data_1ADL

_pdbx_vrpt_database.id    PDB
_pdbx_vrpt_database.code  1ADL
#
_pdbx_vrpt_exptl.ordinal  1
_pdbx_vrpt_exptl.method   x-ray
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    1ADL
_pdbx_vrpt_summary.PDB_deposition_date         1994-03-25
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_number         5
_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2024-02-07
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2024-02-01:19:31
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,mogul,buster-report,percentiles,writexml,writecif,writepdf
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   Y
#
loop_
_pdbx_vrpt_entity.id
_pdbx_vrpt_entity.type
_pdbx_vrpt_entity.description
1  polymer      "ADIPOCYTE LIPID-BINDING PROTEIN"  
2  non-polymer  "ARACHIDONIC ACID"  
3  non-polymer  "PROPANOIC ACID"  
4  water        water  
#
loop_
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id
_pdbx_vrpt_asym.entity_id
A  1  
B  2  
C  3  
D  4  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  x-ray  
2  1.6  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore           
2  Ramachandran_outlier_percent  
3  rotamer_outliers_percent      
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1   58.96  141614     ?     ?  
2  2  1   44.26    3665  1.60  1.60  
3  1  2  100.00  138981     ?     ?  
4  2  2  100.00    3564  1.60  1.60  
5  1  3   44.48  138945     ?     ?  
6  2  3   19.67    3563  1.60  1.60  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.ordinal
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.conditions_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.label_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.entity_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_percentile_entity_view.rank
1  3  2  A  1  1  A  100.00  
2  4  2  A  1  1  A  100.00  
3  5  3  A  1  1  A   45.72  
4  6  3  A  1  1  A   20.68  
#
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal          1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num    1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id        1
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id    A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id     A
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ      0.68
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ       0.41
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ   1045
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ  1400
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                        1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_ramachandran_outliers  0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.percent_rotamer_outliers       2.70
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore                     4.74
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce                   1098
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ                 1045
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ                     0.41
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ                1400
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ                    0.68
#
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.exp_method           x-ray
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.ordinal              1
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_high  1.60
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_resolution_low   10.00
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_R                0.19
_pdbx_vrpt_summary_diffraction.PDB_Rfree            0.22
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_angle_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_clashes
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_bond_outliers
_pdbx_vrpt_model_instance.count_mogul_torsion_outliers
  1  1  1  A    1  CYS  A     1  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  2  1  1  A    2  ASP  A     2  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  3  1  1  A    3  ALA  A     3  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  4  1  1  A    4  PHE  A     4  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  5  1  1  A    5  VAL  A     5  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  6  1  1  A    6  GLY  A     6  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  7  1  1  A    7  THR  A     7  .  ?        ?     ?     ?     ?  
  8  1  1  A    8  TRP  A     8  .  ?        ?     1     ?     ?  
  9  1  1  A    9  LYS  A     9  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 10  1  1  A   10  LEU  A    10  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 11  1  1  A   11  VAL  A    11  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 12  1  1  A   12  SER  A    12  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 13  1  1  A   13  SER  A    13  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 14  1  1  A   14  GLU  A    14  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 15  1  1  A   15  ASN  A    15  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 16  1  1  A   16  PHE  A    16  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 17  1  1  A   17  ASP  A    17  .  ?        ?     1     ?     ?  
 18  1  1  A   18  ASP  A    18  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 19  1  1  A   19  TYR  A    19  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 20  1  1  A   20  MET  A    20  .  ?        1     ?     ?     ?  
 21  1  1  A   21  LYS  A    21  A  ?        ?     2     ?     ?  
 22  1  1  A   21  LYS  A    21  B  ?        ?     ?     ?     ?  
 23  1  1  A   22  GLU  A    22  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 24  1  1  A   23  VAL  A    23  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 25  1  1  A   24  GLY  A    24  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 26  1  1  A   25  VAL  A    25  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 27  1  1  A   26  GLY  A    26  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 28  1  1  A   27  PHE  A    27  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 29  1  1  A   28  ALA  A    28  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 30  1  1  A   29  THR  A    29  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 31  1  1  A   30  ARG  A    30  .  ?        ?     1     ?     ?  
 32  1  1  A   31  LYS  A    31  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 33  1  1  A   32  VAL  A    32  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 34  1  1  A   33  ALA  A    33  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 35  1  1  A   34  GLY  A    34  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 36  1  1  A   35  MET  A    35  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 37  1  1  A   36  ALA  A    36  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 38  1  1  A   37  LYS  A    37  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 39  1  1  A   38  PRO  A    38  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 40  1  1  A   39  ASN  A    39  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 41  1  1  A   40  MHO  A    40  .  ?        ?     ?     1     ?  
