26.69
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   1703
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 1654
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.63
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                2262
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    0.79
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method           x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal              1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high  2.30
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low   12.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                0.22
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree            0.30
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_plane_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_angle_outliers
  1  1  1  A    6  GLY  A    6  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  2  1  1  A    7  ARG  A    7  .  ?        1     ?     ?     ?  
  3  1  1  A    8  PRO  A    8  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  4  1  1  A    9  GLU  A    9  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  5  1  1  A   10  TRP  A   10  .  ?        1     ?     ?     ?  
  6  1  1  A   11  ILE  A   11  .  ?        1     ?     ?     ?  
  7  1  1  A   12  TRP  A   12  .  ?        2     ?     ?     ?  
  8  1  1  A   13  LEU  A   13  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  9  1  1  A   14  ALA  A   14  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 10  1  1  A   15  LEU  A   15  .  ?        2     ?     ?     ?  
 11  1  1  A   16  GLY  A   16  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 12  1  1  A   17  THR  A   17  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 13  1  1  A   18  ALA  A   18  .  ?        1     ?     ?     ?  
 14  1  1  A   19  LEU  A   19  .  ?        1     ?     ?     ?  
 15  1  1  A   20  MET  A   20  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 16  1  1  A   21  GLY  A   21  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 17  1  1  A   22  LEU  A   22  .  ?        1     ?     ?     ?  
 18  1  1  A   23  GLY  A   23  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 19  1  1  A   24  THR  A   24  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 20  1  1  A   25  LEU  A   25  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 21  1  1  A   26  TYR  A   26  .  ?        1     ?     ?     ?  
 22  1  1  A   27  PHE  A   27  .  ?        1     ?     ?     ?  
 23  1  1  A   28  LEU  A   28  .  ?        1     ?     ?     ?  
 24  1  1  A   29  VAL  A   29  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 25  1  1  A   30  LYS  A   30  .  ?        1     ?     ?     ?  
 26  1  1  A   31  GLY  A   31  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 27  1  1  A   32  MET  A   32  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 28  1  1  A   33  GLY  A   33  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 29  1  1  A   34  VAL  A   34  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 30  1  1  A   35  SER  A   35  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 31  1  1  A   36  ASP  A   36  .  ?        2     ?     ?     ?  
 32  1  1  A   37  PRO  A   37  .  ?        2     ?     ?     ?  
 33  1  1  A   38  ASP  A   38  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 34  1  1  A   39  ALA  A   39  .  ?        1     ?     ?     ?  
 35  1  1  A   40  LYS  A   40  .  ?        1     ?     ?     ?  
 36  1  1  A   41  LYS  A   41  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 37  1  1  A   42  PHE  A   42  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 38  1  1  A   43  TYR  A   43  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 39  1  1  A   44  ALA  A   44  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 40  1  1  A   45  ILE  A   45  .  ?        2     ?     ?     ?  
 41  1  1  A   46  THR  A   46  .  ?        3     ?     ?     ?  
 42  1  1  A   47  THR  A   47  .  ?        2     ?     ?     ?  
 43  1  1  A   48  LEU  A   48  .  ?        1     ?     ?     ?  
 44  1  1  A   49  VAL  A   49  .  ?        5     ?     ?     ?  
 45  1  1  A   50  PRO  A   50  .  ?        3     ?     ?     ?  
 46  1  1  A   51  ALA  A   51  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 47  1  1  A   52  ILE  A   52  .  ?        1     ?     ?     ?  
 48  1  1  A   53  ALA  A   53  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 49  1  1  A   54  PHE  A   54  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 50  1  1  A   55  THR  A   55  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 51  1  1  A   56  MET  A   56  .  ?        1     ?     ?     ?  
 52  1  1  A   57  TYR  A   57  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 53  1  1  A   58  LEU  A   58  .  ?        1     ?     ?     ?  
 54  1  1  A   59  SER  A   59  .  ?        2     ?     ?     ?  