 42  1  1  A   41  ILE  A    41  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 43  1  1  A   42  ILE  A    42  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 44  1  1  A   43  SER  A    43  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 45  1  1  A   44  VAL  A    44  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 46  1  1  A   45  ASN  A    45  .  ?        ?     2     ?     ?  
 47  1  1  A   46  GLY  A    46  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 48  1  1  A   47  ASP  A    47  A  ?        ?     ?     ?     ?  
 49  1  1  A   47  ASP  A    47  B  ?        ?     ?     ?     ?  
 50  1  1  A   48  LEU  A    48  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 51  1  1  A   49  VAL  A    49  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 52  1  1  A   50  THR  A    50  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 53  1  1  A   51  ILE  A    51  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 54  1  1  A   52  ARG  A    52  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 55  1  1  A   53  SER  A    53  A  ?        ?     ?     ?     ?  
 56  1  1  A   53  SER  A    53  B  ?        ?     ?     ?     ?  
 57  1  1  A   54  GLU  A    54  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 58  1  1  A   55  SER  A    55  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 59  1  1  A   56  THR  A    56  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 60  1  1  A   57  PHE  A    57  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 61  1  1  A   58  LYS  A    58  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 62  1  1  A   59  ASN  A    59  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 63  1  1  A   60  THR  A    60  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 64  1  1  A   61  GLU  A    61  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 65  1  1  A   62  ILE  A    62  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 66  1  1  A   63  SER  A    63  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 67  1  1  A   64  PHE  A    64  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 68  1  1  A   65  LYS  A    65  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 69  1  1  A   66  LEU  A    66  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 70  1  1  A   67  GLY  A    67  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 71  1  1  A   68  VAL  A    68  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 72  1  1  A   69  GLU  A    69  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 73  1  1  A   70  PHE  A    70  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 74  1  1  A   71  ASP  A    71  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 75  1  1  A   72  GLU  A    72  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 76  1  1  A   73  ILE  A    73  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 77  1  1  A   74  THR  A    74  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 78  1  1  A   75  ALA  A    75  .  ?        ?     1     ?     ?  
 79  1  1  A   76  ASP  A    76  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 80  1  1  A   77  ASP  A    77  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 81  1  1  A   78  ARG  A    78  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 82  1  1  A   79  LYS  A    79  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 83  1  1  A   80  VAL  A    80  .  ?        ?     1     ?     ?  
 84  1  1  A   81  LYS  A    81  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 85  1  1  A   82  SER  A    82  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 86  1  1  A   83  ILE  A    83  A  ?        ?     ?     ?     ?  
 87  1  1  A   83  ILE  A    83  B  ?        ?     ?     ?     ?  
 88  1  1  A   84  ILE  A    84  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 89  1  1  A   85  THR  A    85  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 90  1  1  A   86  LEU  A    86  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 91  1  1  A   87  ASP  A    87  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 92  1  1  A   88  GLY  A    88  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 93  1  1  A   89  GLY  A    89  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 94  1  1  A   90  ALA  A    90  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 95  1  1  A   91  LEU  A    91  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 96  1  1  A   92  VAL  A    92  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 97  1  1  A   93  GLN  A    93  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 98  1  1  A   94  VAL  A    94  .  ?        ?     ?     ?     ?  
 99  1  1  A   95  GLN  A    95  .  ?        ?     ?     ?     ?  
100  1  1  A   96  LYS  A    96  .  ?        ?     ?     ?     ?  
101  1  1  A   97  TRP  A    97  .  ?        ?     1     ?     ?  
102  1  1  A   98  ASP  A    98  .  ?        ?     ?     ?     ?  
103  1  1  A   99  GLY  A    99  .  ?        ?     ?     ?     ?  
104  1  1  A  100  LYS  A   100  .  ?        ?     ?     ?     ?  
105  1  1  A  101  SER  A   101  .  ?        ?     ?     ?     ?  
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130  1  1  A  126  ARG  A   126  .  ?        ?     ?     ?     ?  
131  1  1  A  127  VAL  A   127  .  ?        ?     ?     ?     ?  
132  1  1  A  128  TYR  A   128  .  ?        ?     1     ?     ?  
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135  1  1  A  131  ALA  A   131  .  ?        ?     ?     ?     ?  
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121  121  ?             ?       ?  ?           ?   3   3  0.74   1  0.22  mogul       
122  122  t        -127.2   130.4  Favored     ?   9   7  0.25  10  0.81  molprobity  
123  123  tpt      -141.4   111.5  Favored     ?   9   8  0.40  10  0.73  molprobity  
124  124  mttt       44.7    55.4  Favored     ?  13   9  0.42  11  0.67  molprobity  
125  125  ?          86.9   -28.9  Favored     ?   3   4  0.21   5  0.61  molprobity  
126  126  t         -78.4   123.4  Favored     ?   9   7  0.23  10  0.48  molprobity  
127  127  p        -118.0   131.3  Favored     ?   7   7  0.39  10  0.75  molprobity  
128  128  t        -115.8   142.4  Favored     ?   5   6  0.28   8  0.54  molprobity  
129  129  m        -126.5   123.0  Favored     ?   7   7  0.30  10  0.56  molprobity  
130  130  mmm180   -120.0   127.6  Favored     ?  13  11  0.33  14  0.54  molprobity  
131  131  t        -107.9   134.8  Favored     ?   9   7  0.30  10  0.46  molprobity  
132  132  m-85     -122.0   147.9  Favored     ?   9  13  0.38  18  0.55  molprobity  
133  133  pt-20    -125.5   159.5  Favored     ?   6   9  0.49  12  0.76  molprobity  
134  134  mtt-85    -63.4   140.2  Favored     ?  13  11  0.27  14  0.51  molprobity  
135  135  ?             ?       ?  ?           ?   5   5  0.67   4  0.56  molprobity  
136  136  ?             ?       ?  ?           ?  31  21  0.87  21  0.58  mogul       
137  137  ?             ?       ?  ?           ?   5   4  0.99   4  0.70  mogul       
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_clashes.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_clashes.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_clashes.label_atom_id
_pdbx_vrpt_instance_clashes.cid
_pdbx_vrpt_instance_clashes.clashmag
_pdbx_vrpt_instance_clashes.dist
 1    8  HB3    1  0.44  1.99  
 2   17  OD1    2  0.71  2.20  
 3   21  NZ     2  0.71  2.20  
 4   21  HE3    3  0.46  2.31  
 5   31  NH2    3  0.46  2.31  
 6   46  C      4  0.43  2.21  
 7   46  HD22   4  0.43  2.21  
 8   78  HB1    5  0.62  1.81  
 9   83  HG12   6  0.54  1.90  
10  101  HB3    6  0.54  1.90  
11  121  OD2    7  0.59  2.02  
12  122  HG22   8  0.40  2.02  
13  127  HG22   8  0.40  2.02  
14  132  HB3    1  0.44  1.99  
15  136  H132   5  0.62  1.81  
16  136  H41    7  0.59  2.02  
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18  136  H42    9  0.44  1.64  
19  136  H201  10  0.41  2.02  
20  136  H31   10  0.41  2.02  
#
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.ordinal      1
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.instance_id  20
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.atom_1       CG
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.atom_2       SD
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.atom_3       CE
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.obs          109.471
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.mean         100.200
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.stdev        1.600
_pdbx_vrpt_instance_intra_angle_outliers.Z            5.79
#
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.ordinal      1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.instance_id  41
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.atom_1       OD1
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.atom_2       SD
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.obsval       1.43
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.mean         1.50
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.numobs       61
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.stdev        0.03
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.Zscore       -2.67
_pdbx_vrpt_instance_mogul_bond_outliers.mindiff      0.00
#
loop_
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.ordinal
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.instance_id
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.atom_1
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_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.mindiff
_pdbx_vrpt_instance_mogul_torsion_outliers.local_density
1  136  O2   C1   C2   C3   -136.15  44.22  3382  30.03  0.02  4.79  
2  136  C11  C10  C9   C8   -174.71  72.65    58  34.27  4.55  1.72  
3  136  C9   C10  C11  C12   169.69  67.81    58  33.93  9.56  1.72  
4  136  C11  C12  C13  C14   156.00  54.59    58  33.24  0.91  3.45  
5  136  C12  C13  C14  C15  -158.45  56.95    58  33.33  1.54  1.72  
6  137  O1   C1   C2   C3   -115.00  81.75    80  32.17  1.76  1.25  
7  137  O2   C1   C2   C3     64.67  83.06    80  32.88  7.40  3.75  
#
loop_
_pdbx_vrpt_software.ordinal
_pdbx_vrpt_software.name
_pdbx_vrpt_software.version
_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  molprobity   4.02b-467                                                             Y  
2  mogul        "1.8.5 (274361), CSD as541be (2020)"                                  Y  
3  percentiles  "20191225.v01 (using entries in the PDB archive December 25th 2019)"  Y  
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