 55  1  1  A   60  MET  A   60  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 56  1  1  A   61  LEU  A   61  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 57  1  1  A   62  LEU  A   62  .  ?        2     ?     ?     ?  
 58  1  1  A   63  GLY  A   63  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 59  1  1  A   64  TYR  A   64  .  ?        1     ?     ?     ?  
 60  1  1  A   65  GLY  A   65  .  ?        2     ?     ?     ?  
 61  1  1  A   66  LEU  A   66  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 62  1  1  A   67  THR  A   67  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 63  1  1  A   68  MET  A   68  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 64  1  1  A   69  VAL  A   69  .  ?        1     ?     ?     ?  
 65  1  1  A   70  PRO  A   70  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 66  1  1  A   71  PHE  A   71  .  ?        2     ?     ?     ?  
 67  1  1  A   72  GLY  A   72  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 68  1  1  A   73  GLY  A   73  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 69  1  1  A   74  GLU  A   74  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 70  1  1  A   75  GLN  A   75  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 71  1  1  A   76  ASN  A   76  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 72  1  1  A   77  PRO  A   77  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 73  1  1  A   78  ILE  A   78  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 74  1  1  A   79  TYR  A   79  .  ?        1     ?     ?     ?  
 75  1  1  A   80  TRP  A   80  .  ?        2     ?     ?     ?  
 76  1  1  A   81  ALA  A   81  .  ?        1     ?     ?     ?  
 77  1  1  A   82  ARG  A   82  .  ?        1     ?     ?     ?  
 78  1  1  A   83  TYR  A   83  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 79  1  1  A   84  ALA  A   84  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 80  1  1  A   85  ASP  A   85  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 81  1  1  A   86  TRP  A   86  .  ?        1     ?     ?     ?  
 82  1  1  A   87  LEU  A   87  .  ?        1     ?     ?     ?  
 83  1  1  A   88  PHE  A   88  .  ?        1     ?     ?     ?  
 84  1  1  A   89  THR  A   89  .  ?        2     ?     ?     ?  
 85  1  1  A   90  THR  A   90  .  ?        2     ?     ?     ?  
 86  1  1  A   91  PRO  A   91  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 87  1  1  A   92  LEU  A   92  .  ?        3     ?     ?     ?  
 88  1  1  A   93  LEU  A   93  .  ?        1     ?     ?     ?  
 89  1  1  A   94  LEU  A   94  .  ?        1     ?     ?     ?  
 90  1  1  A   95  LEU  A   95  .  ?        2     ?     ?     ?  
 91  1  1  A   96  ASP  A   96  .  ?        1     ?     ?     ?  
 92  1  1  A   97  LEU  A   97  .  ?        1     ?     ?     ?  
 93  1  1  A   98  ALA  A   98  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 94  1  1  A   99  LEU  A   99  .  ?        1     ?     ?     ?  
 95  1  1  A  100  LEU  A  100  .  ?        3     ?     ?     ?  
 96  1  1  A  101  VAL  A  101  .  ?        1     ?     ?     ?  
 97  1  1  A  102  ASP  A  102  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 98  1  1  A  103  ALA  A  103  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 99  1  1  A  104  ASP  A  104  .  ?        1     ?     ?     ?  
100  1  1  A  105  GLN  A  105  .  ?        ?     ?     ?     ?  
101  1  1  A  106  GLY  A  106  .  ?        ?     ?     ?     ?  
102  1  1  A  107  THR  A  107  .  ?        ?     ?     ?     ?  
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 83  114  HG12  32  0.44  1.99  
 84  114  HG23  44  0.41  2.21  
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 89  122  HG    47  0.44  2.47  
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145  172  HB    80  0.56  1.87  
146  173  N     79  0.42  2.52  
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148  180  HG13  81  0.65  1.77  
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150  184  O     82  0.58  2.03  
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#
_pdbx_vrpt_instance_intra_plane_outliers.ordinal      1
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#
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#
loop_
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_pdbx_vrpt_software.name
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1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
3  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
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